nahisaho/satori - Página 3

scientific-spectral-signal

分光スペクトルおよび生体信号の前処理・解析スキル。ベースライン補正、フィルタリング、 ピーク検出、帯域パワー解析を行う際に使用。 Scientific Skills Exp-08（ECG/EEG）、Exp-11（ラマン分光）で確立したパターン。

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scientific-squidpy-advanced

高度 Squidpy 空間解析スキル。空間自己相関・共起解析・空間 近傍・リガンド受容体空間マッピング・ニッチ同定。 K-Dense 連携: squidpy-advanced。 ToolUniverse 連携: cellxgene。

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scientific-statistical-simulation

統計シミュレーションスキル。Monte Carlo 法・Bootstrap 推論・ Permutation Test・統計的検出力分析・確率的リスク評価。

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scientific-statistical-testing

統計検定・多重比較・エンリッチメント解析のスキル。t検定、カイ二乗検定、ANOVA、 Bonferroni/BH 補正、Fisher 正確検定、ベイズ推論を行う際に使用。 Scientific Skills Exp-03, 04, 06, 07 で確立したパターン。

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scientific-streaming-analytics

ストリーミング解析スキル。River オンライン学習・ リアルタイム異常検知・ストリーミング統計・ 増分データ可視化・概念ドリフト検出。

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scientific-supplementary-generator

学術論文の Supplementary Information (SI) を自動生成するスキル。 本文から溢れた図表・手法詳細・追加データを構造化し、ジャーナル規定に準拠した SI ドキュメントを生成する。「SIを作って」「補足資料を生成して」「Supplementary を作成して」で発火。 scientific-academic-writing で本文を作成した後に使用。

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scientific-symbolic-mathematics

記号数学スキル。SymPy による解析的微積分・線形代数・微分方程式求解、 記号式の LaTeX 変換、数値計算との統合、科学モデリング用 記号計算パイプライン。

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scientific-time-series-forecasting

ML 時系列予測スキル。Prophet/NeuralProphet・N-BEATS・ Temporal Fusion Transformer (TFT)・時系列特徴量エンジニアリング・ バックテスト・多段階予測・アンサンブル予測。

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scientific-time-series

時系列解析・予測スキル。ARIMA/SARIMA/Prophet モデリング、変化点検出（PELT/Bayesian）、 周期解析（FFT/ウェーブレット）、季節分解（STL）、異常検出、Granger 因果性検定の テンプレートを提供。実験データのトレンド解析・予測モデリングに適用。

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scientific-toxicology-env

毒性学・環境衛生スキル。CTD (Comparative Toxicogenomics Database) 化学-遺伝子-疾患関連・ToxCast/Tox21 高スループット毒性スクリーニング・ IRIS ヒトリスク評価・T3DB 食品/環境毒性物質・PubChem BioAssay 毒性データ。

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scientific-transfer-learning

転移学習・ドメイン適応スキル。事前学習モデルファインチューニング・ Few-shot / Zero-shot 学習・ドメイン適応 (DA)・ 知識蒸留・マルチタスク学習・科学ドメイン特化モデル転移。

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scientific-uncertainty-quantification

不確実性定量化スキル。Conformal Prediction・MC Dropout・ 深層アンサンブル・アレアトリック / エピステミック分離・ Calibration Curve・予測区間推定・Expected Calibration Error。

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scientific-environmental-ecology

環境科学・生態学解析スキル。種分布モデリング（SDM / MaxEnt）・ 生物多様性指標（α/β/γ 多様性）・群集構造解析（NMDS/CCA/RDA）・ 生態学的ニッチモデリング・保全優先順位評価・OBIS/GBIF データ統合パイプライン。 ToolUniverse 連携: gbif。

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scientific-epidemiology-public-health

疫学・公衆衛生解析スキル。観察研究デザイン（コホート/症例対照/横断）・ リスク指標（RR/OR/HR/NNT）・標準化死亡比（SMR）・年齢調整率・ 空間疫学（GIS / 空間クラスタリング）・因果推論ダイアグラム（DAG）・ WHO/CDC/EU 公衆衛生データ統合パイプライン。 ToolUniverse 連携: who_gho。

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scientific-epigenomics-chromatin

エピゲノミクス・クロマチン生物学解析スキル。ChIP-seq ピーク呼び出し (MACS2/MACS3)、 ATAC-seq ヌクレオソームフリー領域検出、DNA メチル化パターン解析 (WGBS/RRBS)、 ヒストン修飾クロマチン状態モデリング (ChromHMM)、Hi-C 接触マップ・TAD 検出、 転写因子結合サイト予測 (モチーフ濃縮)、差次結合解析 (DiffBind) を統合した 計算エピゲノミクスパイプライン。ChIP-Atlas 43 万+実験との連携対応。 ToolUniverse 連携:…

