literature-processor

name	literature-processor
description	在 `Research vault/` 中处理新文献 PDF，补全文献笔记，刷新相关文献区块，并支持后续综述、批判性阅读和实验设计。
version	1.1
author	aa320041968-cell

Literature Processor

在 Research vault/ 里工作时，使用这个 skill 处理文献 PDF、补全文献笔记、重算相关文献网络，并基于已有笔记继续做综述写作与研究设计。

Scope

• 工作目录固定为 Research vault/
• PDF 固定放在 literature/pdf/
• 文献笔记固定放在 literature/notes/
• 引用库默认是 references.bib/library.bib
• 模板固定使用 _templates/论文笔记模版.md

不要在仓库根目录使用这个 skill 做初始化；仓库初始化应交给 repo-root 的 $zotero-obsidian-codex-setup。

Triggers

• 处理 literature/pdf/ 里的新文献
• 处理 literature/pdf/某篇论文.pdf
• 刷新 literature/notes/ 里所有笔记的相关文献区块
• 先读文献索引，再找和某个主题最相关的文献
• 基于现有笔记写文献综述/引言/实验设计

Primary Workflow

1. 找到目标 PDF 或目标笔记

• 新文献默认来自 literature/pdf/
• 单篇处理时优先使用用户给出的具体文件
• 批量处理时优先处理尚未形成高质量成品笔记的 PDF
• 如遇扫描版、受密码保护、或文本抽取质量过低的 PDF，要明确告诉用户卡点

2. 复用或补全文献笔记

• 读取 _templates/论文笔记模版.md
• 如果已存在英文骨架笔记，优先在原笔记上补全
• 如果已存在中文成品笔记，继续补写该成品笔记
• 不要为同一篇文献反复创建重复笔记

3. 提取结构化内容

严格依据论文原文，不编造：

• 核心问题
• 摘要
• 创新点
• 前言与文献综述
• 实验数据与方法
• 核心结论
• 方法局限性
• 引用的开创性、高被引文献
• 与我研究的关联
• 下一步实验建议
• 我的想法/问题

如果某部分原文没有足够信息，明确写出“无相关内容”或说明证据不足，不要留空装作已经读到。

4. 规范命名与引用

• 成品笔记文件名统一收口到 期刊-中文标题.md
• YAML title、journal、citekey 保留原始学术元数据
• 正文引用统一使用 [@citekey]
• 提到 vault 里已有文献时，优先使用 [[期刊-中文标题]]
• 英文文献如果没有合适的 shortTitle，可以在处理时生成准确、简洁、适合作为文件名的中文短标题
• 不强制修改 PDF 原文件名

5. 刷新相关文献区块

• 每次处理完新文献后，都要重算 literature/notes/ 下全部笔记的 ## 相关文献（自动更新）
• 使用脚本：

python .agents/skills/literature-processor/scripts/refresh_related_notes.py .

• 关联计算优先看这些章节：
  • 核心问题
  • 摘要
  • 实验数据与方法
  • 核心结论
  • 与我研究的关联
• 相关文献区块应输出“带理由列表”，理由来自：
  • 同研究问题
  • 同变量/对象/情境
  • 同理论框架
  • 同方法设计
  • 结论互补/冲突
• 如果配置了 embedding API，则在本地候选召回后做语义重排
• 如果 embedding API 不可用、超时或失败，必须自动退回本地增强版，不能中断整库刷新

Writing Tasks

处理完笔记后，还可以继续承担这些任务：

• 先读 文献索引.md 再找主题相关文献
• 基于已有笔记写英文文献综述或 Introduction
• 做批判性阅读，从实验设计、样本、数据支撑和库内一致性几个角度审查
• 结合已有文献给出最小可验证实验方案
• 整理 inbox/ 中的材料并给出归档建议

Constraints

• 严格遵循原文，不编造数据或结论
• 遇到扫描件、加密 PDF、或明显损坏的 PDF，直接说明无法可靠处理
• 发现重复笔记时，不覆盖已有高质量成品
• 如果旧文件名已被其他笔记引用，优先保留别名或兼容链接，避免断链
• 不要把初始化工作、插件安装工作、或仓库结构调整混到这个 skill 里
• 不确定时直接说明不确定，不要用想象补齐