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Deep PubMed/MEDLINE search via NCBI E-utilities — query construction, MeSH terms, batch retrieval, clinical query refinement.
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引用三验 — 参考文献是否存在(L1) + 引用是否得当(L2) + 引用是否全面(L3)。三位一体验证管线，从DOI验真到语义审查到遗漏检测。
**触发条件**: 对一批论文（10-34 篇）批量处理 `step_quality_check.md` 中的 quality_score 并写入 `state.json`。
子skill | NotebookLM CLI全功能指南 — Q&A知识提取、内容生成(报告/视频/音频/信息图/幻灯片)、文献检索。响应paper-pipeline的P1阶段调用。
生产力工具 — Airtable、Google Workspace、Linear、Notion、Jupyter等。
Complete paper pipeline: retrieval, extraction, quality review, analysis, and publication.
双循环进化：内部反思(P0) + 外部吸收(P1)。Cross-project absorption methodology — multi-round cross-project comparison, active project tracking, self-expanding keyword discovery. 动灵驱动吸收(Entelechy-Driven Absorption v4.3).
| name | pubmed |
| related_skills | ["knowledge-acquisition"] |
| description | Deep PubMed/MEDLINE search via NCBI E-utilities — query construction, MeSH terms, batch retrieval, clinical query refinement. |
| version | 1.0.0 |
| license | MIT |
| author | Synthos |
| metadata | {"synthos":{"version":"2.0.1","author":"Synthos","signature":"query: str -> papers: list[dict]"}} |
⚠️ Hermes cron 环境安全扫描拦截（v91 — 2026-06-08）：
curl | python3管道被tirith:curl_pipe_shell安全扫描拦截。在 cron/Hermes 环境中，必须使用urllib.requeststdlib（写入脚本文件后执行），不得使用curl。
| 操作 | 安全命令（Hermes cron 环境） |
|---|---|
| 搜索 | 写入脚本文件后执行（见 scripts/pubmed-urllib.py），不可使用 `curl |
| 详情 | 写入脚本文件，用 urllib.request 读取 XML |
| 摘要 | 写入脚本文件，用 urllib.request 读取 text |
| 引用数 | 写入脚本文件，用 urllib.request 读取 JSON |
| PMC全文 | 写入脚本文件，用 urllib.request 读取 XML |
正确做法：将查询写入 .py 脚本文件，用 terminal 执行。详见 scripts/pubmed-urllib.py。
⚠️ Python 3.12 urllib 裸空格拒绝（v106 — 2026-06-08）：
urllib.request.urlopen()拒绝 URL 路径中包含裸空格的请求，报InvalidURL: URL can't contain control characters。所有 PubMed 查询必须使用quote_plus(term, safe='')编码。已在scripts/pubmed-urllib.py中修复，参见references/python312-url-quirk.md。
⚠️ E-utilities 日期范围格式陷阱（v187 — 2026-06-22）：使用
..分隔符（如2024/01/01..2026/06/08）进行日期过滤会静默返回0结果——PubMed API 不接受..格式，必须使用:分隔符（如2025/01/01:2026/06/22）。已在scripts/pubmed-urllib.py中自动转换，参见references/pubmed-date-format-quirk.md。
| 字段 | 示例 |
|---|---|
| MeSH | "vestibular diseases"[MeSH Terms] |
| 标题 | vestibular[Title] |
| 摘要 | vestibular[Abstract] |
| 作者 | "Smith J"[Author] |
| DOI | "10.1016/..."[DOI] |
| 日期 | "2020/01/01"[Date - Publication] : "2024/12/31"[Date - Publication] |
| 文献类型 | review[PT], randomized controlled trial[PT] |
| 临床查询 | "query"[filter] (therapy/diagnosis/prognosis/etiology) |
"vestibular rehabilitation"vestibul* (匹配 vestibular, vestibule等)saccade NEAR3 visual&tool=hermes-agent&email=user@example.com)references/mesh-terms.md — 眼动/前庭MeSH术语列表references/clinical-queries.md — 临床查询过滤器详解references/batch-retrieval.md — 批量检索和XML解析references/efetch-response-quirks.md — efetch 可能返回 text/plain 或 HTML（非JSON/XML）；esummary key 是 PMID 不在 pubmed 下；idlist 键名小写references/python312-url-quirk.md — Python 3.12 urllib.request 拒绝裸空格URL路径的修复（quote_plus编码，v106）references/pubmed-date-format-quirk.md — E-utilities 日期范围格式陷阱：.. 分隔符静默返回0结果，必须使用 : 分隔符|- scripts/pubmed-urllib.py — 可复用PubMed查询脚本（urllib stdlib，无curl，安全Hermes cron环境，已修复Python 3.12 quote_plus编码）
python3 pubmed-urllib.py "term" → count+PMIDspython3 pubmed-urllib.py "term" "2024/01/01:2026/06/08" → 日期过滤（使用 : 分隔符，勿用 ..）python3 pubmed-urllib.py --abstract "PMID1,PMID2" → 摘要提取search_query: str, max_results: int — 任务描述、参数配置papers: list[Paper] (pmid, title, authors, abstract, journal) — 执行结果对应原则：P2（机械原子暴露输入输出规范）
total_count: int — 符合查询条件的论文总数query_used: str — 实际执行的搜索查询副作用:
urllib.request（cron安全，非curl管道）