| name | paper-code-analyzer |
| description | Use when the user provides a research paper and its code repository for paper-code mapping, implementation analysis, reusable module extraction, static engineering risk review, or asks "分析论文代码", "论文代码映射", "paper code analysis", "读懂这篇论文的代码", or "把核心模块抽出来". |
Paper-Code Analyzer
把「一篇论文 + 它的代码仓库」从方法和实现两个层面读懂。
交互式：先做分析，然后和用户就论文↔代码来回探讨；只有用户明确说"生成 md / 出报告"时，才落地成一份 Markdown 报告。
覆盖：① 论文核心创新 ② 算法/公式拆解 ③ 论文↔代码映射 ④ 核心模块即插即用抽取 ⑤ 潜在工程风险 ⑥ 改进方向。
适用：论文复现、代码阅读、科研调研、模型改造、新方法设计。
默认报告输出是 Obsidian reading-note：正文以读懂论文和方法为目标，不把代码路径、file:line、commit、本地路径直接塞进阅读笔记。代码证据仍然必须在内部 evidence ledger 中保留。
用法
/paper-code-analyzer <paper> <repo>
- paper：论文 PDF 路径 或 arXiv URL/ID - repo：代码文件夹路径 或 GitHub URL
工作模式（重要）
对话式工具，不是一键批处理：
- 分析阶段（Phase 2–3）由子代理完成，结果回到主对话，不写任何文件。
- 然后默认停在「探讨」：主代理依据分析结果与用户交流，回答问题、一起推敲、讨论改造。
- 报告只在用户下令时生成（"生成 md""出报告""导出"）。没下令就一直保持探讨。
报告模式
报告生成时必须选择一个 profile；用户未指定时默认 obsidian-reading-note。
obsidian-reading-note（默认）：面向 Obsidian 阅读笔记。正文不展示代码路径、file:line、commit、本地路径或 [code: ...]；不用宽 Markdown 表格；保留算法流程、公式、关键判断、paper-code gap、可复用思路和窄的 ASCII 流程图。hybrid：正文同 obsidian-reading-note，末尾附 Evidence Appendix，列出关键结论对应的精简代码证据索引。engineering-trace：完整工程溯源报告。可以展示 [code: file:line]、模块路径、commit、配置项、入口表和风险位置，适合复现、debug、代码审计。
触发规则：
- 用户只说"生成 md / 出报告 / 同步 Obsidian"：用
obsidian-reading-note。
- 用户说"保留代码定位 / trace / 工程审计 / 复现定位"：用
engineering-trace。
- 用户说"正文干净但附代码证据 / 附录保留证据"：用
hybrid。
三条铁律
- 静态分析：只读，绝不运行、绝不修改用户代码。
- 先读论文，再看代码：避免按实现反推论文。
- 证据链不丢，但按 profile 展示：内部 evidence ledger 必须给每条关键映射保留
[paper §X] / [code: file:line] / [config: file:key] / [guess: 假设]；最终报告是否展示代码出处由 report profile 决定。拿不准写"待核实"。
文件结构
paper-code-analyzer/
├── SKILL.md # 本文件：主编排 + 交互流程
├── agent-paper-prompt.md # Agent P：论文分析
├── agent-code-prompt.md # Agent A：代码深读 + 论文映射 + 模块抽取 + 风险
├── agent-quiz-prompt.md # Agent B：闭卷出题（可选自检）
├── agent-exam-prompt.md # Agent C：闭卷答题（可选自检）
└── references/
├── static-analysis.md # 静态分析方法论（扫描/config/入口/日志/风险）
├── paper-code-mapping.md # 论文↔代码映射方法论（溯源标签+公式核对+round-trip）
└── output-report-format.md # 分析报告的章节与格式规范（生成报告时读）
子代理返回的是结构化文本（回主对话当知识），不写最终文件。
流程
Phase 1 — 准备
确定项目名；repo 是 URL 则 clone（只读，本地路径绝不改源码）；paper 是 arXiv 则抓取（优先 HTML）；git tag --list 推荐版本。
暂停确认：论文 / 代码 / 跟踪版本对不对。
Phase 2 — 论文分析（派 Agent P）
传 {paper-source}，用 agent-paper-prompt.md。P 只读论文，返回：核心创新点、关键公式（编号/符号/作用）、算法流程、论文自报实验与主结果。结果留在主对话。
Phase 3 — 代码静态分析 + 映射（派 Agent A）
先按 references/static-analysis.md 快速扫结构、识别模块、定位 config 与训练/推理/数据入口，把创新点粗映射到候选模块。
暂停确认：列出模块 + 粗映射，请用户选要深读的核心模块（或 all）。
对每个选中模块派一个 Agent A（agent-code-prompt.md，传 {source-dir}/{module-dir}/{module-name}/{paper-analysis}/{ref}）。A 依据 references/paper-code-mapping.md 与 references/static-analysis.md，返回：5 维代码认知、论文↔代码映射（带出处+三态结论）、公式逐项核对、即插即用抽取、工程风险和 evidence ledger。结果汇回主对话。
Phase 4 — 交互探讨（默认停留在此）
先给用户一段关键发现摘要（创新点 / 映射亮点 / 高优先风险），然后自由探讨：
- 回答用户对论文、代码、二者关系的提问
- 一起推敲某公式在代码里怎么实现、reduction/eps/梯度流对不对
- 讨论核心模块怎么抽出来复用、怎么改造、怎么设计新方法
- 探讨中产生的新结论记在对话里，供最终报告使用
可选自检：某块结论需要把握时，派 Agent B（agent-quiz-prompt.md，轻量模型，只读代码出题）+ Agent C（agent-exam-prompt.md，只读"主代理整理的该模块分析材料"闭卷答），核对 C 是否覆盖 B 的 required_facts；没覆盖说明没吃透，回头补。最多 3 轮，仍有缺口如实标"待核实"。
不要在此阶段主动写报告文件。 等用户指令。
Phase 5 — 生成报告（仅当用户明确要求）
触发词："生成 md""出报告""导出"等。读 references/output-report-format.md，按 report profile 把 Phase 2–4 的分析与探讨结论写成一个 .md（默认 <repo>/paper-code-analysis.md，可由用户指定）。
写完后按 references/output-report-format.md 的"输出后检查"做人工自检。默认 profile 是 obsidian-reading-note；若检查发现宽表、代码路径、[code:]、commit、本地路径或断句残留，先修报告再交给用户。大项目先问要不要拆分。
关键规则
- 默认探讨、按令出报告：没听到生成指令就别写文件。
- 只读不运行不改源码。 先论文后代码。 内部证据链必须完整。
- 默认报告是 Obsidian reading-note：不要把内部代码路径、file:line、commit、本地路径泄露进正文。
- 做自检时 B 不读分析材料、C 不读代码，否则闭卷失效。
- 拿不准标"待核实"，不臆断；逐模块跟踪进度。
