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آخر تحديث٢٧ يوليو ٢٠٢٦ في ٠٦:١٥

Publication-grade governance for retrospective cohort binary-classification ML (EHR/registry/case-control/cross-sectional). 33 fail-closed gates covering leakage, calibration, fairness, TRIPOD+AI/PROBAST+AI compliance. Refuses omics/imaging/text modalities via R028.

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readonly

name	ml-governance-guard
description	Publication-grade governance for retrospective cohort binary-classification ML (EHR/registry/case-control/cross-sectional). 33 fail-closed gates covering leakage, calibration, fairness, TRIPOD+AI/PROBAST+AI compliance. Refuses omics/imaging/text modalities via R028.

ML Governance Guard

架构

/mlgg → 加载 .claude/commands/mlgg.md（状态机 + 评审循环，~200 行）
每个 Phase → 按需读 references/protocols/phase-N.md（仅 Research 模式）
审计模式 → references/protocols/audit-mode.md

Entry Points（3 条正式入口）

MLGG 对外暴露 3 条稳定入口，其他所有功能都是它们的子命令或辅助脚本。

入口	面向	场景
`/mlgg`	人类用户（Claude Code 内）	建模 / 训练 / "我有数据" —— 自动观察数据、推断参数、走 Pipeline 模式 6 步（仅 CSV）或 Research 模式 9 阶段（含用户代码）
`mlgg <subcommand>`	终端 / 脚本自动化	31 个子命令（见 Quick Dispatch 分组表），包含 play / workflow / onboarding / audit / doctor / lint / llm-audit / llm-review 等
`mlgg-lint`	CI / pre-commit	独立 pip 包，30 条 AST 规则（R001-R030，含 R028 omics 模态守卫），零依赖，5 秒扫完单文件

怎么选？`workflow` vs `audit`

项目是你用 MLGG 自己跑出来的（evidence/*.json 存在、configs/request.json 符合 schema）→ mlgg workflow --strict，跑全部 33 gate 验证证据。
项目是别人写的、没有 MLGG 格式的 evidence（只有 train.csv / notebook / 模型 pickle / metrics.json）→ mlgg audit <dir>，基于代码模式扫描 + 文件结构检查打分，不会因缺 evidence/*.json 而爆 noisy failure。
CI 里只想检查单文件代码泄漏 → mlgg-lint check <file.py>（零依赖，几秒出结果）。

Audit Routing — Mode A / B / C（W26 Amendment 2 落地）

不同输入触发不同层组合。33 gate L2 是 instrumented-run 契约，不在外部审计路径上（见 references/benchmark/hybrid_v1_spec.md §Amendment 2，W25 实测 8 篇外部论文 L2 = 0/264）。

Mode	输入	路由	层组合	适用入口
A. Instrumented training run	你自己的训练流水（`evidence/*.json` + `configs/request.json`）	全部 3 层	L1 lint + L2 33 gate + L3 RAG	`mlgg workflow --strict` / `/mlgg`
B. External code + paper 联审	别人 repo + 论文 PDF（如 Kaji 2019 + rnn_mimic.py）	L1 + L3 only	L1 lint (`mlgg-lint`) + L3 RAG (`mlgg rag` / `synthesize_flags_from_rag`)；L2 自动跳过	`mlgg audit <dir>` + `mlgg rag`
C. Pure paper 审查	仅论文 PDF（无 code）	L3 only	L3 RAG hybrid 检索 + reviewer-style synthesis	`mlgg rag` / `peer_review_lookup.py`

为什么 L2 跳过 Mode B/C：L2 33 gate 需要 MLGG-instrumented training pipeline 产出的 evidence JSON（--evaluation-report / --prediction-trace / --protocol-spec / --tuning-spec）。外部 repo 不会主动 emit 这些 artifact，强跑会得到 33/33 全部 fail-noisy。这不是 bug 是结构性约束。

误判防御：用户拿外部论文找你时，agent 不要承诺 "我会跑 33 gate"——明确说 "对外部材料我们跑 L1 lint + L3 RAG（hybrid 模式），33 gate 仅在你自己跑训练流水时才能验证"。

Quick Dispatch

Agent 面向人类用户默认走 /mlgg。以下是 mlgg <subcommand> 全部 31 子命令的分组索引（按 W28-S0 COMMAND_GROUPS 与 Audit Routing Mode A/B/C 对齐；mlgg --help 显示同一分组的全表）。

`[governance]` — Mode A（你自己的训练流水）

需要 evidence/*.json + configs/request.json。

主流程（90% 场景）

子命令	用途
`onboarding`	新手引导：demo data → train → attestation → strict workflow 一条龙
`workflow`	生产级：doctor → preflight → strict → summary
`strict`	直接跑 33-gate fail-closed DAG
`train`	Train / select / evaluate + 产出 evidence artifacts
`summary`	渲染用户可读的 markdown / JSON 摘要

流水线步骤（需要拆步时）

子命令	用途
`init`	生成项目目录和 config 模板
`preflight`	验证 train/valid/test schema 和语义映射
`split`	把单个 CSV 拆成 train/valid/test（患者级隔离）
`semantic-audit`	LLM 对特征列做语义泄漏检测
`llm-review`	非对称 LLM 评审层：把 gate evidence（`--rag` 时附 KB 同行评审）合成方法学疑点，写到 `evidence/llm_review_report.json`（publication_gate 按约定读取并折叠）。只加疑点、永不把 gate fail 洗成 pass。默认确定性 double（无网络）；`--live` 用真 Claude

