brycewang-stanford/Auto-Empirical-Research-Skills - Page 19

enrichr-api

Perform gene set enrichment analysis using the Enrichr API

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ensembl-rest-api

Query gene, sequence, and variant data via the Ensembl REST API

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epidemiology-guide

Epidemiological study designs, measures of association, and public health ana...

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genomas-guide

Automate gene expression analysis with the GenoMAS multi-agent system

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genomics-analysis-guide

Workflows for RNA-seq, GWAS, and variant calling in genomic research

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genotex-benchmark-guide

Benchmark for LLM agents on gene expression data analysis

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med-researcher-guide

Multi-agent system for biomedical literature review and synthesis

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med-researcher-r1-guide

Medical deep research agent with reasoning chain analysis

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medgeclaw-guide

AI research assistant for biomedicine, RNA-seq, and drug discovery

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medical-data-api

Access FDA drug data and WHO global health statistics for research

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medical-imaging-guide

Medical image analysis with deep learning for research applications

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ncbi-blast-api

Run sequence similarity searches via the NCBI BLAST REST API

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ncbi-datasets-api

Access genomes, genes, and taxonomy data via NCBI Datasets v2 API

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pdb-structure-api

Search and retrieve 3D protein structures from the RCSB Protein Data Bank

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quickgo-api

Browse and search Gene Ontology annotations via the QuickGO API

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biomedical-skills

24 biomedical research skills. Trigger: medical research, clinical trials, genomics, bioinformatics. Design: domain databases, wet-lab/dry-lab methods, and ethical compliance guides.

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architecture-design-guide

Design principles of form, function, sustainability in architecture

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innovation-management-guide

Innovation metrics, R&D management research, and technology forecasting

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Structured frameworks for market sizing, competitive analysis, and strategic ...

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operations-research-guide

Optimization and operations research methods for business and logistics

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business-skills

5 business research skills. Trigger: business strategy, market analysis, competitive intelligence. Design: analytical frameworks and methods for management and innovation research.

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Frameworks for strategic planning, resource allocation, and organizational an...

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cactus-cheminformatics-guide

PNNL cheminformatics LLM agent for molecular analysis

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catalysis-hub-api

Query computational catalysis reaction data via Catalysis Hub GraphQL

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Multi-agent system for chemical literature information extraction

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Automate molecular simulations with the ChemGraph agentic framework

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DFT, molecular simulation, and reaction prediction tools for chemists

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Molecular dynamics simulation setup, execution, and trajectory analysis

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Search PubChem for chemical compounds, structures, and bioassay data

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Retrosynthetic analysis and computational reaction prediction

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chemistry-skills

9 chemistry skills. Trigger: chemical structure analysis, reaction prediction, molecular modeling. Design: computational chemistry tools and cheminformatics workflows.

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Spectral data analysis for NMR, IR, mass spectrometry, and UV-Vis

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AI security papers from top-4 security conferences

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Analyze algorithm complexity and computational efficiency for research

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Survey and paper collection on LLMs for code generation

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Search computer science publications, authors, and venues via DBLP

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Distributed systems design patterns and analysis for CS research

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Formal methods, theorem proving, and model checking for CS research

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Curated papers and resources for 3D Gaussian Splatting

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Papers on LLMs for IT operations and AIOps research

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