organize-deepresearch

name	organize-deepresearch
description	딥리서치 결과 파일(.md)을 Obsidian 노트 체계로 흡수·정리하는 워크플로우. 사용자가 딥리서치 파일을 @멘션하거나 "정리해줘", "흡수해줘", "옵시디언에 반영해줘", "딥리서치 결과 정리", "리뷰 결과 정리" 등을 말할 때 반드시 이 스킬을 사용할 것. 별도 요약 문서를 만드는 게 아니라, 기존 노트 체계(10_Literature/ 등)에 결과를 흡수하는 것이 핵심.

딥리서치 결과 정리 스킬

딥리서치 파일은 소비하고 소화하는 것이다. 결과물을 별도 정리 문서로 만들지 말고, 기존 Obsidian 노트 체계에 흡수시키는 것이 목표다.

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Step 1: 파싱 — 딥리서치에서 무엇이 나왔나?

딥리서치 파일을 읽고 다음 세 가지로 분류한다.

종류	처리 방향
새로 등장한 논문	→ obsidian/10_Literature/에 개별 literature 노트 생성
방법론/분석 접근법에 영향	→ obsidian/30_Methodology/ 또는 obsidian/20_Concepts/ 노트 업데이트
진행 중인 분석/프로젝트에 영향	→ obsidian/40_Projects/ 관련 노트 업데이트
팩트 수정 (저자명·수치·방법 오류 등)	→ 해당 노트 직접 수정

딥리서치 파일 자체는 건드리지 않는다. obsidian/70_Reviews/에 원본 그대로 보관.

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Step 2: 새 논문 → PubMed 조회 (메타데이터 확보)

각 논문마다 PubMed MCP tool을 병렬로 호출해 저자·저널·DOI·PMID·PMCID를 한 번에 확인한다.

• PMID 있으면 get_article_metadata 직접 사용
• DOI만 있으면 search_articles에 DOI[doi]로 검색
• 저자/제목만 있으면 search_articles로 검색

→ 노트는 아직 만들지 않는다. Step 2.5에서 다운로드 결과에 따라 생성한다.

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Step 2.5: 다운로드 시도 → 노트 생성

⚠️ 핵심 원칙: Claude가 직접 HTML을 쓰면 안 된다

API나 WebFetch로 받은 내용을 Write tool로 파일에 직접 쓰는 것은 금지:

• 토큰 낭비 (내용 전체가 Claude context를 통과)
• 할루시네이션 위험 — Claude가 재가공하면 내용이 왜곡될 수 있다

항상 curl로 원본 URL에서 직접 다운로드:

curl -s -L \
  -A "Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64) AppleWebKit/537.36" \
  -H "Accept: text/html,application/xhtml+xml" \
  "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMCXXXXXXXX/" \
  -o "obsidian/99_Assets/papers/저자연도_키워드.html"

다운로드 우선순위

1. PMC ID 있음 → curl로 PMC HTML 직접 다운로드

   • 성공 기준: 파일 크기 > 50KB (wc -c로 확인)
   • CAPTCHA 차단 시(~21KB): 5초 대기 후 재시도

2. PMC 없음, 오픈 액세스 DOI → curl로 출판사 URL 직접 다운로드

   • eLife, Frontiers, PLOS, bioRxiv 등 공개 URL 사용

3. 유료 저널 → 자동 다운로드 불가

다운로드 결과에 따른 노트 생성 분기

파일명 형식: 저자연도 주제키워드.md | 저장: obsidian/10_Literature/

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Case 1 — 전문 다운로드 성공

⚠️ 노트 작성 전 원문 추출 필수 (이 순서를 지킬 것)

HTML 파일을 Grep 또는 Read로 직접 읽어 아래 3항목을 먼저 뽑아낸다. 추출 없이 DR 요약만 보고 쓰는 것은 금지.

1. 연구 대상 및 조건 — 피험자/샘플, 실험 조건, N값 등 (Methods 또는 Results에서)
2. 핵심 방법 — 주요 분석/실험 Methods 단락에서 1~2문장 직접 인용
3. 주요 결과 수치 — 핵심 효과 크기, 비교값, 통계 수치 등 논문 고유 수치

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title: "논문 제목"
tags:
  - literature
  - [주제 태그들]
citekey: 저자연도_키워드
authors: "저자1, 저자2, ..."
year: YYYY
journal: "저널명"
doi: "10.xxxx/xxxxx"
pmid: "XXXXXXXX"
pmcid: "PMCXXXXXXXX"
url: "https://..."
paper_file: "저자연도_키워드.html"
paper_status: full
status: unread
importance: 3
aliases:
  - 저자연도
date-created: YYYY-MM-DD
date-modified: YYYY-MM-DD
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본문: 위에서 추출한 원문 내용만 작성. 반드시 Methods 직접 인용구("...") 1개 이상 포함.

