| name | scientific-revision-tracker |
| description | 論文改訂の変更履歴追跡・差分管理スキル。原稿バージョン間の diff 生成、
変更箇所のハイライト（赤字削除/青字追加）、改訂サマリー自動生成、
査読コメントと改訂箇所のトレーサビリティ管理を行う。
「改訂をトラッキングして」「変更履歴を作って」「diff を出して」で発火。
|
| tu_tools | [{"key":"crossref","name":"Crossref","description":"改訂履歴の引用整合性検証"}] |
Scientific Revision Tracker
論文改訂プロセスにおける変更履歴の追跡・差分管理・バージョン管理スキル。
査読コメントから改訂箇所への双方向トレーサビリティを確保する。
When to Use
- 原稿の改訂前後の差分を可視化したいとき
- 査読対応時の変更履歴を管理したいとき
- 改訂版原稿に変更箇所をマークアップ（赤字/青字）したいとき
- 複数ラウンドの改訂履歴を一元管理したいとき
- 改訂サマリーを自動生成したいとき
Quick Start
1. 改訂追跡ワークフロー
原稿 (v1) + 査読コメント
├─ Phase 1: バージョンスナップショット
│ ├─ 改訂前原稿を manuscript/versions/v1.md として保存
│ ├─ メタデータ（日時、ラウンド番号）記録
│ └─ セクション単位のハッシュ記録
├─ Phase 2: 改訂の実行（他スキルとの連携）
│ ├─ peer-review-response → 対応方針の決定
│ ├─ academic-writing → 本文修正
│ └─ critical-review → 修正後のセルフレビュー
├─ Phase 3: 差分検出・ハイライト
│ ├─ セクション単位の差分抽出
│ ├─ 文レベルの変更検出
│ ├─ 追加/削除/変更のマークアップ
│ └─ 変更統計の計算
├─ Phase 4: トレーサビリティ検証
│ ├─ 全 Major コメントに対応する変更があるか
│ ├─ 変更箇所が回答レターの記述と一致するか
│ └─ 未対応コメントの検出
└─ Phase 5: ファイル出力
├─ manuscript/manuscript_tracked.md — 変更マークアップ付き
├─ manuscript/revision_summary.json — 改訂統計
└─ manuscript/versions/vN.md — バージョンスナップショット
2. バージョン管理
import re
import json
import hashlib
from pathlib import Path
from datetime import datetime
from difflib import SequenceMatcher, unified_diff
def create_version_snapshot(manuscript_path, round_number=1,
label="original", filepath=None):
"""
改訂前の原稿スナップショットを保存する。
Args:
manuscript_path: Path — 現行原稿のパス
round_number: int — 査読ラウンド
label: str — "original", "r1_revised", "r2_revised" 等
filepath: Path — スナップショット保存先
Returns:
dict: スナップショットメタデータ
"""
if filepath is None:
versions_dir = BASE_DIR / "manuscript" / "versions"
versions_dir.mkdir(parents=True, exist_ok=True)
filepath = versions_dir / f"v{round_number}_{label}.md"
with open(manuscript_path, "r", encoding="utf-8") as f:
content = f.read()
sections = _split_into_sections(content)
section_hashes = {
name: hashlib.md5(text.encode()).hexdigest()
for name, text in sections.items()
}
with open(filepath, "w", encoding="utf-8") as f:
f.write(content)
metadata = {
"version": f"v{round_number}_{label}",
"timestamp": datetime.now().isoformat(),
"round": round_number,
"label": label,
"path": str(filepath),
"word_count": len(content.split()),
"section_count": len(sections),
"section_hashes": section_hashes,
}
meta_path = filepath.with_suffix(".json")
with open(meta_path, "w", encoding="utf-8") as f:
json.dump(metadata, f, indent=2, ensure_ascii=False)
print(f" → スナップショットを保存: {filepath}")
print(f" → メタデータを保存: {meta_path}")
return metadata
def _split_into_sections(text):
"""Markdown テキストをセクションに分割する。"""
sections = {}
current_section = "Preamble"
current_content = []
for line in text.split('\n'):
header_match = re.match(r'^#{1,3}\s+(.+)$', line)
if header_match:
if current_content:
sections[current_section] = '\n'.join(current_content)
current_section = header_match.group(1).strip()
current_content = [line]
else:
current_content.append(line)
if current_content:
sections[current_section] = '\n'.join(current_content)
return sections
3. 差分検出エンジン
def compute_diff(original_path, revised_path):
"""
2 つの原稿バージョン間の差分を計算する。
Args:
original_path: Path — 元の原稿
revised_path: Path — 改訂後の原稿
Returns:
dict: {
"sections_changed": ["Introduction", "Discussion"],
"sections_added": [],
"sections_removed": [],
"changes": [
{
"section": "Introduction",
"type": "modified",
"original_lines": [...],
