codex-sci-review-agent

检查文中引文锚点、文后条目、citation_map 一致性。 Use when: 涉及引用合并或投稿包生成. Do not use when: 本轮无新增引用.

检查核心论断能否回链到证据矩阵。 Use when: 形成问题、证据矩阵或章节草稿后. Do not use when: 仅做纯格式调整.

检查检索去重与纳排规则是否一致。 Use when: 初筛包生成后. Do not use when: screening 阶段未开始.

检查范围、章节树与篇幅结构平衡性。 Use when: project_brief 或 outline 生成后. Do not use when: 尚未形成结构产物.

检查图表计划、图题表题与正文引用的一致性。 Use when: figure_table_plan 生成后. Do not use when: 无图表计划.

检查期刊格式、字数、摘要结构、材料齐套性。 Use when: 选刊后、投稿包前、返修包前. Do not use when: 尚未锁定期刊.

将研究方向压缩为可检索、可综述、可审题的问题空间。 Use when: 新项目启动且尚无 project_brief.json. Do not use when: 已有明确 primary_question 且 Gate 1 已通过.

识别候选综述问题与研究空白，形成问题池。 Use when: project_brief.json 已存在. Do not use when: 已锁定唯一问题并进入检索式生成.

把科学问题翻译为多数据库检索式。 Use when: 候选问题已确认. Do not use when: search_plan.json 已批准.

执行多数据库检索并导出原始结果。 Use when: search_plan.json 已生成. Do not use when: retrieval_manifest.json 已存在.

完成去重、标准化与初筛包生成。 Use when: raw_exports 已到位. Do not use when: screening_pack.csv 已存在.

建立对标综述库，学习写作逻辑与范围边界。 Use when: screening_pack.csv 已完成. Do not use when: benchmark_reviews.csv 已稳定.

把检索结果导入 Zotero，建立 collections 与附件映射。 Use when: master_records.csv 已完成. Do not use when: zotero_sync_report.json 已存在.

对附件 PDF 做元数据补全与父条目修复。 Use when: 存在孤立 PDF 或元数据缺失条目. Do not use when: 附件元数据完整且可解析.

对纳入文献进行全文精读并产出 study cards。 Use when: 全文 PDF 可获取. Do not use when: study_cards 已达到阈值.

从 study cards 提取结构化证据矩阵。 Use when: study_cards 数量达阈值. Do not use when: evidence_matrix.json 已通过校验.

评估偏倚风险与证据等级。 Use when: evidence_matrix 已完成. Do not use when: bias_assessment.csv 已存在.

梳理证据共识、冲突与不确定性簇。 Use when: bias_assessment 已完成. Do not use when: consensus_map.md 已存在.

生成综述叙事主线与论证骨架。 Use when: consensus_map 已完成. Do not use when: narrative_spine.md 已批准.

把叙事主线转为可写作章节树。 Use when: narrative_spine.md 已存在. Do not use when: outline_graph.json 已批准.

规划图表系统、三线表与视觉论证路径。 Use when: outline_graph 已完成. Do not use when: figure_table_plan.xlsx 已存在.

撰写引言与背景章节。 Use when: outline 已批准. Do not use when: 01_introduction.md 已存在.

撰写机制与核心主题章节。 Use when: 主体章节开始. Do not use when: 02_mechanisms.md 和 03_themes.md 已存在.

撰写临床转化、应用与启示章节。 Use when: 转化章节需要展开. Do not use when: 04_translation.md 已存在.

撰写讨论、局限与未来展望。 Use when: 主体章节齐备. Do not use when: 05_discussion.md 已存在.

合并整稿并建立 citation_map。 Use when: 章节草稿齐备. Do not use when: manuscript_full.md 已存在.

匹配目标期刊并输出多维 fit 报告。 Use when: 整稿初稿形成. Do not use when: journal_fit_report.json 已批准.

按目标期刊语言与版式风格润色整稿。 Use when: 目标期刊已锁定. Do not use when: manuscript_journalized.md 已存在.

生成投稿信与创新点摘要。 Use when: 目标期刊已锁定. Do not use when: cover_letter.md 已存在.

组装投稿包并输出提交清单。 Use when: 期刊化稿件与 Cover Letter 已完成. Do not use when: submission_manifest.json 已存在.

生成审稿意见逐条回应。 Use when: 收到 reviewer comments. Do not use when: response_letter.md 已存在且未更新 comments.

建立 old/new manuscript 差异映射。 Use when: 修订稿已完成. Do not use when: revision_diff_report.md 已存在.

检查返修包是否可再投稿。 Use when: response_letter 与 revised manuscript 已齐备. Do not use when: resubmission_readiness.json 已存在.