scientific-parasite-genomics

name	scientific-parasite-genomics
description	寄生虫ゲノミクススキル。PlasmoDB/VectorBase/ToxoDB REST API による寄生虫ゲノム検索・遺伝子情報・薬剤標的同定・比較 ゲノミクス。直接 REST API 連携 (TU 外)。
tu_tools	[]

Scientific Parasite Genomics

VEuPathDB ファミリー (PlasmoDB, VectorBase, ToxoDB, TriTrypDB) の REST API を活用した寄生虫ゲノミクス解析パイプラインを提供 する。

When to Use

• マラリア原虫ゲノム (PlasmoDB) を検索するとき
• 蚊・ダニ等の媒介生物ゲノム (VectorBase) を検索するとき
• トキソプラズマゲノム (ToxoDB) を検索するとき
• トリパノソーマ/リーシュマニアゲノム (TriTrypDB) を検索するとき
• 寄生虫の薬剤標的候補を同定するとき
• 寄生虫間の比較ゲノミクスを実施するとき

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Quick Start

1. VEuPathDB 遺伝子検索

import requests
import pandas as pd
import numpy as np

VEUPATHDB_SITES = {
    "plasmo": "https://plasmodb.org/plasmo/service",
    "vector": "https://vectorbase.org/vectorbase/service",
    "toxo": "https://toxodb.org/toxo/service",
    "tritryp": "https://tritrypdb.org/tritrypdb/service",
}


def veupathdb_search_genes(organism, query, db="plasmo",
                             limit=100):
    
    base = VEUPATHDB_SITES.get(db, VEUPATHDB_SITES[])
    url = 

    payload = {
        : {
            : {
                : query,
                : 
                                ,
                : [organism],
            }
        },
        : {
            : [, ,
                           , ,
                           , ,
                           , ],
            : {: , : limit},
        },
    }
    headers = {: }
    resp = requests.post(url, json=payload, headers=headers,
                          timeout=)
    resp.raise_for_status()
    data = resp.json()

    results = []
     rec  data.get(, []):
        attrs = rec.get(, {})
        results.append({
            : attrs.get(, ),
            : attrs.get(, ),
            : attrs.get(, ),
            : attrs.get(, ),
            : attrs.get(, ),
            : attrs.get(, ),
            : attrs.get(, ),
            : attrs.get(, ),
        })

    df = pd.DataFrame(results)
    (
          )
     df