pubmed-paper-exploration

name	pubmed-paper-exploration
description	Deep exploration from a key paper using related, citing, reference, and citation tree tools. Triggers: 這篇論文的相關研究, 誰引用這篇, 類似文章, related articles, citation tree, paper exploration

論文深度探索

描述

這個 workflow 用在「已經有一篇關鍵論文」之後的深挖。你可以沿三個方向展開：相似文獻、這篇引用了誰、誰又引用了它，再進一步建立 citation tree 或研究時間軸。

觸發條件

• 「這篇論文的相關研究」
• 「誰引用這篇？」
• 「這篇建立在誰的研究上？」
• 「幫我畫這篇論文的 citation tree」
• 已提供 PMID 或明確的種子論文標題

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如果還沒有 PMID

先用 unified_search 找到種子論文：

unified_search(
    query="remimazolam randomized controlled trial",
    limit=5,
    ranking="quality"
)

拿到 PMID 後，再進入下面 workflow。

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核心探索方向

工具	作用	方向
fetch_article_details	取得文章完整資訊	當前論文
find_related_articles	找主題相近文章	橫向
get_article_references	找這篇引用了誰	往過去
find_citing_articles	找誰引用這篇	往未來
get_citation_metrics	看引用影響力	評估重要性
build_citation_tree	建立引用網路	視覺化
build_research_timeline	建立時間軸	演化脈絡

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最常用範例

1. 先拿文章細節

fetch_article_details(pmids="30217674")

2. 找相似文章

find_related_articles(pmid="30217674", limit=10)

3. 找這篇引用了誰

get_article_references(pmid="30217674", limit=30)

4. 找誰引用了這篇

find_citing_articles(pmid="30217674", limit=20)

5. 看哪幾篇最有影響力

get_citation_metrics(
    pmids="30217674,35678901,34567890",
    sort_by="relative_citation_ratio"
)

6. 直接建 citation tree

build_citation_tree(
    pmid="30217674",
    depth=2,
    direction="both",
    output_format="mermaid"
)

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建議工作流程

情境：從一篇關鍵 RCT 往外展開

# Step 1: 當前論文
fetch_article_details(pmids="30217674")

# Step 2: 三個方向同時展開
find_related_articles(pmid="30217674", limit=10)
get_article_references(pmid="30217674", limit=20)
find_citing_articles(pmid="30217674", limit=20)

# Step 3: 對重要 PMIDs 做引用影響力排序
get_citation_metrics(
    pmids="35678901,34567890,33456789",
    sort_by="citation_count"
)

# Step 4: 視覺化引用網路
build_citation_tree(
    pmid="30217674",
    depth=2,
    direction="both",
    output_format="cytoscape"
)

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如果想看時間演化

以單篇或一組 PMID 建時間軸

build_research_timeline(
    pmids="30217674,35678901,34567890",
    topic="Remimazolam Clinical Development",
    output_format="mermaid"
)

以主題建時間軸

build_research_timeline(
    topic="remimazolam",
    max_events=20,
    output_format="text"
)

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想深入讀內容時

全文

get_fulltext(pmid="30217674", extended_sources=True)

圖表

get_article_figures(pmid="30217674")

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實務判斷

找領域核心論文

優先看：

• find_related_articles 與 find_citing_articles 都常出現的文章
• get_citation_metrics 中 RCR 或 citation count 高的文章
• build_citation_tree 網路中心位置的節點

找最新進展

優先看：

• find_citing_articles 的最近年份文章
• build_research_timeline 中最近幾個 milestone

找基礎文獻

優先看：

• get_article_references 回傳的早期高影響力論文

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常見錯誤

• fetch_article_details 不等於引用網路工具；引用與被引用應分別使用 get_article_references 和 find_citing_articles
• build_citation_tree 一次只接受一個 PMID，不要一次傳多篇
• 若沒有種子 PMID，先用 unified_search 找，不要直接猜