环境 / 元数据

子命令	用途
`doctor`	运行时依赖和可选后端检查
`init-guide`	为任意 ML 项目生成 MLGG 方法学指南（`.mlgg/` + CLAUDE.md）
`record-session`	把 evidence 目录追加到 session 日志

单 gate 直调

子命令	用途
`fairness`	Subgroup equalized odds / disparate impact
`sample-size`	EPV / shrinkage / Riley criteria

`[review]` — Mode B/C（外部 code/paper 审查，不需要 evidence）

无 instrumented evidence 即可跑。L2 33 gate 在这条线上结构性跳过（见 §Audit Routing）。

子命令	用途	Mode
`audit`	10 维定量打分（100 分制）审计外部 ML 项目	B
`audit-report`	综合审计报告（TRIPOD+AI / PROBAST+AI + error KB + 文献引用）	B
`audit-metrics`	只从 metrics JSON 做 publication-readiness 快检（无需数据文件）	B
`batch-review`	批量对 N 个项目做期刊标准审查 + 对比矩阵	B
`export-review-prompt`	导出 MLGG 评审规则为便携 LLM prompt（可粘到任意 LLM）	C
`lint`	等价 `mlgg-lint`（AST 代码泄漏检测，零依赖）	B
`rag`	在 817 条 reviewer KB 上做 hybrid 检索（dense + BM25 + MMR）。W18-D1 实测 `hybrid_all` > BM25-only；`DENSE_WEIGHT=0.10` 默认（W13-P0 起）。W26-R1 `adaptive=True` + W27-R1 `dedup_by_code=True` 是 Mode B/C 推荐组合	B / C
`llm-audit`	W29-MVP + W31-V2：LLM-first paper audit + 可选 RAG 背书。Anthropic Claude 跑 reviewer-role 提示词找 design flaw（leakage / 时序 / derivation circularity），然后 per-concern RAG 给每条 concern 找 KB 同行评审原文（默认 `--rag-strategy post_hoc`，W31-V2 GLM7 N=1 实测 47% 引证 on-topic vs primed mode 40%；primed 路径在长 methods text 上 leakage_probe 是 dead path，pool 偏 missingness — 见 `docs/diagnostics/W31_V2_glm7_3way_ablation.md`）。需 `pip install anthropic` + `ANTHROPIC_API_KEY`。CLI: `mlgg-review llm-audit <pdf>`	C

W28-S0 grouping rationale: 这 8 个子命令构成"对别人的 code/paper 评审"产品线，与 [governance] 的"对你自己的流水做合规"目标 / GT 来源 / 度量体系都不同（详见 docs/PRODUCTS.md）。

`[benchmark]`（内部用，release 前跑）

子命令	用途
`authority`	Authority E2E 基准套件
`authority-release`	CKD release-grade 压力路由
`authority-research-heart`	心脏研究场景高压路由
`benchmark-suite`	多数据集稳定性矩阵（authority + adversarial）
`scan-diabetes`	糖尿病 feasibility 扫描（跨 target mode 和行上限）
`adversarial`	Adversarial fail-closed gate 场景

`[ops]` — 元工具 / 向导

子命令	用途
`interactive`	向导式 init/workflow/train/authority
`play`	Pixel-art 菜单式启动器
`validate`	Config schema 校验（`configs/*.yaml` / `request.json`），CI 前快检（dispatcher-only，不在 COMMANDS 表）
`flow`	显示 31 子命令的推荐执行顺序（dispatcher-only）

Script-level 工具（非 mlgg 子命令，直接 python3 调用）

用途	脚本
查看结果	`scripts/reporting/quick_summary.py <dir>`
对比两次运行	`scripts/reporting/compare_runs.py --run-a <d1> --run-b <d2>`
生成修复计划	`scripts/reporting/remediation_plan.py --evidence-dir <dir>`
解释 gate 失败	`scripts/reporting/explain_gate.py --report <gate_report.json>`
LaTeX / 合规证书	`scripts/reporting/export_latex.py` / `generate_compliance_certificate.py`
论文审稿	`scripts/review/peer_review_lookup.py` / `score_paper_metadata.py`
下载数据集	`examples/download_*.py`（详见 `references/docs/API-Reference.md`）

内部工具函数（_gate_utils.py）和 SHAP gate 直接调用见 references/docs/gate-framework-developer-guide.md。

Peer Review Evidence Protocol

Agent 审查代码时，查阅 references/case-studies/peer-review-kb.json（335 篇论文，其中 154 篇已抽取，共 817 条审稿意见）作为补充背书——当适用时可以引用，但不要把缺引用当作 gate 判定的依据。

审稿人的原话是有力的旁证，但不是 ground truth。KB 是 Nature Communications 已发表论文的审稿意见集合，经过了 pre-publication filter——有严重泄漏的论文在发表前就被拒，因此 KB 中 leakage 类审稿意见稀少（≈4% with leakage_gate mapping）。

强弱覆盖、KB 结构、检索策略详见 references/case-studies/peer-review-kb-audit-2026-04.md。要点:

Gate 失败 = evaluation / reporting / external validation → KB 是有力背书
Gate 失败 = leakage → 优先 leakage_gate + lint R001-R030,KB 仅辅助(prepub filter 后 KB 中 leakage 案例稀少)
不要用 "KB 里没提过" 反推 leakage 不存在

引用格式: [PEER-REVIEW] PR-XXX-CYY (Nature Communications, 20XX) 审稿人: "..." 修复: "..."

