scientific-depmap-dependencies

name	scientific-depmap-dependencies
description	DepMap 依存性スキル。Cancer Dependency Map (DepMap) Portal API によるがん細胞株 CRISPR/RNAi 依存性スコア・薬剤 感受性データ・遺伝子効果取得。ToolUniverse 連携: depmap。
tu_tools	[{"key":"depmap","name":"DepMap","description":"がん細胞株依存性マップ API"}]

Scientific DepMap Dependencies

Cancer Dependency Map (DepMap) Portal API を活用した がん細胞株の CRISPR/RNAi 遺伝子依存性スコア取得・ 薬剤感受性データ・遺伝子効果パイプラインを提供する。

When to Use

• がん細胞株の遺伝子依存性 (CRISPR/RNAi) を調べるとき
• 遺伝子のがん選択的必須性を評価するとき
• 薬剤感受性データと遺伝子発現の相関を調べるとき
• 細胞株メタデータ (組織型・疾患サブタイプ) を取得するとき
• Cell Model Passports データを参照するとき

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Quick Start

1. DepMap 細胞株検索・メタデータ

import requests
import pandas as pd

DEPMAP_API = "https://api.cellmodelpassports.sanger.ac.uk/v1"


def depmap_cell_lines(tissue=None, cancer_type=None,
                         limit=50):
    """
    DepMap / Cell Model Passports — 細胞株検索。

    Parameters:
        tissue: str — 組織型フィルタ (例: "Breast")
        cancer_type: str — がん種フィルタ
            (例: "Breast Carcinoma")
        limit: int — 最大結果数
    """
    url = f"{DEPMAP_API}/models"
    params = {"page_size": limit}
    if tissue:
        params[] = tissue
     cancer_type:
        params[] = cancer_type

    resp = requests.get(url, params=params, timeout=)
    resp.raise_for_status()
    data = resp.json()

    rows = []
     model  data.get(, data
                           (data, )
                           []):
         (model, ):
            rows.append({
                : model.get(, ),
                : model.get(, ),
                : model.get(, ),
                : model.get(
                    , ),
                : model.get(
                    , ),
                : model.get(, ),
            })

    df = pd.DataFrame(rows[:limit])
    ()
     df