pubmed-pico-search

name	pubmed-pico-search
description	PICO-based clinical question search using parse_pico and unified_search. Triggers: PICO, 臨床問題, A比B好嗎, treatment comparison, clinical question, 療效比較

PICO 臨床問題搜尋

描述

這個 workflow 用在臨床比較問題。先把自然語言拆成 PICO，再對各元素做術語擴展，最後組成一個可以執行的臨床查詢並用 unified_search 搜尋。

觸發條件

• 「A 比 B 好嗎？」
• 「哪個治療效果更好？」
• 「在某類病人中，某藥是否改善某結果？」
• 提到 PICO、臨床問題、療效比較

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PICO 元素

元素	說明	例子
P	Population	ICU patients
I	Intervention	remimazolam
C	Comparison	propofol
O	Outcome	delirium

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正確工作流程

parse_pico
→ generate_search_queries × 每個 PICO 元素
→ 組合 Boolean 查詢
→ analyze_search_query
→ unified_search

這個流程不再依賴舊的逐步搜尋與合併流程。臨床問題的重點是把 PICO 結構轉成一個清楚的臨床查詢，再用 unified_search 執行。

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Step 1: 解析 PICO

自然語言輸入

parse_pico(
    description="remimazolam 在 ICU 鎮靜比 propofol 好嗎？會減少 delirium 嗎？"
)

或直接提供結構化欄位

parse_pico(
    description="",
    p="ICU patients",
    i="remimazolam",
    c="propofol",
    o="delirium"
)

你要關注的輸出是：

• pico: 解析出的 P/I/C/O
• question_type: 例如 therapy, diagnosis, prognosis, etiology
• suggested_filter: 後續可轉進 filters="clinical:..."

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Step 2: 擴展各元素術語

generate_search_queries(topic="ICU patients")
generate_search_queries(topic="remimazolam")
generate_search_queries(topic="propofol")
generate_search_queries(topic="delirium")

實務上，只對有值的元素呼叫即可。如果 C 不明確，就不要硬塞進查詢。

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Step 3: 組 Boolean 查詢

高精確度版本

query = '''
("intensive care"[Title/Abstract] OR ICU[Title/Abstract])
AND
(remimazolam[Title/Abstract] OR "CNS 7056"[Title/Abstract])
AND
(propofol[Title/Abstract] OR Diprivan[Title/Abstract])
AND
(delirium[Title/Abstract] OR "Delirium"[MeSH Terms])
'''

高召回版本

query = '''
("intensive care"[Title/Abstract] OR ICU[Title/Abstract])
AND
((remimazolam[Title/Abstract] OR "CNS 7056"[Title/Abstract])
 OR
 (propofol[Title/Abstract] OR Diprivan[Title/Abstract]))
AND
(delirium[Title/Abstract] OR sedation[Title/Abstract])
'''

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Step 4: 執行前分析

analyze_search_query(query=query)

這一步可以先檢查查詢是否合理，再決定要不要執行。

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Step 5: 執行搜尋

unified_search(
    query=query,
    limit=50,
    ranking="quality",
    filters="year:2018-2025, species:humans, clinical:therapy",
    output_format="json"
)

question_type 對應的 clinical 篩選

問題類型	filters 建議
therapy	clinical:therapy
diagnosis	clinical:diagnosis
prognosis	clinical:prognosis
etiology	clinical:etiology

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完整範例

情境：remimazolam vs propofol in ICU sedation

# Step 1: 解析問題
pico = parse_pico(
    description="remimazolam 在 ICU 鎮靜比 propofol 好嗎？會減少 delirium 嗎？"
)

# Step 2: 為 P/I/C/O 擴展詞彙
generate_search_queries(topic="ICU patients")
generate_search_queries(topic="remimazolam")
generate_search_queries(topic="propofol")
generate_search_queries(topic="delirium")

# Step 3: 組查詢
query = '''
("intensive care"[Title/Abstract] OR ICU[Title/Abstract])
AND
(remimazolam[Title/Abstract] OR "CNS 7056"[Title/Abstract])
AND
(propofol[Title/Abstract])
AND
(delirium[Title/Abstract] OR "Delirium"[MeSH Terms])
'''

# Step 4: 先分析
analyze_search_query(query=query)

# Step 5: 再搜尋
unified_search(
    query=query,
    limit=50,
    ranking="quality",
    filters="year:2018-2025, species:humans, clinical:therapy"
)

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常見判斷

沒有 Comparison

這很常見。直接用 P + I + O 即可，不要為了湊 PICO 硬塞對照組。

結果太少

• 拿掉 C
• 拿掉最窄的 outcome 詞
• 放寬成較高召回版本

結果太多

• 增加 outcome 限制
• 加 filters="clinical:therapy"
• 把 ranking 改成 quality