scientific-rcsb-pdb-search

name	scientific-rcsb-pdb-search
description	RCSB PDB 構造検索スキル。RCSB PDB Search API および Data API によるタンパク質立体構造検索・メタデータ取得・ リガンド情報・解像度フィルタリング。ToolUniverse 連携: rcsb_pdb, rcsb_search。
tu_tools	[{"key":"rcsb_pdb","name":"RCSB PDB Data","description":"PDB エントリデータ取得・構造メタデータ"},{"key":"rcsb_search","name":"RCSB PDB Search","description":"PDB 構造検索・テキスト/配列/構造類似検索"}]

Scientific RCSB PDB Search

RCSB PDB Search API および Data API を活用したタンパク質立体構造 検索・メタデータ取得・リガンド情報パイプラインを提供する。

When to Use

• PDB のタンパク質立体構造をテキスト検索するとき
• 解像度・実験手法でフィルタリングするとき
• リガンド結合構造を検索するとき
• 構造のメタデータ (著者・引用・解像度) を取得するとき
• 配列類似性で構造を検索するとき
• PDB エントリからリガンド・結合サイト情報を取得するとき

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Quick Start

1. テキスト検索・構造メタデータ

import requests
import pandas as pd

RCSB_SEARCH = "https://search.rcsb.org/rcsbsearch/v2/query"
RCSB_DATA = "https://data.rcsb.org/rest/v1/core"


def rcsb_text_search(query, method=None,
                        resolution_max=None, limit=50):
    """
    RCSB PDB — テキスト検索。

    Parameters:
        query: str — 検索クエリ (例: "BRCA1", "kinase")
        method: str — 実験手法フィルタ
            (例: "X-RAY DIFFRACTION", "ELECTRON MICROSCOPY")
        resolution_max: float — 最大解像度 (Å)
        limit: int — 最大結果数
    """
    search_query = {
        : {
            : ,
            : ,
            : [
                {
                    : ,
                    : ,
                    : {: query},
                }
            ],
        },
        : ,
        : {
            : {: , : limit},
            : [{: , : }],
        },
    }

     method:
        search_query[][].append({
            : ,
            : ,
            : {
                : ,
                : ,
                : method,
            },
        })

     resolution_max:
        search_query[][].append({
            : ,
            : ,
            : {
                : 
                             ,
                : ,
                : resolution_max,
            },
        })

    resp = requests.post(RCSB_SEARCH, json=search_query,
                         timeout=)
    resp.raise_for_status()
    data = resp.json()

    pdb_ids = [r[]
                r  data.get(, [])]
    total = data.get(, )
    (
          )
     pdb_ids


 ():
    
    url = 
    resp = requests.get(url, timeout=)
    resp.raise_for_status()
    data = resp.json()

    info = data.get(, {})
    citation = (data.get()  {})

    result = {
        : pdb_id,
        : data.get(, {}).get(, ),
        : info.get(, ),
        : info.get(, [])[],
        : info.get(, ),
        : info.get(
            , ),
        : info.get(
            , ),
        : citation.get(, ),
        : citation.get(
            , ),
    }
     result