matlantis-agent-skills

バックグラウンドジョブの実行・管理を扱うスキルです。 mtl-bg-job, background job, バックグラウンドジョブ, 長時間計算, チェックポイント, checkpoint, キュー管理, queue, Notebook分離実行, ブラウザ閉じても計算継続 に関するコード生成時に使用してください。

分子動力学(MD)シミュレーションを扱うスキルです。 Langevin, VelocityVerlet, NVTBerendsen, NPTBerendsen, NVE, NVT, NPT, MaxwellBoltzmannDistribution, thermalize_momenta, exact_temperature, MDLogger, timestep, friction, temperature_K, MDFeature, MDFeatureResult, ASEMDSystem, LangevinIntegrator, NPTIntegrator, チェックポイント, checkpoint, PostMDDiffusionFeature, PostMDSpecificHeatFeature, PostEMDViscosityFeature, PostNEMDViscosityFeature, PostNEMDThermalConductivityFeature, PLUMED, メタダイナミクス, metadynamics, FES, collective variable, 熱分解, pyrolysis, get_mol_list, フラグメント解析, fragment analysis, DepositionScheduler, ApplyUniformEfield, ElasticVirtualWall, Matlantis-LAMMPS, LAMMPS, OpenMM, pair_style pfp_api, 分子動力学, MD, 拡散係数, 粘度, 熱伝導率 に関するコード生成時に使用してください。

外部データベースからの構造取得とファイル形式変換を扱うスキルです。 PubChem, Materials Project, mp-api, AFLOW, COD, Gaussian, VASP, 外部データ, external data, データベース, database, CID, SMILES, SDF, CIF, POSCAR, API key, pubchem_atoms_search, 構造取得, 構造インポート, DFT入力生成 に関するコード生成時に使用してください。

統合ワークフロー（パイプライン）テンプレートを扱うスキルです。 構造スクリーニング, structure screening, 吸着構造探索, adsorption structure search, 欠陥解析, defect analysis pipeline, バッチ処理, batch processing, パイプライン, pipeline, ワークフロー, workflow, エネルギーランキング, energy ranking, 早期棄却フィルタ, early rejection filter, 2段階緩和, two-stage relaxation に関するコード生成時に使用してください。

Guide for writing Python code using Matlantis, Matlantis Corp.'s cloud-based atomistic simulation platform powered by neural network potentials (PFP). Use this skill whenever the user asks about Matlantis, PFP (Preferred Potential), matlantis-features, pfp-api-client, MTCSP, or any atomistic/molecular simulation on the Matlantis platform. Also trigger when code involves imports like pfp_api_client, matlantis_features, or mtcsp_api_client.

構造モデリングを扱うスキルです。表面(slab)切り出し、分子生成、原子置換、複雑系構造の構築を包括します。 generate_all_slabs, pymatgen, get_orthogonal_c_slab, miller_index, fcc111, slab, SMILES, RDKit, Chem.MolFromSmiles, EmbedMolecule, 分子生成, 原子置換, ドーピング, substitute, LiquidGenerator, EMC, ポリマー, 液体, アモルファス, HEA, 高エントロピー合金, PartialOccupancy, wrap_molecule, get_mol_list, CollisionDetector, 衝突検出, FixAtoms, 拘束条件, 表面モデル, 真空層 に関するコード生成時に使用してください。

構造最適化（構造緩和）を扱うスキルです。 LBFGS, LBFGSLineSearch, BFGS, BFGSLineSearch, QuasiNewton, FIRE, FIRE2, ABC-FIRE, GoodOldQuasiNewton, CellAwareBFGS, RFO, GPMin, MDMin, PreconLBFGS, PreconFIRE, SciPyFminBFGS, SciPyFminCG, BasinHopping, MinimaHopping, fmax, 構造最適化, 構造緩和, geometry optimization, FrechetCellFilter, ExpCellFilter, UnitCellASEFilter, セル最適化, cell optimization, FixSymmetry, 対称性保持, maxstep, ASEOptFeature, BFGSASEOptFeature, BFGSLineSearchASEOptFeature, LBFGSASEOptFeature, LBFGSLineSearchASEOptFeature, FireASEOptFeature, FireLBFGSASEOptFeature, MDMinASEOptFeature, filter=True, 多段階最適化, 収束基準, trajectory, preconditioned optimizer, グローバル最適化, global optimization に関するコード生成時に使用してください。

pfcc_extras (Matlantis/ASE workflow utilities) を使うコード生成時に使用します。 可視化 (show_gui, view_ngl, SurfaceEditor)、構造加工 (smiles_to_atoms, LiquidGenerator, make_alloy, makesurface, 各種 interface)、MD スケジューラー (DepositionScheduler, ApplyUniformEfield など)、物性解析 (MonteCarlo, GCMC, calculate_bulk_modulus, 粘度・熱伝導率, trajectory 変換)、吸着・構造探索 (adsorption_structure_search)、ジョブ実行制御 (run_jobs, ResourceAwareJobScheduler, parameter sweep) を扱います。

