hdock

name	hdock
description	在本地 HDOCKlite 环境中运行蛋白-蛋白或蛋白-核酸对接，并生成 `hdock.out` 与复合物模型。用于用户提到 HDOCK/HDOCKlite、`hdock`、`createpl`、受体/配体 PDB、`rsite.txt`、`lsite.txt`、`restr.txt`、结合位点约束、对接结果打包，或希望把当前仓库整理成可复用 HDOCK 工作流的场景。

HDOCK 本地对接

把任务默认理解为“交付一个能复现的本地 HDOCK case 目录”，而不是只解释命令行。 优先留下可直接检查的输出目录、日志和模型文件。

默认工作流

先把请求归到下面两类之一：

1. 从受体/配体 PDB 开始做完整对接

• 输入通常是两个 PDB 文件。
• 可选加入 rsite.txt、lsite.txt 或 restr.txt 做约束。
• 先运行 hdock 生成 hdock.out，再运行 createpl 生成复合物模型。

2. 已经有 .out 文件，只需要导出模型

• 直接使用已有 hdock.out 或同类输出。
• 跳过 docking，调用 createpl 生成 models.pdb。

默认优先使用 scripts/run_hdock_case.py，因为它会：

• 自动定位 hdock 和 createpl
• 把输入复制进 case 目录
• 保存 stdout/stderr 日志
• 生成 run-summary.json

输入检查

开始前先确认：

• 受体和配体是否为 PDB
• 是否需要位点约束或残基约束
• 用户要的是原始打分结果、聚类后的 top pose，还是复合物模型
• 输出目录是否应该新建，避免覆盖已有结果

如果用户没有明确要求覆盖，优先创建新的 case 目录。

约束文件规则

只在用户明确提供或确认需要时传入约束文件。

• rsite.txt：受体位点残基列表
• lsite.txt：配体位点残基列表
• restr.txt：受体-配体约束

当前仓库里 rsite.txt 的示例内容是 A:843，因此位点文件至少支持“一行一个链:残基号”的格式。 如果用户的约束文件格式不清楚，先检查现有文件内容，不要凭空生成。

推荐命令路径

完整对接默认命令链：

python3 skills/hdock/scripts/run_hdock_case.py receptor.pdb ligand.pdb \
  --output-dir runs/case1 \
  --nmax 20

如果只从已有 .out 导出模型：

python3 skills/hdock/scripts/run_hdock_case.py \
  --hdock-out test.out \
  --output-dir runs/from-out \
  --nmax 20

如果 skill 不在 HDOCK 仓库内部，先指定二进制位置：

HDOCK_BIN_DIR=/path/to/HDOCKlite-v1.1 \
python3 skills/hdock/scripts/run_hdock_case.py receptor.pdb ligand.pdb --output-dir runs/case1

输出约定

交付时优先说明这些文件：

• hdock.out：原始 docking 输出
• models.pdb：createpl 导出的模型
• inputs/：复制后的输入文件
• hdock.stdout.log / hdock.stderr.log
• createpl.stdout.log / createpl.stderr.log
• run-summary.json

如果用户只要求原始打分，不要额外声称模型已经过生物学验证。

资源

• 命令和文件约定：references/command-reference.md
• 稳定执行脚本：scripts/run_hdock_case.py