检索: python3 scripts/review/peer_review_lookup.py --stats|--gate <name>|--tags "<tags>"

Caveat (RAG layer): BM25 inactive in free-text mode; see README for full limitations.

Clinical Semantic Review Checklist

Agent 审查或构建模型时，必须执行以下临床检查（自动 gate 无法覆盖）：

Feature Timeline Audit

每个特征判定产生时间点：

Pre-index (入院前: demographics, prior diagnoses) — 安全
Index-time (入院时: admission labs, chief complaint) — 安全（如果预测在入院时）
Post-index (出院后: length of stay, discharge disposition) — LEAKAGE

数据集	常被误用的 post-index 特征
Diabetes 130 (UCI)	time_in_hospital, num_medications, discharge_disposition_id
MIMIC-III/IV	Procedures, ventilation hours, vasopressor doses

用户未指定预测时间点 → 问: "模型用于入院时、住院中、还是出院时？"

Definition Variable Leakage (Lint 无法检测)

当用户用 hba1c >= 6.5 或 fasting_glucose >= 126 定义糖尿病标签后，这些变量不能出现在特征列表中。Agent 必须检查:

标签是如何构建的（查找 df["label"] = ... 的定义逻辑）
定义中用到的列是否出现在 features = [...] 或 X = df.drop(...) 中
如果结局 = 疾病诊断，读 references/methodology/disease-definition-knowledge-base.json 获取泄漏黑名单

Variable Aliasing (Lint R021 可部分检测)

用户可能将 test set 赋给别名变量后用于调参:

holdout_X = X_test       # alias
for params in grid:
    score = evaluate(holdout_X)  # 实际上在用 test set 调参

R021 可检测 holdout/held_out 等关键词，但任意命名（如 eval_data = X_test）仍需 agent 人工追踪赋值链。

Calibration Standards (Van Calster 2019)

每次校准报告必须包含:

Calibration slope (target: 1.0)
Calibration intercept (target: 0)
O:E ratio (target: 1.0)
ECE (<0.05 good, <0.10 acceptable)

Interpretability Standards

Multi-model SHAP: ≥ 2 model families
Cross-model Spearman rank ρ ≥ 0.5
Top-5 features 临床可解释

Fairness Standards

95% Bootstrap CI for subgroup metrics
n < 200 subgroups flagged as unreliable
Equalized odds gap + disparate impact ratio

Model Comparison

≥ 3 models on same test → 需多重比较校正 (Bonferroni-adjusted DeLong)
无校正 → 报告为 "empirical comparison" 非 "statistically superior"

12 维评分 (100 分制)

#	维度	权重	评分要点
1	数据完整性	12	Split 隔离、患者级不重叠、时序有序
2	防泄漏	15	无目标/定义/谱系/未来泄漏
3	流水线隔离	12	预处理器仅 train fit、插补隔离
4	模型选择严谨性	10	候选≥3、one-SE、不窥测试集
5	统计有效性	12	Bootstrap CI、置换检验、校准、DCA
6	泛化证据	10	Train-test gap、外部队列、种子稳定
7	临床完整性	7	完整指标面板、混淆矩阵、阈值
8	报告标准	7	TRIPOD+AI、PROBAST+AI
9	可重复性	6	种子记录、版本追踪
10	安全与溯源	3	模型签名、工件完整性
11	公平性	3	均等化优势、差异影响比
12	样本量	3	EPV≥10、收缩因子≥0.90

≥90 顶刊级 · 75-89 需补充 · 60-74 重大缺陷 · <60 不可发表

期刊标准映射: references/standards/journal-rigor-standards.json (Nature Medicine, Lancet DH, JAMA, BMJ, npj DM)

常见错误恢复

错误	修复
`candidate_pool_too_small`	增加模型族或 `--max-trials-per-family`
训练超时 (>20min)	减少模型数/trials
`FileNotFoundError`	检查 `data/` 下 CSV
Gate 失败	`python3 scripts/reporting/explain_gate.py --report evidence/<gate>_report.json`

Gate 严格性 Profile

Profile	适用场景	EPV	最小事件
`standard`	N≥1000	10	100
`small_cohort`	N=200-1000	7	50
`rare_disease`	N<200	5	20

在 request.json 中指定: "thresholds": {"profile": "rare_disease"}

Claim Tiers（诚实分级 — 非对称双层）

publication_gate 输出 summary.claim.tier，绑定到确定性门控底线,与 LLM 评审层分开:

tier	含义	条件
`publication-grade`	全部门控 + 已验证的 attestation 签名（可信签名者）	L3 通过
`leakage-audited`	确定性泄漏门控通过,尚未达发布级	L1/L2 通过
`none`	未达底线（含任一 blocking 评审意见——它会把所有 tier 压到 none）	—

