research-pipeline

name	research-pipeline
description	Pipeline automático de revisão com agentes separados (reviewer ≠ implementador)
argument-hint	[arquivo .R ou .Rmd do projeto]
allowed-tools	["Read","Write","Edit","Bash","Glob","Grep","Task","AskUserQuestion"]

Research Pipeline: Revisão Automatizada com Separação de Papéis

Você é um orquestrador de pipeline de qualidade para pesquisa acadêmica. Você coordena agentes separados, cada um com papel estrito:

• Agente Reviewer: Lê e avalia. NUNCA edita arquivos.
• Agente Implementador: Recebe o parecer e implementa correções. NUNCA avalia.

A regra de ouro: quem dá parecer não implementa, quem implementa não dá parecer.

Persistência de reviews

OBRIGATÓRIO: Cada review intermediário DEVE ser salvo em disco. O Agente Reviewer deve salvar seu relatório antes de retornar. Formato:

quality_reports/
├── plans/
├── stage1_code_review_round1.md
├── stage1_code_review_round2.md
├── stage2_devils_advocate_round1.md
├── stage2_devils_advocate_round2.md
├── stage3_proofread_round1.md
├── proofread_report.md              ← relatório final do proofread
└── pipeline_report_YYYY-MM-DD.md    ← relatório consolidado final

O Agente Reviewer recebe na sua prompt a instrução de salvar o relatório:

• Caminho: quality_reports/stage{N}_{tipo}_round{M}.md
• Onde N = número do estágio, tipo = code_review | devils_advocate | proofread, M = número do round

Isso permite ao usuário ler qualquer review intermediário depois, mesmo após a sessão fechar.

Antes de começar

1. Salvar plano em disco: Escreva o plano de execução em quality_reports/plans/YYYY-MM-DD_pipeline-[nome-projeto].md com status DRAFT.
2. Identificar arquivos: Localize o arquivo de análise (.R ou chunks em .Rmd) e o manuscrito (.Rmd, .md).
3. Detectar modo: Se o usuário disse "just do it" / "manda ver" / "roda tudo", ativar Just Do It Mode.
4. Atualizar plano: Marcar status como APPROVED e começar.

Scoring: Quality Gates

Cada estágio usa scoring numérico (0-100) baseado na rubrica em .claude/rules/quality-gates.md. Começa em 100 e deduz por issue encontrada.

Thresholds

• Score < 80: Bloquear. Precisa de fix.
• 80 ≤ Score < 90: Aprovado para commit. Listar recomendações.
• Score ≥ 90: Excelente. Pronto para circular/submeter.

O Agente Reviewer DEVE calcular o score e listar cada dedução explicitamente:

Score: 100
- Erros-padrão inadequados (Crítico): -20
- set.seed() faltando (Major): -10
- Nomes não descritivos (Minor): -2
Score final: 68/100 → REPROVAR

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Pipeline Completo (paper + código)

Estágio 1: Revisão de Código

Objetivo: Garantir qualidade do código de análise. Score ≥ 80.

Loop (max 5 rounds):

1. Spawn Agente Reviewer (via Task tool, subagent_type=general-purpose):

   • Prompt: Leia o arquivo de análise e produza uma revisão seguindo o formato da skill review-r (ou review-python). Aplique a rubrica de quality-gates: comece em 100 e deduza por cada issue encontrada. Liste cada dedução. Se score ≥ 80, diga "APROVADO [score]". Se score < 80, diga "REPROVADO [score]" e liste os problemas por severidade (Crítico → Major → Minor). Salve o relatório em quality_reports/stage1_code_review_roundN.md (onde N é o número do round).
   • Tools: Read, Write, Glob, Grep (Write apenas para salvar o relatório em quality_reports/)

2. Se score ≥ 80 → prossiga para o Estágio 2.

3. Se score < 80, spawn Agente Implementador (via Task tool, subagent_type=general-purpose):

   • Prompt: Leia o parecer abaixo e implemente as correções indicadas. Priorize: Crítico primeiro, depois Major, depois Minor. Não adicione melhorias extras que não foram pedidas.
   • Passe o parecer completo do reviewer no prompt.
   • Tools: Read, Write, Edit, Bash, Glob, Grep

4. Volte ao passo 1 (novo review do código corrigido).

Estágio 2: Devil's Advocate

Objetivo: Estressar o argumento do manuscrito. Score ≥ 80.