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scientific-immunoinformatics

免疫情報学スキル。エピトープ予測（MHC-I/II バインディング）・ T 細胞/B 細胞エピトープマッピング・抗体構造解析（CDR ループ）・ 免疫レパトア解析（TCR/BCR クロノタイプ）・ワクチン候補設計・ IEDB/IMGT/SAbDab データベース統合パイプライン。

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scientific-metabolomics

メタボロミクス解析スキル。Pareto スケーリング、PLS-DA + VIP スコア、置換検定（Q²）、 代謝パスウェイ濃縮解析（Fisher exact test）、代謝物相関ネットワーク、 Volcano プロット/箱ひげ図による差次代謝物同定パイプライン。 Scientific Skills Exp-07 で確立したパターン。

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scientific-model-organism-db

モデル生物データベース統合スキル。FlyBase (ショウジョウバエ)、 WormBase (線虫)、ZFIN (ゼブラフィッシュ)、RGD (ラット)、 MGI (マウス) の REST API を統合した モデル生物遺伝子・表現型・疾患モデル横断検索パイプライン。 ToolUniverse 連携: impc, mpd。

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scientific-public-health-data

公衆衛生データアクセススキル。NHANES 疫学調査データ、MedlinePlus 一般向け 健康情報、RxNorm 薬剤標準語彙、ODPHP 健康目標・ガイドライン、 Health Disparities 健康格差データ統合パイプライン。 ToolUniverse 連携: nhanes, medlineplus, odphp。

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scientific-systems-biology

システム生物学解析スキル。動的モデリング（ODE / SBML）・ 代謝フラックス解析（FBA / pFBA）・遺伝子制御ネットワーク推定（GRN）・ シグナル伝達経路モデリング・パラメータ推定・感度解析・ BioModels/Reactome/KEGG/BiGG 統合パイプライン。 ToolUniverse 連携: bigg_models, complex_portal, wikipathways。

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scientific-biothings-idmapping

BioThings API (MyGene.info, MyVariant.info, MyChem.info) を活用した 遺伝子・変異・化合物の横断的 ID マッピングおよびアノテーション統合スキル。

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scientific-cellxgene-census

CELLxGENE Census 大規模シングルセルアトラススキル。 CZ CELLxGENE Census API によるヒト/マウス全アトラスの メタデータ検索・遺伝子発現クエリ・セルタイプ分布解析・ データセット横断統合パイプライン。 ToolUniverse 連携: cellxgene_census。

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scientific-clingen-curation

ClinGen 臨床ゲノム資源キュレーションスキル。ClinGen API に よる遺伝子-疾患バリディティ、臨床アクショナビリティ、 投与量感受性、バリアントレベルエビデンス評価パイプライン。 ToolUniverse 連携: clingen。

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scientific-drug-repurposing

ドラッグリポジショニング（既存薬再創薬）スキル。ToolUniverse の Drug Repurposing パラダイムに準拠し、7 つの戦略（ターゲット型、化合物型、疾患駆動型、メカニズム型、 ネットワーク型、表現型、構造型）で候補を体系的に探索。 「ドラッグリポジショニングして」「既存薬の新規適応を探して」で発火。

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scientific-gtex-tissue-expression

GTEx 組織発現スキル。GTEx Portal REST API v2 による 組織特異的遺伝子発現パターン解析・eQTL ルックアップ・ 多組織比較。ToolUniverse 連携: gtex_v2。

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scientific-human-cell-atlas

Human Cell Atlas (HCA) データポータルスキル。HCA Data Portal API プロジェクト検索・ファイルダウンロード・CELLxGENE Census 統合・ 細胞型アノテーション・アトラス構築。ToolUniverse 連携: hca_tools。

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scientific-human-protein-atlas

Human Protein Atlas (HPA) 統合スキル。組織/細胞タンパク質発現、 がん予後バイオマーカー、RNA 発現プロファイル、細胞内局在、 タンパク質相互作用の包括的検索・解析パイプライン。

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scientific-pharmacogenomics

ファーマコゲノミクス (薬理ゲノム学) 解析スキル。PharmGKB/ClinPGx による 遺伝子-薬物相互作用照会、CPIC ガイドライン取得・解釈、Star アレル分類、 代謝酵素表現型判定 (PM/IM/NM/RM/UM)、FDA 薬理ゲノムバイオマーカー、 投与量レコメンデーション、PGx レポート生成を統合した 個別化薬物療法支援パイプライン。

