hydration-free-energy-predict

name	hydration-free-energy-predict
description	预测分子的水合自由能
license	Proprietary. LICENSE.txt has complete terms

Overview

When given a compound, predict its hydration free energy.

Arguments

参数名	类型	必填	描述
smiles	string	是	SMILES字符串或包含SMILES的文件路径（通过标准输入传递）
output	string	否	输出文件路径，不指定时：单条SMILES输出到终端，CSV文件写回原文件
smiles-column	string	否	CSV文件中SMILES列的名称，不指定时自动检测
batch-size	integer	否	推理批处理大小，默认32
device	string	否	推理设备：auto, cpu, cuda，默认auto

执行

方法一：通过标准输入传递SMILES或文件路径

cd skills/hydration_free_energy && python hydration_free_energy_predict.py

运行后输入 SMILES 字符串或文件路径。

方法二：通过管道传递SMILES或文件路径

# 直接预测单个SMILES的水合自由能
echo "CCO" | cd skills/hydration_free_energy && python hydration_free_energy_predict.py

# 批量预测CSV文件中所有SMILES的水合自由能
echo "path/to/smiles.csv" | cd skills/hydration_free_energy && python hydration_free_energy_predict.py

可选参数

cd skills/hydration_free_energy && python hydration_free_energy_predict.py [--smiles-column COLUMN] [--batch-size SIZE] [--device {auto,cpu,cuda}] [--output OUTPUT_FILE]

示例

# 直接预测CCO的水合自由能
echo "CCO" | python hydration_free_energy_predict.py

# 从csv文件批量预测水合自由能（相对路径）
echo "../../hydration_free_energy.csv" | python hydration_free_energy_predict.py

# 从csv文件批量预测水合自由能（绝对路径）
echo "D:/PythonProjects/skills_test/hydration_free_energy.csv" | python hydration_free_energy_predict.py

# 指定输出文件
echo "smiles.csv" | python hydration_free_energy_predict.py --output predictions.csv

输出格式

• 单条 SMILES: 输出 JSON 格式的预测结果
• CSV 文件: 在原文件基础上追加 value 列，包含预测的结果