pubmed-linker

name	pubmed-linker
description	This skill should be used when the user asks to "update PubMed links", "check reference links", "find PubMed URLs", "download fulltext papers", or discusses PubMed/Medline literature search and reference management. Provides systematic approach for querying PubMed database and updating reference lists with accurate links.
version	1.0.0

PubMed 文献链接查询技能

这个技能提供了一套系统化的方法来使用 MCP PubMed 工具查询文献信息并更新参考文献列表的链接。

技能概述

当用户需要：

• 查询参考文献的 PubMed 链接
• 更新 Reference_list.md 中的文献链接
• 下载论文全文
• 检查文献的开放获取状态

使用此技能来准确调用 MCP PubMed 工具，避免幻觉。

可用的 MCP PubMed 工具

搜索工具

• pubmed_search - 高级搜索，支持布尔逻辑和 MeSH 术语
• pubmed_quick_search - 快速搜索，返回精简结果

查询工具

• pubmed_get_details - 获取完整文献信息（包括 PMID、DOI、全文链接）
• pubmed_batch_query - 批量查询多个 PMIDs
• pubmed_extract_key_info - 提取关键信息摘要

下载工具

• pubmed_download_fulltext - 下载指定文献的 PDF 全文
• pubmed_batch_download - 批量下载多个文献
• pubmed_detect_fulltext - 检测开放获取状态

其他工具

• pubmed_cross_reference - 查找相关文献（引用/被引用/相似文献）
• pubmed_cache_info - 缓存管理
• pubmed_system_check - 系统环境检查

文献引用格式解析

Reference_list.md 中的引用格式为：

[序号] 作者. 题目[J]. 期刊名, 年份, 卷(期): 页码.

提取关键信息用于 PubMed 搜索：

1. 作者姓氏 - 取第一作者姓氏
2. 关键词 - 从题目中选择 2-3 个核心关键词
3. 期刊名 - 可选，用于精确匹配
4. 发表年份 - 用于过滤结果

搜索策略

优先级搜索策略

策略 1：作者 + 题目关键词

作者姓氏 AND 题目关键词1 AND 题目关键词2

例如：Langevin AND Relationship AND Acupuncture

策略 2：期刊 + 年份 + 题目关键词

期刊名[ta] AND 年份[dp] AND 题目关键词

例如：Anat Rec[ta] AND 2002[dp] AND acupuncture

策略 3：精确题目匹配 使用完整题目（去除特殊字符）进行搜索

搜索结果验证

匹配成功需要满足：

• PMID 存在
• 作者姓名匹配
• 题目高度相似（>80%）
• 发表年份一致
• 期刊名匹配

链接格式

PubMed 链接

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/{PMID}/

DOI 链接（如果存在）

https://doi.org/{DOI}

全文下载链接

• 如果是开放获取，直接提供 PDF 链接
• 否则标注 "Subscription required"

更新文档格式

在原始引用后添加链接信息：

[序号] 作者. 题目[J]. 期刊名, 年份, 卷(期): 页码.
- **PMID**: {PMID}
- **PubMed**: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/{PMID}/
- **DOI**: https://doi.org/{DOI} (如果存在)
- **Fulltext**: {下载链接或状态}

批量处理流程

当处理大量文献时：

1. 初始化检查 - 使用 pubmed_system_check 验证环境
2. 分组处理 - 每次处理 5-10 篇文献，避免超时
3. 使用批量查询 - 优先使用 pubmed_batch_query 提高效率
4. 缓存管理 - 定期使用 pubmed_cache_info 查看缓存状态
5. 进度记录 - 维护处理进度，支持断点续传

错误处理

未找到匹配文献

• 尝试不同的搜索策略
• 检查是否有拼写错误
• 考虑期刊名称缩写变化
• 在文档中标注 ⚠️ 未找到匹配

多个匹配结果

• 选择作者、年份、期刊最匹配的结果
• 如果仍有歧义，标注 ⚠️ 多个匹配，需人工确认

全文无法获取

• 使用 pubmed_detect_fulltext 检查开放获取状态
• 尝试查找预印本版本（如 bioRxiv）
• 标注 🔒 订阅限制

最佳实践

1. 精确性优先 - 使用多个搜索条件交叉验证
2. 保留原始格式 - 不修改原始引用内容
3. 标注不完整 - 对无法确认的信息明确标注
4. 批量操作 - 充分利用批量查询工具
5. 合理超时 - 设置适当的搜索超时时间

示例工作流程

# 伪代码示例
for reference in reference_list:
    # 1. 解析引用信息
    info = parse_reference(reference)

    # 2. 执行搜索
    results = pubmed_search(
        query=f"{info.author} AND {info.keywords}",
        max_results=5
    )

    # 3. 验证匹配
    best_match = verify_match(info, results)

    # 4. 获取详细信息
    if best_match:
        details = pubmed_get_details(best_match.pmid)
        # 5. 更新文档
        update_reference(reference, details)

注意事项

• PubMed 数据库更新有延迟，最新文献可能未收录
• 期刊名称可能使用标准缩写（如 J. Acupunct. Meridian Stud.）
• 部分历史文献可能没有 PMID
• 非 PubMed 收录的文献需要手动处理

关联 Skill（网络调度协议）

关系	Skill	场景
被调用	paper-reader	精读后查找引用链接
被调用	deep-research	批量查找 PubMed 链接