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scientific-pharos-targets

Pharos/TCRD ターゲットプロファイリングスキル。Illuminating the Druggable Genome (IDG) Pharos GraphQL API による ターゲット開発レベル (TDL) 分類・疾患関連・リガンド検索・ 既存薬候補スクリーニングパイプライン。 ToolUniverse 連携: pharos。

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scientific-protein-structure-analysis

タンパク質構造解析スキル。PDB / AlphaFold DB / PDBe を活用した 3D 構造解析。 構造アラインメント、結合部位検出、分子ドッキング準備、構造品質評価。 ToolUniverse の Protein Structure Retrieval と claude-scientific-skills の PDB/AlphaFold スキルを統合。 「タンパク質の構造を解析して」「PDB 構造を調べて」「ドッキング準備して」で発火。

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scientific-variant-effect-prediction

計算バリアント効果予測スキル。AlphaMissense (タンパク質構造ベース病原性予測)、 CADD (統合アノテーションスコア)、SpliceAI (スプライシング影響予測) の 3 大予測ツールを統合したコンセンサス病原性評価パイプライン。 Ensembl VEP 連携、バリアントフィルタリング、優先順位付け対応。 9 の ToolUniverse SMCP ツールと連携。

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scientific-admet-pharmacokinetics

ADMET 予測・薬物動態モデリングスキル。吸収(A)・分布(D)・代謝(M)・排泄(E)・毒性(T)の 包括的予測パイプライン。DeepChem/ADMET-AI/PyTDC を活用した分子特性予測、 PK/PD モデリング、ドラッグライクネス最適化、リード最適化戦略を提供。 「ADMET 予測して」「薬物動態を評価して」「lead optimization して」で発火。

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scientific-cancer-genomics

がんゲノミクスポータル統合スキル。COSMIC (体細胞変異カタログ)、 cBioPortal (がんゲノミクスデータ解析)、DepMap (がん細胞依存性) の 3 大がんゲノミクスデータベースを統合した変異プロファイリング、 変異シグネチャー解析、遺伝子依存性 (essentiality) 評価、 コピー数変化・がん種横断解析パイプライン。 13 の ToolUniverse SMCP ツールと連携。

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scientific-cell-line-resources

細胞株リソーススキル。Cellosaurus 細胞株データベース検索、 STR プロファイルマッチング、コンタミネーション検出、 細胞株メタデータ (由来組織・疾患・種) 取得パイプライン。

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scientific-chembl-assay-mining

ChEMBL アッセイ・活性データマイニングスキル。ChEMBL REST API による アッセイ検索・バイオアクティビティデータ取得・IC50/Ki/EC50 SAR 解析・ ターゲット-化合物マッピング・選択性プロファイリング・ATC 分類検索・ 構造アラート検出パイプライン。

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scientific-drug-target-profiling

創薬ターゲットプロファイリングスキル。ToolUniverse / Open Targets / ChEMBL / UniProt を活用したドラッグターゲットインテリジェンス。ドラッガビリティ評価、安全性プロファイリング、 ターゲット-疾患アソシエーション、競合パイプライン分析を統合的に実行。 「ターゲット評価して」「druggability 分析して」「標的タンパク質を調べて」で発火。

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scientific-gdc-portal

NCI Genomic Data Commons ポータルスキル。GDC REST API を用いたがんゲノムプロジェクト横断検索・ケースメタデータ・ 体細胞変異 (SSM)・遺伝子発現・ファイル取得。 ToolUniverse 連携: gdc。

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scientific-metabolic-modeling

代謝モデリングスキル。BiGG Models ゲノムスケール代謝モデル、 BioModels SBML リポジトリを統合した代謝ネットワーク解析・ モデル検索パイプライン。

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scientific-microbiome-metagenomics

マイクロバイオーム・メタゲノミクス解析スキル。16S rRNA アンプリコン解析（DADA2）・ ショットガンメタゲノム解析（MetaPhlAn / HUMAnN）・α/β 多様性・ 差次存在量解析（DESeq2 / ANCOM-BC）・機能的プロファイリング・ 組成データ解析（CoDA）パイプライン。

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scientific-monarch-ontology

Monarch Initiative 疾患-表現型オントロジースキル。 Monarch Initiative API を用いた疾患-遺伝子-表現型 アソシエーション・HPO フェノタイピング・ 遺伝子-疾患推定・オントロジーセマンティック検索。 ToolUniverse 連携: monarch。

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