非对称规则: LLM 评审层（evidence/llm_review_report.json,见 mlgg llm-review / scripts/review/llm_review.py）只能加疑点——blocking 意见把 tier 压低并 fail；advisory 意见仅记录,不抬高 tier。LLM 永远不能把门控的 fail 洗成 pass。summary.claim 同时报告 reviewer_concerns_incorporated 与 blocking/advisory 计数。对外引用 publication-grade 时仍须具体到维度（见下方"能力边界"）。

能力边界

MLGG 是训练管线治理工具，不是全栈 publication readiness。下面的分层请诚实读。

维度	覆盖	说明
数据划分 / 泄漏检测 / 管线隔离	✅ 强	33 gate 的核心设计目标；有代码扫描 + 运行时检测
模型选择 / 评估指标 / 校准 / DCA	✅ 强	完整 14 指标面板，Bootstrap CI，TRIPOD+AI 对齐
公平性 / 亚组分析	✅ 中	`fairness_equity_gate` 查等均化 odds + disparate impact
样本量 / EPV	✅ 中	Riley 2019/2025 + van Houwelingen 阈值
Cohort selection bias（谁进入队列、谁被排除、selection 机制）	✅ 中	`cohort_definition_gate` 现在验证 `--cohort-spec` JSON 声明的 inclusion/exclusion cascade（monotonicity + final_cohort_size 对账）、生成 `cohort_table_one.csv`（TRIPOD+AI Item 13a）、检查 `index_date_col` 存在性；`claim_tier=publication-grade` 时未声明 cascade → FAIL。仍不做与人群参考（NHANES/census）的 Table 1 对比，也不做 immortal-time-bias 值域检测（下放 `feature_lineage_gate`）。
Label ascertainment validity（结局如何被记录、coding 误差）	❌ 超范围	需临床核验 + EHR 元信息，不是代码问题
Post-deployment monitoring（上线后漂移、性能衰减）	❌ 超范围	MLGG 是离线治理，推荐 Evidently AI / WhyLabs 等

模态: 回顾性队列研究的二分类预测（EHR / 临床 / 注册 / 病例对照 / 横断面）。23 个模型族（其中 4 个为可选后端：XGBoost / CatBoost / LightGBM / TabPFN）。 不支持: 组学/基因组 (TCGA bulk、scRNA-seq、GWAS、甲基化) / 影像 / 文本 / 时序、多分类 / 回归、深度学习、部署流水线、survival/time-to-event (roadmap)。模态守卫: mlgg-lint R028 会在检测到 gene_/probe_/snp_/cpg_/rs#/ENSG 特征时直接拒绝。

用"publication-grade"时请具体到哪个维度："本项目已过 MLGG 训练管线治理（33 gate），cohort cascade 已声明+对账、Table 1 已生成，但 label ascertainment 依赖临床核验"——不要泛泛声称论文级就绪。

Research 模式常见修复

用户代码中的问题	严重度	修复
`train_test_split(X, y)` 无 groups	CRITICAL	加 `groups=df["patient_id"]`
`scaler.fit(X)` 在 split 前	CRITICAL	移到 split 后 `scaler.fit(X_train)`
SMOTE 用在全数据	CRITICAL	删 SMOTE，改 `class_weight="balanced"`
只报 AUROC	MAJOR	补 AUPRC、MCC、Brier、校准、DCA
无 CI	MAJOR	加 bootstrap 95% CI (≥1000)
阈值在 test 上选	CRITICAL	改为 validation 上选 (Youden's J)
定义变量做特征	CRITICAL	删除所有定义变量

标准化交付物

<project>/
├── data/train.csv, valid.csv, test.csv
├── configs/request.json, *.json
├── evidence/*_report.json (×33), manifest.json, prediction_trace.csv.gz
├── models/model.pkl + model.pkl.sig
└── results/summary.md, tables.tex

Phase 文件参考

references/protocols/ 下:review-protocol.md、phase-1.md ~ phase-9.md、audit-mode.md。疾病/错误/文献知识库:references/methodology/disease-definition-knowledge-base.json、references/operations/error-knowledge-base.json、references/methodology/literature-knowledge-base.json。

Recent state（W11-W18 备忘，agent 必读）

SKILL.md 是 pre-Wave-11 快照；下列状态变更未反映在上面分组表里，引用前请确认:

RAG 默认权重: DENSE_WEIGHT=0.10 自 W13-P0 起生效，hybrid_all 路径在 BM25 上提分稳定。原始 ablation 数据见 docs/diagnostics/W18_D1_post_p0_ablation.md 与 docs/RAG_WAVE_9_TO_12_RETRO.md。
Disease KB provenance: references/methodology/disease-definition-knowledge-base.json 的 11 条 bundled entries 为 LLM 生成、pending clinical review——publication-grade 使用前必须查 guideline。审计原文 docs/diagnostics/W8W10_disease_kb_provenance_audit.md + W17_C2_disease_kb_audit.md。
W18-D3 MMR silver-bullet bug: rerank 阶段 MMR diversity 失效，正由 W20-F1 修复中；现有 RAG 结果对临近重复段落容忍度偏高。详见 docs/diagnostics/W18_D3_mmr_effect_audit.md。
Process & retro 上下文: 跨波次债务清单 docs/PROCESS_DEBT.md，wave 9-12 总结 docs/RAG_WAVE_9_TO_12_RETRO.md，wave 1-8 总结 docs/RAG_WAVE_1_TO_8_RETRO.md。

name	ml-governance-guard
description	Publication-grade governance for retrospective cohort binary-classification ML (EHR/registry/case-control/cross-sectional). 33 fail-closed gates covering leakage, calibration, fairness, TRIPOD+AI/PROBAST+AI compliance. Refuses omics/imaging/text modalities via R028.