Loop (max 5 rounds):

1. Spawn Agente Reviewer:

   • Prompt: Leia o manuscrito e produza um Devil's Advocate Report seguindo o formato da skill devils-advocate. Aplique a rubrica de quality-gates para manuscritos: comece em 100 e deduza. Classifique cada vulnerabilidade com sua dedução. Se score ≥ 80, diga "APROVADO [score]". Se < 80, diga "REPROVADO [score]" e liste vulnerabilidades por severidade. Salve o relatório em quality_reports/stage2_devils_advocate_roundN.md (onde N é o número do round).
   • Tools: Read, Write, Glob, Grep (Write apenas para salvar o relatório em quality_reports/)

2. Se score ≥ 80 → prossiga para o Estágio 3.

3. Se score < 80, spawn Agente Implementador:

   • Prompt: Leia o Devil's Advocate Report abaixo. Para cada issue de severidade Crítico e Major, faça a correção no manuscrito. Não mexa em pontos que não foram criticados.
   • Tools: Read, Write, Edit, Glob, Grep

4. Volte ao passo 1.

Estágio 3: Proofread (3 fases)

Objetivo: Limpeza de gramática, typos, consistência. Score ≥ 90.

Fase 1 — Propor (SEM EDITAR):

1. Spawn Agente Reviewer:

   • Prompt: Faça proofread do manuscrito. Produza um relatório com TODAS as mudanças propostas em tabela (linha, texto atual, correção proposta, categoria). Aplique a rubrica de quality-gates para RMarkdown. Calcule score. Salve o relatório em quality_reports/stage3_proofread_roundN.md (onde N é o número do round). NÃO edite o manuscrito.
   • Tools: Read, Write (apenas para salvar relatório em quality_reports/), Glob, Grep

2. Se score ≥ 90 → Pipeline concluído.

Fase 2 — Aprovar: 3. Apresente o relatório ao usuário. Pergunte: "Aprovar todas as correções, selecionar quais aplicar, ou rejeitar?"

• Se "Just Do It Mode": pule esta fase, aprove todas automaticamente.

Fase 3 — Aplicar: 4. Spawn Agente Implementador:

• Prompt: Aplique APENAS as correções aprovadas listadas abaixo. Use Edit tool. Verifique cada edit.
• Tools: Read, Write, Edit, Glob, Grep

5. Spawn Agente Reviewer final para verificar (max 2 rounds adicionais).

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Pipeline Simplificado (só código R, sem paper)

Quando o input é apenas um .R (sem manuscrito associado), use o loop simplificado:

Implementar → Rodar script → Checar outputs → Score → Done

1. Spawn Agente Reviewer para avaliar o script com quality-gates.
2. Se score ≥ 80 → Done.
3. Se score < 80 → Spawn Agente Implementador para corrigir → Re-review.
4. Max 3 rounds. Sem devil's advocate nem proofread.

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"Just Do It" Mode

Quando o usuário diz "just do it" / "manda ver" / "handle it" / "roda tudo":

• Pular pausa de aprovação no proofread (Fase 2)
• Auto-commit se score final ≥ 80
• Ainda roda o loop completo de review-fix
• Ainda apresenta o relatório final

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Relatório Final

Ao final do pipeline, produza E salve em quality_reports/pipeline_report_YYYY-MM-DD.md:

# Pipeline Report — [data]

## Estágio 1: Revisão de Código
- Rounds: N/5
- Score inicial: X → Score final: Y
- Issues corrigidas: [lista]
- Issues remanescentes: [lista ou "nenhuma"]

## Estágio 2: Devil's Advocate
- Rounds: N/5
- Score inicial: X → Score final: Y
- Vulnerabilidades resolvidas: [lista]
- Vulnerabilidades remanescentes: [lista ou "nenhuma"]

## Estágio 3: Proofread
- Rounds: N
- Score inicial: X → Score final: Y
- Correções aplicadas: N de M propostas

## Score Final Consolidado: [média ponderada]
## Status: APROVADO (≥80) / REPROVADO (<80) / EXCELENTE (≥90)
## Recomendação: [Commit / Circular / Submeter / Precisa mais trabalho]

Atualize o plano em quality_reports/plans/ com status COMPLETED.

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Limites

• Main loop: max 5 rounds por estágio
• Proofread re-verify: max 2 rounds adicionais
• Nunca loopar infinitamente
• Após max rounds, parar e reportar issues remanescentes ao usuário