# 저자 연도 — 한국어 제목 요약

## 한 줄 요약
[논문의 핵심을 한 문장으로]

## 핵심 내용
[논문이 실제로 보여주는 것: 실험 조건, 결과 수치, 방법론]

## 우리 연구와의 관계
- **적용 맥락**: [우리 분석의 어떤 부분을 지지/반박/보완하는가]
- **근거 수준**: (A) 직접 확인
- **한계**: [이 논문만으로 주장할 수 없는 것]

## 관련 노트
- [[관련 방법론 노트]] — 설명

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Case 2 — 전문 없음, abstract만 있음

frontmatter에 paper_status: abstract_only 기재. 본문 상단에 callout 삽입 후 abstract 기반으로 채운다:

# 저자 연도 — 한국어 제목 요약

> [!note] abstract 기반
> 전문 미확인. 아래 내용은 PubMed abstract에서 추출. 전문 확인 전 최대 (B) 수준.

## 한 줄 요약
[abstract에서 파악한 핵심]

## 핵심 내용
[abstract에서 확인 가능한 것만]

## 우리 연구와의 관계
- **적용 맥락**: [abstract 기반 추정]
- **근거 수준**: (B) abstract 기반
- **한계**: 전문 확인 전 클레임 사용 불가

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Case 3 — 유료 저널, 다운로드 불가

파일명 앞에 [미확인] 접두어: [미확인] 저자연도 키워드.md

frontmatter:

paper_file: "NOT_AVAILABLE — 기관 접속 필요"
paper_status: missing

본문:

# [미확인] 저자 연도 — 제목

> [!warning] 전문 미확인
> 기관 접속 후 직접 확인 필요. 아래 내용은 딥리서치 요약 기반이며 검증되지 않았다.

## 우리 연구와의 관계
- **적용 맥락**: [딥리서치 요약 기반 — 미확인]
- **근거 수준**: (C) 가설

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Step 3: 기존 노트 업데이트

딥리서치 내용이 기존 노트에 영향을 준다면 해당 노트를 직접 업데이트한다.

업데이트 대상 우선순위:

1. obsidian/30_Methodology/ — 분석 방법론 문서 (best practice, 기준 추가)
2. obsidian/20_Concepts/ — 개념 노트 (이론적 내용)
3. obsidian/40_Projects/ — 현재 진행 중 분석에 직접 영향을 주는 내용

업데이트 시:

• 편집 전 반드시 Read tool로 현재 내용 확인
• 기존 내용을 지우지 말고, 새 근거/수정사항을 [!note] 또는 날짜 표기와 함께 추가
• 재분류 필요 시 [!warning] callout으로 사유 명시

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Step 4: 프롬프트 파일 완료 처리

딥리서치를 의뢰한 프롬프트 파일이 obsidian/60_Plans/에 있다면, 처리 완료 후 frontmatter의 status를 done으로 변경한다.

# 변경 전
status: ready

# 변경 후
status: done

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Step 5: 추가 검증 계획

미확인 사항을 두 수준으로 나눈다.

레퍼런스 존재 확인 (논문이 실재하는가?) → PubMed MCP로 즉시 해결. 이 자리에서 처리한다.

클레임 타당성 확인 (논문 데이터가 우리 분석 주장을 직접 지지하는가?) → 전문 확인 필요. 다음 중 하나로 처리:

• 서브에이전트에게 전문 URL 조회 요청
• 다음 딥리서치 프롬프트에 포함시킬 항목으로 분류

정리가 끝나면 아직 해결되지 않은 항목을 사용자에게 요약해준다.

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중요 원칙

1. 노트 편집 전 반드시 Read — Edit 전에 Read tool로 현재 내용 확인
2. 병렬 처리 — PubMed 조회, 파일 읽기 등 독립적 작업은 한 번에 묶어서 실행
3. 별도 정리 문서 금지 — 딥리서치 원본을 재정리한 새 파일을 만들지 않는다
4. 레퍼런스 존재 ≠ 클레임 타당성 — "논문이 있다"와 "논문 데이터가 우리 주장을 지지한다"는 다른 수준의 검증이다
5. 등급은 보수적으로 — 직접 확인된 것만 (A), 나머지는 (B)/(C)로 시작
6. 메타데이터 즉시 기록 — PMID/PMCID 확인 즉시 노트 frontmatter에 기록
7. Claude 직접 쓰기 금지 — 논문 내용은 curl로 원본 다운로드. API/WebFetch 응답을 Write tool로 저장하면 토큰 낭비 + 할루시네이션 위험