scientific-pharmgkb-pgx

name	scientific-pharmgkb-pgx
description	PharmGKB 薬理ゲノミクススキル。PharmGKB REST API による 臨床アノテーション・薬物遺伝子関連・投与量ガイドライン・ スターアレル解析。ToolUniverse 連携: pharmgkb。
tu_tools	[{"key":"pharmgkb","name":"PharmGKB","description":"臨床アノテーション・薬物遺伝子関連・PGx ガイドライン"}]

Scientific PharmGKB PGx

PharmGKB (Pharmacogenomics Knowledgebase) REST API を活用した 薬理ゲノミクス臨床アノテーション・薬物遺伝子相互作用・投与量 ガイドライン検索パイプラインを提供する。

When to Use

• 薬物と遺伝子変異の関連を調べるとき
• 臨床アノテーション (エビデンスレベル付き) を検索するとき
• 投与量調整ガイドライン (CPIC/DPWG) を取得するとき
• スターアレルと表現型の対応を確認するとき
• 特定薬物の薬理ゲノミクス情報を包括的に取得するとき
• 精密医療の薬物選択を支援するとき

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Quick Start

1. 薬物・遺伝子検索

import requests
import pandas as pd

PGKB_BASE = "https://api.pharmgkb.org/v1/data"


def pharmgkb_search_drugs(query, limit=50):
    """
    PharmGKB — 薬物検索。

    Parameters:
        query: str — 薬物名 (例: "warfarin", "clopidogrel")
        limit: int — 最大結果数
    """
    url = f"{PGKB_BASE}/chemical"
    params = {"name": query, "view": "max"}

    resp = requests.get(url, params=params, timeout=30)
    resp.raise_for_status()
    data = resp.json()

    results = []
     item  data.get(, []):
        results.append({
            : item.get(, ),
            : item.get(, ),
            : .join(
                item.get(, [])),
            : .join(
                item.get(, [])[:]),
            : item.get(, ),
            : (
                item.get(, [])),
        })

    df = pd.DataFrame(results)
    (
          )
     df


 ():
    
    url = 
    params = {: query, : }

    resp = requests.get(url, params=params, timeout=)
    resp.raise_for_status()
    data = resp.json()

    results = []
     item  data.get(, []):
        results.append({
            : item.get(, ),
            : item.get(, ),
            : item.get(, ),
            : item.get(, ),
            : item.get(, ),
            : item.get(
                , ),
        })

    df = pd.DataFrame(results)
    (
          )
     df