| name | clinpub-writing |
| description | Phase 3: IMRAD manuscript writing. Supports two modes: (1) batch mode (一鍵成稿) - bulk reference search then bulk writing with single final review; (2) sequential mode - per-section search, write, and user review. Shared reference library for deduplication. Placeholder-based cross-references. Final concatenation produces manuscript.md with YAML frontmatter. |
ClinPub Writing
Phase 3: IMRAD manuscript writing with dual-mode support.
流程概述
四段（Introduction → Methods → Results → Discussion）撰写引文后拼接为终稿。支持两种写作模式：
一鍵成稿（batch）
确认写作大纲后自动执行：批量文献搜索（4段）→ 批量撰写（4段）→ 统一呈现终稿审阅。适合对写作框架有信心、希望快速出稿的场景。
逐步写作（sequential）
每段三段式：Reference Agent 文献预搜寻 → Writer Agent 撰写 → 用户审阅 pause，确认后再进入下一段。适合需要逐步把控质量的场景。
核心约束（两种模式共用）
- D-01 顺序: IMRAD 顺序（Intro → Methods → Results → Discussion）
- D-02 Agent 模式: 同一个 writer-agent 用对话分别写 4 段，不扩展 agent role 定义
- D-03 上下文: 自动读取项目数据（spec → Methods, analysis outputs → Results, 文献 → Intro/Discussion）
- D-04 篇幅: 全文 >5000 字，自然段落论述（非 bullet point）
- D-05 Methods: 从 spec + analysis pipeline outputs 自动生成初稿
- D-06 文献搜索: reference-agent 搜索文献，更新共享引用库
- D-09 引用库: 全局统一编号，共享引用库（Reference/reference_library.json），写各段时查询已有引用
- D-11 占位符: 使用 {{Table:N}} {{Figure:N}} {{Method:name}} {{Section:name}} 进行交叉引用
- D-15 输出: 05_Manuscript/manuscript.md 最终稿 + 05_Manuscript/sections/ 各段独立文件
Execution Context
- Workflow:
pipeline/workflows/writing.md
- References:
pipeline/references/journal_standards.md, reference-library.md
- Context:
pipeline/contexts/writing.md
Process
Execute the writing workflow from pipeline/workflows/writing.md end-to-end.
关键决策步骤（必须依次执行，不可跳过）：
- 引文策略确认 (
discuss_citation_strategy): 与用户确认各段引文数量、时间范围、IF 偏好，写入 project_config.yml
- 写作计划讨论 (
discuss_writing_plan): 确认核心论点、目标期刊、手稿结构、图表安排
- 写作模式选择 (
choose_writing_mode): 向用户呈现两种模式——
- 一鍵成稿（batch）→ 跳过逐步流程，直接执行
batch_writing（批量文献搜寻 → 批量撰写 → 统一审阅）
- 逐步写作（sequential）→ 执行
reference_pre_search + sequential_section_writing（逐段：文献搜寻 → 撰写 → 用户审阅）
- 按用户选择的模式执行撰写（IMRAD 顺序：Introduction → Methods → Results → Discussion）
- 终稿拼接 (
concatenate_manuscript): 占位符替换 + 引文重编号 + YAML frontmatter
- 验证 (
verify_manuscript): 结构/引文/字数/STROBE 合规检查
- 用户确认 (
checkpoint_confirm) → milestone 关闭 Phase 3
Success Criteria
- 四个 IMRAD 段按顺序完成撰写（Intro → Methods → Results → Discussion）
- 每段撰写前 reference-agent 完成文献搜索，引文库不重复
- 逐步模式：每段撰写后用户审阅确认才进入下一段
- 一鍵成稿模式：全部段落完成后统一呈现审阅
- 各段写入 05_Manuscript/sections/ 独立文件
- 各段使用占位符进行交叉引用（{{Table:N}} {{Figure:N}} {{Method:name}}）
- 各段引文通过共享引文库管理，不重复
- 所有引文有 DOI
- 全文 >5000 字，自然段落论述
- 无 AI-template 模式（Humanizer 自检通过）
- 05_Manuscript/manuscript.md 存在且包含完整 IMRAD 结构
