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文献系统总入口。用于学习论文、解析 PDF、讨论 study 的不足、纠正文献理解、积累术语、记录 memory、根据文献写作论文。用户只调用 paper-ai；paper-ai 负责确认项目根目录、维护 .paper_ai 运行结构、检查 gpt-5.4-mini 可用性，并调度 paper-mineru / paper-study / paper-memory / nature-writing。

Paper Memory 是项目事实、阅读偏好、写作偏好和用户科研判断习惯的长期记忆入口。日常高频调用只执行 references/memory-capture.md；只有用户明确要求蒸馏、更新 skill、审查 candidate 或构建 skill 时，才读取 references/memory-distillation.md。

PDF 文献解析准备与 MinerU 调度 skill。用于复制和重命名 PDF、配置 MinerU、生成解析命令、处理本地模型代理绕过、记录 GPU/模型/虚拟环境设置，并把解析输出放入 项目根目录下的 .paper_ai/01mineru/01mineru/。触发词包括：paper-mineru、MinerU、解析 PDF、运行 MinerU、学习这个 PDF 文件夹、PDF 重命名、生成 MinerU 命令。

文献知识库与专业术语资产库构建 skill。用于读取 MinerU 输出、对单篇论文建立结构化 study、维护术语库、生成检索索引，并根据 paper-memory guidance 回原文修正 study。新版输出统一写入 .paper_ai/03study/。