القائمة
文献知识库与专业术语资产库构建 skill。用于读取 MinerU 输出、对单篇论文建立结构化 study、维护术语库、生成检索索引，并根据 paper-memory guidance 回原文修正 study。新版输出统一写入 .paper_ai/03study/。
التثبيت باستخدام Codex أو Claude انسخ هذا Prompt والصقه في Codex أو Claude أو مساعد آخر ليراجع صفحة Skill ويثبّتها لك.
استنادا إلى تصنيف SOC المهني
| name | paper-study |
| description | 文献知识库与专业术语资产库构建 skill。用于读取 MinerU 输出、对单篇论文建立结构化 study、维护术语库、生成检索索引，并根据 paper-memory guidance 回原文修正 study。新版输出统一写入 .paper_ai/03study/。 |
Paper Study 是文献知识库执行层。
它把 MinerU 输出转化为可检索、可讨论、可写作的单篇论文资产。
公共目录、模型分工和安全边界见：
../paper-ai/references/runtime-contract.md
详细输出模板见：
references/study-output-template.md
正式学习来源必须来自：
<项目根目录>/.paper_ai/01mineru/01mineru/
不得用中文镜像或翻译稿替代证据判断。
学习时采用分层读取，避免 read.md 随长期积累挤占论文正文上下文。
默认完整读取：
<项目根目录>/.paper_ai/02memory/profile/skill.md
按当前论文主题、方法和证据需求检索相关条目，不默认全文读取：
<项目根目录>/.paper_ai/02memory/project/project.md
<项目根目录>/.paper_ai/02memory/profile/read.md
检索 read.md 时，优先使用论文类型、研究对象、组学方法、功能预测工具、氮循环/珊瑚胁迫/微生物组等关键词定位相关偏好；只把命中的条目和必要上下文带入正式精读。
默认不读取：
<项目根目录>/.paper_ai/02memory/profile/candidate.md
除非用户正在测试候选规律、审查 candidate，或明确要求按候选规律试运行。
<项目根目录>/.paper_ai/03study/breakdown/
journal_articles/
reviews/
theses/
other/
<项目根目录>/.paper_ai/03study/terminology/terminology.md
<项目根目录>/.paper_ai/03study/retrieval_index/index.md
可以创建缺失文件和目录。
不得覆盖已有内容；修正旧 study 时追加 Revision 区块。
每篇论文必须精读，覆盖：
不要逐段全文翻译。
paper-study 可以由 paper-ai 创建的独立子 agent 执行。
无论由主 agent 还是子 agent 执行，单篇精读标准不变。
不得因为批量学习、队列较长或上游要求“快一点”而省略背景、方法、结果、图表、讨论、局限、术语和写作材料。
做不到完整精读时，明确标记失败或待复核，不得输出伪完整 study。
paper-study 内部不要再创建子 agent 分包阅读同一篇文章；单篇证据判断必须保持统一。
| 类型 | 输出目录 | 重点 |
|---|---|---|
| Journal Articles | 03study/breakdown/journal_articles/ | 问题、方法、结果、图表、讨论、证据边界 |
| Reviews | 03study/breakdown/reviews/ | 领域共识、争议、机制框架、证据层级 |
| Theses | 03study/breakdown/theses/ | 章节组织、实验设计、结果表达、讨论写法 |
| Other | 03study/breakdown/other/ | 按材料性质记录，不拔高证据强度 |
综述和学位论文不当作一手实验证据。
每个关键判断必须归入一种来源：
| 标签 | 含义 |
|---|---|
| 原文事实 | 论文明确写出的方法、数据、结果 |
| 作者声称 | 摘要、讨论或结论中的解释 |
| 作者推断 | 基于结果提出但未直接证明的机制或意义 |
| AI 判断 | 对证据强弱、结构和写作价值的判断 |
| 用户偏好 | 来自 paper-memory 的项目/稳定偏好 |
| 待复核 | MinerU 解析不清、图表缺失、统计细节不明 |
禁止把作者讨论中的假设写成实验结果。
术语库只维护一个主文件：
<项目根目录>/.paper_ai/03study/terminology/terminology.md
每篇论文一个区块。
同一论文内同一术语不重复积累，除非语境差异会影响翻译。
优先采用：
<项目根目录>/.paper_ai/02memory/profile/read.md
<项目根目录>/.paper_ai/02memory/profile/skill.md
每篇论文追加到：
<项目根目录>/.paper_ai/03study/retrieval_index/index.md
记录 Paper ID、主题标签、方法标签、结果标签、图表标签、可用于写作的位置、study 路径和 MinerU 路径。
当存在：
<项目根目录>/.paper_ai/04dialogue/memory_to_study_guidance.md
或用户要求“按 memory 修正 study”时：
Revision 区块。不要只复述用户意见，必须回到证据。
当 paper-ai 或用户要求为写作提供材料时，输出材料包：
优先交给 nature-writing。
输出前检查：
文献系统总入口。用于学习论文、解析 PDF、讨论 study 的不足、纠正文献理解、积累术语、记录 memory、根据文献写作论文。用户只调用 paper-ai；paper-ai 负责确认项目根目录、维护 .paper_ai 运行结构、检查 gpt-5.4-mini 可用性，并调度 paper-mineru / paper-study / paper-memory / nature-writing。
Paper Memory 是项目事实、阅读偏好、写作偏好和用户科研判断习惯的长期记忆入口。日常高频调用只执行 references/memory-capture.md；只有用户明确要求蒸馏、更新 skill、审查 candidate 或构建 skill 时，才读取 references/memory-distillation.md。
PDF 文献解析准备与 MinerU 调度 skill。用于复制和重命名 PDF、配置 MinerU、生成解析命令、处理本地模型代理绕过、记录 GPU/模型/虚拟环境设置，并把解析输出放入 项目根目录下的 .paper_ai/01mineru/01mineru/。触发词包括：paper-mineru、MinerU、解析 PDF、运行 MinerU、学习这个 PDF 文件夹、PDF 重命名、生成 MinerU 命令。