ML Governance Guard

架构

/mlgg → 加载 .claude/commands/mlgg.md（状态机 + 评审循环，~200 行）
每个 Phase → 按需读 references/protocols/phase-N.md（仅 Research 模式）
审计模式 → references/protocols/audit-mode.md

Entry Points（3 条正式入口）

MLGG 对外暴露 3 条稳定入口，其他所有功能都是它们的子命令或辅助脚本。

入口	面向	场景
`/mlgg`	人类用户（Claude Code 内）	建模 / 训练 / "我有数据" —— 自动观察数据、推断参数、走 Pipeline 模式 6 步（仅 CSV）或 Research 模式 9 阶段（含用户代码）
`mlgg <subcommand>`	终端 / 脚本自动化	31 个子命令（见 Quick Dispatch 分组表），包含 play / workflow / onboarding / audit / doctor / lint / llm-audit / llm-review 等
`mlgg-lint`	CI / pre-commit	独立 pip 包，30 条 AST 规则（R001-R030，含 R028 omics 模态守卫），零依赖，5 秒扫完单文件

怎么选？`workflow` vs `audit`

项目是你用 MLGG 自己跑出来的（evidence/*.json 存在、configs/request.json 符合 schema）→ mlgg workflow --strict，跑全部 33 gate 验证证据。
项目是别人写的、没有 MLGG 格式的 evidence（只有 train.csv / notebook / 模型 pickle / metrics.json）→ mlgg audit <dir>，基于代码模式扫描 + 文件结构检查打分，不会因缺 evidence/*.json 而爆 noisy failure。
CI 里只想检查单文件代码泄漏 → mlgg-lint check <file.py>（零依赖，几秒出结果）。

Audit Routing — Mode A / B / C（W26 Amendment 2 落地）

Mode	输入	路由	层组合	适用入口
A. Instrumented training run	你自己的训练流水（`evidence/*.json` + `configs/request.json`）	全部 3 层	L1 lint + L2 33 gate + L3 RAG	`mlgg workflow --strict` / `/mlgg`
B. External code + paper 联审	别人 repo + 论文 PDF（如 Kaji 2019 + rnn_mimic.py）	L1 + L3 only	L1 lint (`mlgg-lint`) + L3 RAG (`mlgg rag` / `synthesize_flags_from_rag`)；L2 自动跳过	`mlgg audit <dir>` + `mlgg rag`
C. Pure paper 审查	仅论文 PDF（无 code）	L3 only	L3 RAG hybrid 检索 + reviewer-style synthesis	`mlgg rag` / `peer_review_lookup.py`

Quick Dispatch

`[governance]` — Mode A（你自己的训练流水）

需要 evidence/*.json + configs/request.json。

主流程（90% 场景）

子命令	用途
`onboarding`	新手引导：demo data → train → attestation → strict workflow 一条龙
`workflow`	生产级：doctor → preflight → strict → summary
`strict`	直接跑 33-gate fail-closed DAG
`train`	Train / select / evaluate + 产出 evidence artifacts
`summary`	渲染用户可读的 markdown / JSON 摘要

流水线步骤（需要拆步时）

子命令	用途
`init`	生成项目目录和 config 模板
`preflight`	验证 train/valid/test schema 和语义映射
`split`	把单个 CSV 拆成 train/valid/test（患者级隔离）
`semantic-audit`	LLM 对特征列做语义泄漏检测
`llm-review`	非对称 LLM 评审层：把 gate evidence（`--rag` 时附 KB 同行评审）合成方法学疑点，写到 `evidence/llm_review_report.json`（publication_gate 按约定读取并折叠）。只加疑点、永不把 gate fail 洗成 pass。默认确定性 double（无网络）；`--live` 用真 Claude

环境 / 元数据

子命令	用途
`doctor`	运行时依赖和可选后端检查
`init-guide`	为任意 ML 项目生成 MLGG 方法学指南（`.mlgg/` + CLAUDE.md）
`record-session`	把 evidence 目录追加到 session 日志

单 gate 直调

子命令	用途
`fairness`	Subgroup equalized odds / disparate impact
`sample-size`	EPV / shrinkage / Riley criteria

