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批量文献引言分析与综述生成 - 当用户需要进行文献综述、领域调研、或从多篇论文的引言中梳理研究脉络时使用。输入单个包含多篇论文摘要+引言的markdown文件，输出结构化的综述报告（直接保存为文件，对话中仅显示简要摘要），包含时间线、多主题深度分析、观点论战、Mermaid可视化图表。特别适用于生物医学计算、AI4S等交叉领域的文献调研工作。Use when user needs literature review, domain research, or extracting research progress from multiple paper introductions. Input: single markdown file with abstracts+introductions. Output: structured review report saved as markdown file, brief summary in dialog. Includes timeline, deep theme analysis, viewpoint debates, and Mermaid visualizations.

引言导向文献综述技能

核心功能

1. 文献调研 - 仅从引言完成研究开题报告背景部分
2. 多主题识别 - 自动识别所有可能的研究方向（不预设, 基于原文内容合理外推分类, 至少识别出5个主题方向）
3. 可视化梳理 - Mermaid图表展示观点依赖、论证流程、范式演进
4. 每主题深度展开 - 每个识别的主题独立深入分析（时间线、方法、缺口、观点）

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核心设计原则

1. 原文-分析配对原则 (Citation-Analysis Pairing) ⭐

原文引用是证据，分析归纳是价值。二者缺一不可。

• 每条 [原文声明] 必须搭配 [模型归纳] 注释分析
• 禁止连续堆砌原文引用而不作分析
• [模型归纳] 必须基于原文推演，不得凭空编造
• 正确模式：原文声明 → 模型归纳 → 原文声明 → 模型归纳

2. 反幻觉机制 (Anti-Hallucination)

双标签系统：

• [原文声明] - 论文明确声明的内容
• [模型归纳] - 基于原文推理的分析（必须说明推理依据）

不确定性标记：

• [未明确给出] - 论文中未提及的字段
• [不确定] - 信息有歧义
• [引用文献未详述] - 二手引用信息不全

原文引用三要素：

1. 来源文献（完整引用格式）
2. 原文内容（保留原文英文）
3. 文献唯一标识（DOI或PMID，仅需ID）

3. 每主题深度展开 (Per-Theme Deep Dive) ⭐

每个识别的主题必须获得独立的纵向深入分析，不能浅尝辄止：

• 主题定义与范围界定
• 该主题的方法论演进时间线（≥3个时间节点）
• 该主题的方法分类与比较表格
• 该主题的核心观点与争议
• 该主题的研究缺口（≥2个）
• 该主题的观点依赖图（Mermaid graph）
• 该主题的代表性文献列表

纵向深入要求：[模型归纳] 分析必须层层递进，不能停留在"这表明X方法有效"的表面总结。每个主题的分析需要：

• 纵向挖掘：从序列→结构→功能→应用的因果链深入推演
• 跨文献关联：不同文献的观点互相印证或矛盾，形成叙事线索
• 根源分析：不止描述"有什么缺口"，要分析"为什么有缺口"、"缺口的根因是什么"
• 趋势推演：基于时间线推演该主题的未来走向

4. 可视化实质化 (Substantive Visualization)

所有关系图必须使用Mermaid语法，禁止纯文本/ASCII替代。

• 观点依赖图 → Mermaid graph（含颜色编码、关系类型标注）
• 论证流程图 → Mermaid flowchart
• 观点演进 → Mermaid sequence diagram
• 范式转换 → Mermaid state diagram
• 主题关系 → Mermaid mindmap
• 时间线 → Mermaid timeline

5. 文献可追溯性

每篇文献必须有完整身份标识，报告末尾提供文献索引表

引用标识规则：所有文献引用必须使用DOI或PMID作为唯一标识，禁止使用paper_01、paper_X等自编临时编号。理由：临时编号在不同分析中不一致，容易造成引用混乱和幻觉。

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触发条件

• 批量论文的摘要+引言文本
• 需要进行文献综述、领域调研、研究脉络梳理
• 需要从引言中提取历史背景、研究现状、观点演进
• 需要可视化观点之间的复杂关系

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输入格式

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id: unique_id (optional)
title: Paper Title
year: Year
doi: DOI 
authors: Author short names List
pmid: PubMed ID (optional)
---

## Abstract
Abstract content...

## Introduction
Introduction content...

重要说明：

• Introduction是必需的：完整分析需要Introduction
• 仅有Abstract也可接受：可提取研究问题、方法、贡献，但会缺失历史脉络、研究缺口等深度信息

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分析流程

第一阶段：独立解析每篇文献

0. 文献元信息提取
1. 研究定位与第一性原理
2. 历史脉络提取
3. 研究现状分类
4. 研究缺口识别（重点 — 识别四类缺口）
5. 核心观点提取
6. 关键参考文献整理
7. 原文-分析配对：每条 [原文声明] 后生成配套 [模型归纳] 分析

第二阶段：跨文献综合分析

1. 自动识别研究主题（不预设）— 从引言内容自动聚类
2. 每个主题深度展开 — 每个主题独立包含：
   • 主题定义、方法论时间线、方法分类表、核心争议、研究缺口、观点依赖图、代表性文献
3. 构建领域时间线（Mermaid timeline）
4. 观点追踪与论战（对比表格）
5. 观点依赖图（Mermaid graph）
6. 论证流程图（Mermaid flowchart）
7. 观点演进序列图（Mermaid sequence diagram）
8. 研究范式状态转换图（Mermaid state diagram）
9. 研究缺口综合（含缺口依赖图）

第三阶段：生成综述报告

输出格式：[输入文件名]_intro_[YYYYMMDD].md

只保存文件，不在对话中显示完整内容

对话中显示简要摘要：

✅ 分析完成

📊 分析统计
- 文献数量：N篇
- 识别主题：X个
- 时间跨度：[起始年] - [结束年]
- 每个主题均已完成深度展开

📁 输出文件
- 路径：[文件路径]
- 格式：Markdown (.md)

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关键原则

1. 原文-分析配对：每条 [原文声明] 必须配 [模型归纳] 分析，禁止原文堆砌 1.5. DOI/PMID标识：所有文献引用必须使用DOI或PMID，禁止paper_01等临时编号，避免幻觉 1.6. 主题纵向深入：[模型归纳] 必须层层递进，不止于表面总结，要纵向挖掘因果链和根源分析
2. 每主题深度展开：每个主题独立分析，含时间线、方法表格、缺口、观点图
3. 观点溯源：所有观点标注来源和原文引用
4. 双标签系统：所有观点标注 [原文声明] 或 [模型归纳]
5. 保留原文表述：原文内容保留英文，使用 「...」 包裹
6. 不确定性标记：不确定信息必须标注
7. 区分层次：明确区分"作者观点(原文id)"和"作者引用的他人观点(原文id-内部引用文献数字标注)", 两者都能溯源
8. 时间线一致性：同事件不同年份表述时同时记录并标注差异
9. 论战清晰化：对立观点并置展示
10. 可视化实质化：所有图表使用Mermaid语法，禁止ASCII替代
11. 反幻觉优先：绝不编造论文未声明的内容

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Quick Reference

反幻觉机制与质量检查 → references/quality-checklist.md

双标签系统与引用格式（含原文-分析配对原则） → references/citation-rules.md

可视化类型详解 → references/visualization-types.md

分析流程详细说明（含每主题深度展开要求） → references/analysis-workflow.md

特殊情况处理 → references/special-cases.md

输出格式与保存规则 → references/output-format.md