PFP (Preferred Potential) モデルの計算モード (calc_mode) 選択、対応元素、適用範囲を扱うスキルです。 PFP, Preferred Potential, calc_mode選択, EstimatorCalcMode, PBE, PBE_U, PBE_PLUS_D3, PBE_U_PLUS_D3, R2SCAN, R2SCAN_PLUS_D3, WB97XD, 旧モード名 CRYSTAL_U0, CRYSTAL, CRYSTAL_U0_PLUS_D3, CRYSTAL_PLUS_D3, MOLECULE, Hubbard U, D3分散補正, 対応元素, supported_elements, PFP適用範囲外, 励起状態, 帯電系, 電子物性, HOMO, LUMO, バンドギャップ, 粗視化, 磁気秩序, model_version, バージョン選択, 最新版, v9.0.0, latest, 推奨バージョン (calc_mode との組み合わせの範囲で) に関するコード生成・モード選択判断時に使用してください。

物性計算とMD後処理を扱うスキルです。 ElasticTensorFeature, PostElasticPropertiesFeature, 弾性定数, elastic, Young率, バルク弾性率, ForceConstantFeature, PostPhononBandFeature, PostPhononDOSFeature, PostPhononThermochemistryFeature, フォノン, phonon, 力定数, QHA, 準調和近似, VibrationFeature, 振動解析, PostMDDiffusionFeature, 拡散係数, MSD, 平均二乗変位, PostEMDViscosityFeature, PostNEMDViscosityFeature, 粘度, Green-Kubo, PostNEMDThermalConductivityFeature, 熱伝導率, PostMDSpecificHeatFeature, 比熱, PostMDThermalExpansionFeature, 熱膨張, GasStandardFormationEnthalpyFeature, PostVibrationGasThermoFeature, ガス熱化学, RDF, 動径分布関数, 振動状態密度 に関するコード生成時に使用してください。

反応経路探索・遷移状態探索を扱うスキルです。 NEB, Nudged Elastic Band, NEBFeature, NEBTools, climbing image, CI-NEB, ReactionStringFeature, fmax_rp, fmax_ts, fmax_rd, fmax_eq, RestScanFeature, ScanDistance, ScanDihedral, NEBFeatureResult, ReactionStringFeatureResult, RestScanFeatureResult, plot_energy, energy_log, get_images, num_segments, transition_state_indices, modify_trajectory_by_mic, 原子マッピング, atom mapping, 反応経路, reaction path, 遷移状態, transition state, 活性化エネルギー, activation energy, エネルギー障壁, energy barrier, IDPP, allow_shared_calculator, Sella, TS最適化, TS optimization, 鞍点, saddle point, 虚振動, imaginary frequency, 反応プロファイル, reaction profile に関するコード生成時に使用してください。

Calculator初期化、PFP Estimator設定、構造ファイルI/O、 バッチ実行設定を扱うセットアップスキルです。 pfp_api_client, ASECalculator, Estimator, EstimatorCalcMode, estimator_fn, pfp_estimator_fn, max_retries, ase.io.read, ase.io.write, .cif, .xyz, POSCAR, .traj, run_jobs, ResourceAwareJobScheduler, calculator.reset, RetriesExceeded, MultiCalculatorUseDetected, ConcurrentUseDetected, PFPAPIError, Too many atoms, Too many neighbors に関するコード生成時に使用してください。 calc_mode の選択方法やモード詳細は pfp スキルを参照してください。

表面への分子吸着を扱うスキルです。 吸着エネルギー, adsorption energy, 吸着構造, adsorption structure, 吸着サイト探索, adsorption site search, add_adsorbate, ontop, bridge, fcc, hcp, 吸着サイト, slab+molecule, FixAtoms, 下層固定, D3分散補正, pbe_plus_d3, Optuna, ブラックボックス最適化, 被覆率, coverage に関するコード生成時に使用してください。

ASE (Atomic Simulation Environment) の基礎操作を扱うスキルです。 Atoms オブジェクトの生成・編集、ase.build.molecule, ase.build.bulk, repeat, supercell, PBC (periodic boundary conditions), cell, positions, get_chemical_formula, get_distance, translate, center, 分子と結晶の違い、構造ファイルの読み書き(ase.io.read/write) に関するコード生成時に使用してください。

原子構造とトラジェクトリの可視化を扱うスキルです。 view_ngl, show_gui, AddEditor, pfcc_extras, nglview, show_ase, show_asetraj, ase.visualize.view, POV-Ray, 可視化, visualization, 構造確認, 目視チェック, trajectory 表示 に関するコード生成時に使用してください。

Matlantis への SSH 接続設定を扱うスキルです。 SSH, ssh-keygen, websocat, ssh_matlantis.sh, ssh_matlantis.bat, ProxyCommand, VSCode Remote-SSH, WinSCP, SSH接続, リモートアクセス, authorized_keys に関するコード生成時に使用してください。

Group Drive永続ストレージを扱うスキルです。 GroupDriveFileSystem, matlantis-group-drive-client, Group Drive, fs.upload, fs.download, ファイル転送, ファイル共有, 永続化, persistent storage, チーム共有, オブジェクトストレージ に関するコード生成時に使用してください。