`[review]` — Mode B/C（外部 code/paper 审查，不需要 evidence）

无 instrumented evidence 即可跑。L2 33 gate 在这条线上结构性跳过（见 §Audit Routing）。

子命令	用途	Mode
`audit`	10 维定量打分（100 分制）审计外部 ML 项目	B
`audit-report`	综合审计报告（TRIPOD+AI / PROBAST+AI + error KB + 文献引用）	B
`audit-metrics`	只从 metrics JSON 做 publication-readiness 快检（无需数据文件）	B
`batch-review`	批量对 N 个项目做期刊标准审查 + 对比矩阵	B
`export-review-prompt`	导出 MLGG 评审规则为便携 LLM prompt（可粘到任意 LLM）	C
`lint`	等价 `mlgg-lint`（AST 代码泄漏检测，零依赖）	B
`rag`	在 817 条 reviewer KB 上做 hybrid 检索（dense + BM25 + MMR）。W18-D1 实测 `hybrid_all` > BM25-only；`DENSE_WEIGHT=0.10` 默认（W13-P0 起）。W26-R1 `adaptive=True` + W27-R1 `dedup_by_code=True` 是 Mode B/C 推荐组合	B / C
`llm-audit`	W29-MVP + W31-V2：LLM-first paper audit + 可选 RAG 背书。Anthropic Claude 跑 reviewer-role 提示词找 design flaw（leakage / 时序 / derivation circularity），然后 per-concern RAG 给每条 concern 找 KB 同行评审原文（默认 `--rag-strategy post_hoc`，W31-V2 GLM7 N=1 实测 47% 引证 on-topic vs primed mode 40%；primed 路径在长 methods text 上 leakage_probe 是 dead path，pool 偏 missingness — 见 `docs/diagnostics/W31_V2_glm7_3way_ablation.md`）。需 `pip install anthropic` + `ANTHROPIC_API_KEY`。CLI: `mlgg-review llm-audit <pdf>`	C

W28-S0 grouping rationale: 这 8 个子命令构成"对别人的 code/paper 评审"产品线，与 [governance] 的"对你自己的流水做合规"目标 / GT 来源 / 度量体系都不同（详见 docs/PRODUCTS.md）。

`[benchmark]`（内部用，release 前跑）

子命令	用途
`authority`	Authority E2E 基准套件
`authority-release`	CKD release-grade 压力路由
`authority-research-heart`	心脏研究场景高压路由
`benchmark-suite`	多数据集稳定性矩阵（authority + adversarial）
`scan-diabetes`	糖尿病 feasibility 扫描（跨 target mode 和行上限）
`adversarial`	Adversarial fail-closed gate 场景

`[ops]` — 元工具 / 向导

子命令	用途
`interactive`	向导式 init/workflow/train/authority
`play`	Pixel-art 菜单式启动器
`validate`	Config schema 校验（`configs/*.yaml` / `request.json`），CI 前快检（dispatcher-only，不在 COMMANDS 表）
`flow`	显示 31 子命令的推荐执行顺序（dispatcher-only）

Script-level 工具（非 mlgg 子命令，直接 python3 调用）

用途	脚本
查看结果	`scripts/reporting/quick_summary.py <dir>`
对比两次运行	`scripts/reporting/compare_runs.py --run-a <d1> --run-b <d2>`
生成修复计划	`scripts/reporting/remediation_plan.py --evidence-dir <dir>`
解释 gate 失败	`scripts/reporting/explain_gate.py --report <gate_report.json>`
LaTeX / 合规证书	`scripts/reporting/export_latex.py` / `generate_compliance_certificate.py`
论文审稿	`scripts/review/peer_review_lookup.py` / `score_paper_metadata.py`
下载数据集	`examples/download_*.py`（详见 `references/docs/API-Reference.md`）

内部工具函数（_gate_utils.py）和 SHAP gate 直接调用见 references/docs/gate-framework-developer-guide.md。

Peer Review Evidence Protocol

审稿人的原话是有力的旁证，但不是 ground truth。KB 是 Nature Communications 已发表论文的审稿意见集合，经过了 pre-publication filter——有严重泄漏的论文在发表前就被拒，因此 KB 中 leakage 类审稿意见稀少（≈4% with leakage_gate mapping）。

强弱覆盖、KB 结构、检索策略详见 references/case-studies/peer-review-kb-audit-2026-04.md。要点:

Gate 失败 = evaluation / reporting / external validation → KB 是有力背书
Gate 失败 = leakage → 优先 leakage_gate + lint R001-R030,KB 仅辅助(prepub filter 后 KB 中 leakage 案例稀少)
不要用 "KB 里没提过" 反推 leakage 不存在

引用格式: [PEER-REVIEW] PR-XXX-CYY (Nature Communications, 20XX) 审稿人: "..." 修复: "..."

检索: python3 scripts/review/peer_review_lookup.py --stats|--gate <name>|--tags "<tags>"

Caveat (RAG layer): BM25 inactive in free-text mode; see README for full limitations.

