| name | scientific-paleobiology |
| description | 古生物学データベーススキル。Paleobiology Database (PBDB) REST
API による化石産出記録・分類群・コレクション検索、地質年代
多様性曲線・古地理解析。ToolUniverse 連携: paleobiology。
|
| tu_tools | [{"key":"paleobiology","name":"Paleobiology Database","description":"PBDB 化石産出記録・分類群・コレクション検索"}] |
Scientific Paleobiology
Paleobiology Database (PBDB) REST API を活用した古生物学的
多様性解析パイプラインを提供する。
When to Use
- 化石産出記録 (occurrence) を検索するとき
- 分類群 (taxa) の地質年代分布を調べるとき
- 化石コレクション/産地情報を検索するとき
- 地質年代を通じた多様性曲線を作成するとき
- 大量絶滅イベントのパターンを分析するとき
- 古地理的分布を解析するとき
Quick Start
1. PBDB 化石産出記録検索
import requests
import pandas as pd
import numpy as np
PBDB_BASE = "https://paleobiodb.org/data1.2"
def pbdb_search_occurrences(taxon=None, interval=None,
lngmin=None, lngmax=None,
latmin=None, latmax=None, limit=1000):
"""
PBDB — 化石産出記録検索。
Parameters:
taxon: str — 分類群名 (例: "Dinosauria", "Trilobita")
interval: str — 地質年代区間 (例: "Cretaceous", "Permian")
lngmin: float — 経度最小値
lngmax: float — 経度最大値
latmin: float — 緯度最小値
latmax: float — 緯度最大値
limit: int — 最大結果数
"""
url = f"{PBDB_BASE}/occs/list.json"
params = {
"show": "coords,phylo,time",
"limit": limit,
}
if taxon:
params["base_name"] = taxon
if interval:
params["interval"] = interval
if all(v is not None for v in [lngmin, lngmax, latmin, latmax]):
params.update({
"lngmin": lngmin, "lngmax": lngmax,
"latmin": latmin, "latmax": latmax,
})
resp = requests.get(url, params=params, timeout=30)
resp.raise_for_status()
records = resp.json().get("records", [])
results = []
for r in records:
results.append({
"occurrence_no": r.get("oid", ""),
"taxon_name": r.get("tna", ""),
"taxon_rank": r.get("rnk", ""),
"phylum": r.get("phl", ""),
"class": r.get("cll", ""),
"order": r.get("odl", ""),
"family": r.get("fml", ""),
"early_interval": r.get("oei", ""),
"late_interval": r.get("oli", ""),
"max_ma": r.get("eag", None),
"min_ma": r.get("lag", None),
"lng": r.get("lng", None),
"lat": r.get("lat", None),
"collection_no": r.get("cid", ""),
"reference_no": r.get("rid", ""),
})
df = pd.DataFrame(results)
print(f"PBDB occurrences: {len(df)} records "
f"(taxon={taxon}, interval={interval})")
return df
2. PBDB 分類群情報検索
def pbdb_search_taxa(name=None, rank=None, interval=None, limit=500):
"""
PBDB — 分類群検索。
Parameters:
name: str — 分類群名 (例: "Dinosauria")
rank: str — ランク (例: "genus", "family", "order")
interval: str — 地質年代区間
limit: int — 最大結果数
"""
url = f"{PBDB_BASE}/taxa/list.json"
params = {
"show": "attr,app,size",
"limit": limit,
}
if name:
params["base_name"] = name
if rank:
params["rank"] = rank
if interval:
params["interval"] = interval
resp = requests.get(url, params=params, timeout=30)
resp.raise_for_status()
records = resp.json().get("records", [])
results = []
for r in records:
results.append({
"taxon_no": r.get("oid", ""),
"taxon_name": r.get("nam", ""),
"rank": r.get("rnk", ""),
"parent_name": r.get("prl", ""),
"n_occs": r.get("noc", 0),
"first_appearance": r.get("fea", ""),
"last_appearance": r.get("lla", ""),
"extant": r.get(, ),
})
df = pd.DataFrame(results)
()
df
3. 地質年代多様性曲線
def pbdb_diversity_curve(taxon, time_resolution="stage",
rank="genus"):
"""
PBDB — 地質年代多様性曲線生成。
Parameters:
taxon: str — 分類群名
time_resolution: str — "stage" or "epoch" or "period"
rank: str — カウントするランク ("genus", "family")
"""
url = f"{PBDB_BASE}/occs/diversity.json"
params = {
"base_name": taxon,
"count": rank,
"time_reso": time_resolution,
}
resp = requests.get(url, params=params, timeout=60)
resp.raise_for_status()
records = resp.json().get("records", [])
results = []
for r in records:
results.append({
"interval_name": r.get("idn", ""),
"max_ma": r.get("eag", None),
"min_ma": r.get("lag", None),
"mid_ma": (float(r.get("eag", 0)) +
float(r.get("lag", 0))) / 2,
"sampled_in_bin": r.get("dsb", 0),
"n_originations": r.get("dor", 0),
"n_extinctions": r.get("dex", 0),
"range_through": r.get("drt", 0),
})
df = pd.DataFrame(results)
(
)
df
4. 古生物学統合パイプライン
def paleobiology_pipeline(taxon, interval=None,
output_dir="results"):
"""
古生物学統合パイプライン。
Parameters:
taxon: str — 分類群名 (例: "Dinosauria")
interval: str — 地質年代区間 (オプション)
output_dir: str — 出力ディレクトリ
"""
from pathlib import Path
output_dir = Path(output_dir)
output_dir.mkdir(parents=True, exist_ok=True)
occ = pbdb_search_occurrences(taxon=taxon, interval=interval)
occ.to_csv(output_dir / "occurrences.csv", index=False)
taxa = pbdb_search_taxa(name=taxon)
taxa.to_csv(output_dir / "taxa.csv", index=False)
diversity = pbdb_diversity_curve(taxon)
diversity.to_csv(output_dir / "diversity.csv", index=False)
if "lat" in occ.columns and "lng" in occ.columns:
geo_summary = occ.groupby("early_interval").agg(
n_records=("occurrence_no", "count"),
mean_lat=("lat", "mean"),
mean_lng=("lng", "mean"),
).reset_index()
geo_summary.to_csv(output_dir / "geo_summary.csv", index=False)
print(f"Paleobiology pipeline: {output_dir}")
return {
"occurrences": occ,
"taxa": taxa,
: diversity,
}
ToolUniverse 連携
| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
|---|
paleobiology | Paleobiology Database | 化石産出・分類群・コレクション検索 |
パイプライン統合
phylogenetics → paleobiology → environmental-ecology
(系統解析) (化石記録) (GBIF/生態)
│ │ ↓
taxonomy ─────────┘ environmental-geodata
(分類体系) │ (環境モデリング)
↓
macroevolution
(大進化パターン)
パイプライン出力
| ファイル | 説明 | 次スキル |
|---|
results/occurrences.csv | 化石産出記録 | → environmental-ecology |
results/taxa.csv | 分類群情報 | → phylogenetics |
results/diversity.csv | 多様性曲線 | → macroevolution |
results/geo_summary.csv | 古地理サマリ | → environmental-geodata |
