القائمة
Query FAVOR API for variant functional prediction scores (CADD, SIFT, PolyPhen, REVEL, etc.) and gene annotation.
يُحدَّد Prompt الذي يراجع المصدر أولًا بشكل افتراضي. يمكنك التبديل إلى أمر مباشر أو تنزيل نسخة محلية.
اقرأ SKILL.md وأي ملفات مرافقة يعرضها SkillsMP قبل أن تقرر التثبيت.
التثبيت باستخدام Codex أو Claude انسخ هذا Prompt والصقه في Codex أو Claude أو مساعد آخر ليراجع صفحة Skill ويثبّتها لك.
يتجاوز الأمر المباشر Prompt المخصّص للمراجعة. افحص المصدر قبل تشغيله.
npx skills add https://github.com/SpectrAI-Initiative/InnoClaw --skill variant-functional-predictionيبقى الأمر في سطر واحد. مرّر أفقيًا لمراجعته كاملًا قبل النسخ.
تفضّل نسخة محلية؟ نزّل الملفات المتاحة حاليًا لدى SkillsMP.
Use the local InnoClaw CLI to run app workflows and Deep Research sessions from the terminal. Trigger when the user wants command-line control over this repository instead of only using the web UI.
Use when the user wants the full multi-stage paper discussion workflow, a comprehensive structured discussion of one paper, or an equivalent full-discussion request in another language.
Use when the user wants question-driven help on one paper, including paper understanding, follow-up questions, method or experiment clarification, limitation analysis, or comparison against related work in any language.
استنادا إلى تصنيف SOC المهني
عرض SKILL.md
| name | variant-functional-prediction |
| description | Query FAVOR API for variant functional prediction scores (CADD, SIFT, PolyPhen, REVEL, etc.) and gene annotation. |
| license | MIT license |
| metadata | {"skill-author":"PJLab"} |
Query FAVOR (GenoHub) API to get variant functional prediction scores.
API: GET https://api.genohub.org/v1/rsids/{rs_id}
Note: Returns a JSON list; use first element.
Args:
rs_id (str): dbSNP rsID (e.g. "rs7412")
Return:
Gene name, exonic category, functional prediction scores
(CADD, SIFT, PolyPhen2, MutationTaster, GERP, etc.)
import requests
rs_id = "rs7412"
url = f"https://api.genohub.org/v1/rsids/{rs_id}"
resp = requests.get(url, timeout=30).json()
d = resp[0] if isinstance(resp, list) else resp
print(f"[FAVOR] variant: {d.get('variant_vcf')}")
print(f"[FAVOR] 基因: {d.get('genecode_comprehensive_info')}")
print(f"[FAVOR] 区域: {d.get('genecode_comprehensive_category')}")
print(f"[FAVOR] 外显子变异类别: {d.get('genecode_comprehensive_exonic_category')}")
print(f"[FAVOR] CADD phred: {d.get('cadd_phred')} (>20=有害)")
print(f"[FAVOR] SIFT: {d.get('sift_cat')} (val={d.get('sift_val')})")
print(f"[FAVOR] PolyPhen2 HDIV: {d.get('polyphen2_hdiv_score')}")
print(f"[FAVOR] PolyPhen2 HVAR: {d.get('polyphen2_hvar_score')}")
print(f"[FAVOR] MutationTaster: {d.get('mutation_taster_score')}")
print(f"[FAVOR] MutationAssessor: {d.get('mutation_assessor_score')}")
print(f"[FAVOR] MetaSVM pred: {d.get('metasvm_pred')}")
print(f"[FAVOR] GERP_N: {d.get('gerp_n')}, GERP_S: {d.get('gerp_s')}")
print(f"[FAVOR] BRAVO AF: {d.get('bravo_af')}")