Clinical Semantic Review Checklist

Agent 审查或构建模型时，必须执行以下临床检查（自动 gate 无法覆盖）：

Feature Timeline Audit

每个特征判定产生时间点：

Pre-index (入院前: demographics, prior diagnoses) — 安全
Index-time (入院时: admission labs, chief complaint) — 安全（如果预测在入院时）
Post-index (出院后: length of stay, discharge disposition) — LEAKAGE

数据集	常被误用的 post-index 特征
Diabetes 130 (UCI)	time_in_hospital, num_medications, discharge_disposition_id
MIMIC-III/IV	Procedures, ventilation hours, vasopressor doses

用户未指定预测时间点 → 问: "模型用于入院时、住院中、还是出院时？"

Definition Variable Leakage (Lint 无法检测)

当用户用 hba1c >= 6.5 或 fasting_glucose >= 126 定义糖尿病标签后，这些变量不能出现在特征列表中。Agent 必须检查:

标签是如何构建的（查找 df["label"] = ... 的定义逻辑）
定义中用到的列是否出现在 features = [...] 或 X = df.drop(...) 中
如果结局 = 疾病诊断，读 references/methodology/disease-definition-knowledge-base.json 获取泄漏黑名单

Variable Aliasing (Lint R021 可部分检测)

用户可能将 test set 赋给别名变量后用于调参:

holdout_X = X_test       # alias
for params in grid:
    score = evaluate(holdout_X)  # 实际上在用 test set 调参

R021 可检测 holdout/held_out 等关键词，但任意命名（如 eval_data = X_test）仍需 agent 人工追踪赋值链。

Calibration Standards (Van Calster 2019)

每次校准报告必须包含:

Calibration slope (target: 1.0)
Calibration intercept (target: 0)
O:E ratio (target: 1.0)
ECE (<0.05 good, <0.10 acceptable)

Interpretability Standards

Multi-model SHAP: ≥ 2 model families
Cross-model Spearman rank ρ ≥ 0.5
Top-5 features 临床可解释

Fairness Standards

95% Bootstrap CI for subgroup metrics
n < 200 subgroups flagged as unreliable
Equalized odds gap + disparate impact ratio

Model Comparison

≥ 3 models on same test → 需多重比较校正 (Bonferroni-adjusted DeLong)
无校正 → 报告为 "empirical comparison" 非 "statistically superior"

12 维评分 (100 分制)

#	维度	权重	评分要点
1	数据完整性	12	Split 隔离、患者级不重叠、时序有序
2	防泄漏	15	无目标/定义/谱系/未来泄漏
3	流水线隔离	12	预处理器仅 train fit、插补隔离
4	模型选择严谨性	10	候选≥3、one-SE、不窥测试集
5	统计有效性	12	Bootstrap CI、置换检验、校准、DCA
6	泛化证据	10	Train-test gap、外部队列、种子稳定
7	临床完整性	7	完整指标面板、混淆矩阵、阈值
8	报告标准	7	TRIPOD+AI、PROBAST+AI
9	可重复性	6	种子记录、版本追踪
10	安全与溯源	3	模型签名、工件完整性
11	公平性	3	均等化优势、差异影响比
12	样本量	3	EPV≥10、收缩因子≥0.90

≥90 顶刊级 · 75-89 需补充 · 60-74 重大缺陷 · <60 不可发表

期刊标准映射: references/standards/journal-rigor-standards.json (Nature Medicine, Lancet DH, JAMA, BMJ, npj DM)

常见错误恢复

错误	修复
`candidate_pool_too_small`	增加模型族或 `--max-trials-per-family`
训练超时 (>20min)	减少模型数/trials
`FileNotFoundError`	检查 `data/` 下 CSV
Gate 失败	`python3 scripts/reporting/explain_gate.py --report evidence/<gate>_report.json`

Gate 严格性 Profile

Profile	适用场景	EPV	最小事件
`standard`	N≥1000	10	100
`small_cohort`	N=200-1000	7	50
`rare_disease`	N<200	5	20

在 request.json 中指定: "thresholds": {"profile": "rare_disease"}

Claim Tiers（诚实分级 — 非对称双层）

publication_gate 输出 summary.claim.tier，绑定到确定性门控底线,与 LLM 评审层分开:

tier	含义	条件
`publication-grade`	全部门控 + 已验证的 attestation 签名（可信签名者）	L3 通过
`leakage-audited`	确定性泄漏门控通过,尚未达发布级	L1/L2 通过
`none`	未达底线（含任一 blocking 评审意见——它会把所有 tier 压到 none）	—

能力边界

MLGG 是训练管线治理工具，不是全栈 publication readiness。下面的分层请诚实读。

维度	覆盖	说明
数据划分 / 泄漏检测 / 管线隔离	✅ 强	33 gate 的核心设计目标；有代码扫描 + 运行时检测
模型选择 / 评估指标 / 校准 / DCA	✅ 强	完整 14 指标面板，Bootstrap CI，TRIPOD+AI 对齐
公平性 / 亚组分析	✅ 中	`fairness_equity_gate` 查等均化 odds + disparate impact
样本量 / EPV	✅ 中	Riley 2019/2025 + van Houwelingen 阈值
Cohort selection bias（谁进入队列、谁被排除、selection 机制）	✅ 中	`cohort_definition_gate` 现在验证 `--cohort-spec` JSON 声明的 inclusion/exclusion cascade（monotonicity + final_cohort_size 对账）、生成 `cohort_table_one.csv`（TRIPOD+AI Item 13a）、检查 `index_date_col` 存在性；`claim_tier=publication-grade` 时未声明 cascade → FAIL。仍不做与人群参考（NHANES/census）的 Table 1 对比，也不做 immortal-time-bias 值域检测（下放 `feature_lineage_gate`）。
Label ascertainment validity（结局如何被记录、coding 误差）	❌ 超范围	需临床核验 + EHR 元信息，不是代码问题
Post-deployment monitoring（上线后漂移、性能衰减）	❌ 超范围	MLGG 是离线治理，推荐 Evidently AI / WhyLabs 等

