graphify

name	graphify
title	Graphify — Knowledge Graph sobre a Memória do Simplicio
description	Transforma a memória do Simplicio (memory_items + embeddings all-MiniLM) em um knowledge graph consultável — nós + arestas, comunidades, god nodes, path/explain/query. Port do conceito Graphify (Graphify-Labs) reusando a infra já existente (neural-recall, vec0).

Graphify (Simplicio)

PORT do conceito Graphify (Graphify-Labs): transformar conteúdo em um knowledge graph consultável — entidades (nós) + relações (arestas), clusterizado em comunidades, com centralidade (god nodes) e navegação query / path / explain.

Diagnóstico de partida (2026-07-14)

O Simplicio Agent já tinha a metade da infraestrutura, mas faltava a camada relacional:

Camada	Estado antes	Onde
Embeddings reais (all-MiniLM-L6-v2)	✅ 34.912 vetores	memory_vectors
Busca híbrida FTS5+ANN	✅ neural-recall	~/.simplicio_agent/scripts/neural-recall
Tabelas de grafo no schema	✅ existem	memory_relationships, memory_edges
Relações populadas	❌ 0 arestas	vazias

O Graphify preenche exatamente esse buraco: extrai arestas e mede o grafo.

O que este skill faz

1. Build determinístico (0 tokens) — graphify_build.py reusa os embeddings JÁ computados e deriva arestas por:
   • co-referência: mesmo repo / arquivo / pasta (same_repo, same_file, same_dir)
   • símbolo: def/class/import/call colocalizados no código (calls, imports)
   • semântica: kNN por cosseno sobre os embeddings (semantic_neighbor)
2. Métricas de grafo — hub_score por nó, label-propagation em comunidades, god nodes, conexões surpreendentes (arestas semânticas entre comunidades).
3. Persistência — popula memory_relationships (grafo vivo) + graph.json (cache persistente) + GRAPH_REPORT.md + vault Obsidian.
4. Consulta — graphify_query.py: query (traversal + hops), path (BFS menor caminho), explain (vizinhança do nó), report.

Como usar

# Build completo (determinístico, sem LLM)
python3 ~/.simplicio_agent/skills/simplicio/graphify/scripts/graphify_build.py

# Smoke test em 2000 itens (validar antes do build full)
python3 ~/.simplicio_agent/skills/simplicio/graphify/scripts/graphify_build.py --limit 2000 --dry-run

# Consultar
python3 ~/.simplicio_agent/skills/simplicio/graphify/scripts/graphify_query.py query "retry policy" --hops 2
python3 ~/.simplicio_agent/skills/simplicio/graphify/scripts/graphify_query.py path "code:x:a.py" "code:x:b.py"
python3 ~/.simplicio_agent/skills/simplicio/graphify/scripts/graphify_query.py explain "skill:simplicio-runtime:graphify"
python3 ~/.simplicio_agent/skills/simplicio/graphify/scripts/graphify_query.py report

Integração com neural-recall

neural-recall acha nós por similaridade; o Graphify expande o contexto seguindo arestas do grafo (1-hop/2-hop). É o equivalente Simplicio ao /graphify query do Graphify original — em vez de reler arquivos, navega o grafo.

Modo deep (opcional, com tokens)

--mode deep habilita inferência de arestas IMPLÍCITAS via LLM (OpenRouter deepseek/deepseek-v4-flash). Requer OPENROUTER_API_KEY. Sem credencial, cai automaticamente no determinístico (já cobre a maioria das relações reais).

Verificação

• SELECT COUNT(*) FROM memory_relationships deve subir de 0 após o build.
• GRAPH_REPORT.md lista god nodes e conexões surpreendentes.
• graph.json é consultável sem reler 35k itens.