Research 模式常见修复

用户代码中的问题	严重度	修复
`train_test_split(X, y)` 无 groups	CRITICAL	加 `groups=df["patient_id"]`
`scaler.fit(X)` 在 split 前	CRITICAL	移到 split 后 `scaler.fit(X_train)`
SMOTE 用在全数据	CRITICAL	删 SMOTE，改 `class_weight="balanced"`
只报 AUROC	MAJOR	补 AUPRC、MCC、Brier、校准、DCA
无 CI	MAJOR	加 bootstrap 95% CI (≥1000)
阈值在 test 上选	CRITICAL	改为 validation 上选 (Youden's J)
定义变量做特征	CRITICAL	删除所有定义变量

标准化交付物

<project>/
├── data/train.csv, valid.csv, test.csv
├── configs/request.json, *.json
├── evidence/*_report.json (×33), manifest.json, prediction_trace.csv.gz
├── models/model.pkl + model.pkl.sig
└── results/summary.md, tables.tex

Phase 文件参考

Recent state（W11-W18 备忘，agent 必读）

SKILL.md 是 pre-Wave-11 快照；下列状态变更未反映在上面分组表里，引用前请确认:

RAG 默认权重: DENSE_WEIGHT=0.10 自 W13-P0 起生效，hybrid_all 路径在 BM25 上提分稳定。原始 ablation 数据见 docs/diagnostics/W18_D1_post_p0_ablation.md 与 docs/RAG_WAVE_9_TO_12_RETRO.md。
Disease KB provenance: references/methodology/disease-definition-knowledge-base.json 的 11 条 bundled entries 为 LLM 生成、pending clinical review——publication-grade 使用前必须查 guideline。审计原文 docs/diagnostics/W8W10_disease_kb_provenance_audit.md + W17_C2_disease_kb_audit.md。
W18-D3 MMR silver-bullet bug: rerank 阶段 MMR diversity 失效，正由 W20-F1 修复中；现有 RAG 结果对临近重复段落容忍度偏高。详见 docs/diagnostics/W18_D3_mmr_effect_audit.md。
Process & retro 上下文: 跨波次债务清单 docs/PROCESS_DEBT.md，wave 9-12 总结 docs/RAG_WAVE_9_TO_12_RETRO.md，wave 1-8 总结 docs/RAG_WAVE_1_TO_8_RETRO.md。

ml-governance-guard

ML Governance Guard

架构

Entry Points（3 条正式入口）

怎么选？workflow vs audit

Audit Routing — Mode A / B / C（W26 Amendment 2 落地）

Quick Dispatch

[governance] — Mode A（你自己的训练流水）

[review] — Mode B/C（外部 code/paper 审查，不需要 evidence）

[benchmark]（内部用，release 前跑）

[ops] — 元工具 / 向导

Peer Review Evidence Protocol

Clinical Semantic Review Checklist

Feature Timeline Audit

Definition Variable Leakage (Lint 无法检测)

Variable Aliasing (Lint R021 可部分检测)

Calibration Standards (Van Calster 2019)

Interpretability Standards

Fairness Standards

Model Comparison

12 维评分 (100 分制)

常见错误恢复

Gate 严格性 Profile

Claim Tiers（诚实分级 — 非对称双层）

能力边界

Research 模式常见修复

标准化交付物

Phase 文件参考

Recent state（W11-W18 备忘，agent 必读）

ML Governance Guard

架构

Entry Points（3 条正式入口）

怎么选？workflow vs audit

Audit Routing — Mode A / B / C（W26 Amendment 2 落地）

Quick Dispatch

[governance] — Mode A（你自己的训练流水）

[review] — Mode B/C（外部 code/paper 审查，不需要 evidence）

[benchmark]（内部用，release 前跑）

[ops] — 元工具 / 向导

Peer Review Evidence Protocol

Clinical Semantic Review Checklist

Feature Timeline Audit

Definition Variable Leakage (Lint 无法检测)

Variable Aliasing (Lint R021 可部分检测)

Calibration Standards (Van Calster 2019)

Interpretability Standards

Fairness Standards

Model Comparison

12 维评分 (100 分制)

常见错误恢复

Gate 严格性 Profile

Claim Tiers（诚实分级 — 非对称双层）

能力边界

Research 模式常见修复

标准化交付物

Phase 文件参考

Recent state（W11-W18 备忘，agent 必读）

怎么选？`workflow` vs `audit`

`[governance]` — Mode A（你自己的训练流水）

`[review]` — Mode B/C（外部 code/paper 审查，不需要 evidence）

`[benchmark]`（内部用，release 前跑）

`[ops]` — 元工具 / 向导

怎么选？`workflow` vs `audit`

`[governance]` — Mode A（你自己的训练流水）

`[review]` — Mode B/C（外部 code/paper 审查，不需要 evidence）

`[benchmark]`（内部用，release 前跑）

`[ops]` — 元工具 / 向导