"revised_lines": [...],
"similarity": 0.85,
}
],
"stats": {
"lines_added": 45,
"lines_removed": 12,
"lines_modified": 23,
"word_count_change": +350,
"sections_modified": 3,
}
}
"""
with open(original_path, "r", encoding="utf-8") as f:
original = f.read()
with open(revised_path, "r", encoding="utf-8") as f:
revised = f.read()
orig_sections = _split_into_sections(original)
rev_sections = _split_into_sections(revised)
all_sections = set(list(orig_sections.keys()) + list(rev_sections.keys()))
sections_changed = []
sections_added = []
sections_removed = []
changes = []
for section in all_sections:
if section in orig_sections and section not in rev_sections:
sections_removed.append(section)
changes.append({
"section": section,
"type": "removed",
"original_lines": orig_sections[section].split('\n'),
"revised_lines": [],
"similarity": ,
})
section orig_sections section rev_sections:
sections_added.append(section)
changes.append({
: section,
: ,
: [],
: rev_sections[section].split(),
: ,
})
orig_sections[section] != rev_sections[section]:
sections_changed.append(section)
similarity = SequenceMatcher(
, orig_sections[section], rev_sections[section]
).ratio()
changes.append({
: section,
: ,
: orig_sections[section].split(),
: rev_sections[section].split(),
: (similarity, ),
})
orig_lines = original.split()
rev_lines = revised.split()
diff_lines = (unified_diff(orig_lines, rev_lines, lineterm=))
lines_added = ( l diff_lines l.startswith() l.startswith())
lines_removed = ( l diff_lines l.startswith() l.startswith())
stats = {
: lines_added,
: lines_removed,
: (lines_added, lines_removed),
: (original.split()),
: (revised.split()),
: (revised.split()) - (original.split()),
: (sections_changed),
: (sections_added),
: (sections_removed),
}
{
: sections_changed,
: sections_added,
: sections_removed,
: changes,
: stats,
}
4. 変更マークアップ生成
MARKUP_STYLES = {
"latex": {
"added": r"\textcolor{blue}{%s}",
"removed": r"\st{\textcolor{red}{%s}}",
"comment": r"\marginpar{\footnotesize %s}",
},
"markdown": {
"added": '<span style="color:blue">%s</span>',
"removed": '~~<span style="color:red">%s</span>~~',
"comment": '<!-- REVISION: %s -->',
},
"track_changes": {
"added": "[++%s++]",
"removed": "[--%s--]",
"comment": "[COMMENT: %s]",
},
}
def generate_tracked_manuscript(original_path, revised_path,
markup_style="markdown",
response_mapping=None,
filepath=None):
"""
変更箇所をマークアップした原稿を生成する。
Args:
original_path: Path — 元の原稿
revised_path: Path — 改訂後の原稿
markup_style: str — "markdown", "latex", "track_changes"
response_mapping: dict — コメント-改訂マッピング（あれば注釈追加）
filepath: Path — 出力先
"""
if filepath is None:
filepath = BASE_DIR / "manuscript" / "manuscript_tracked.md"
filepath.parent.mkdir(parents=True, exist_ok=True)
style = MARKUP_STYLES.get(markup_style, MARKUP_STYLES["markdown"])
with open(original_path, "r", encoding="utf-8") f:
orig_lines = f.readlines()
(revised_path, , encoding=) f:
rev_lines = f.readlines()
matcher = SequenceMatcher(, orig_lines, rev_lines)
tracked = []
tag, i1, i2, j1, j2 matcher.get_opcodes():
tag == :
tracked.extend(orig_lines[i1:i2])
tag == :
line orig_lines[i1:i2]:
tracked.append(style[] % line.rstrip() + )
line rev_lines[j1:j2]:
tracked.append(style[] % line.rstrip() + )
tag == :
line orig_lines[i1:i2]:
tracked.append(style[] % line.rstrip() + )
tag == :
line rev_lines[j1:j2]:
tracked.append(style[] % line.rstrip() + )
response_mapping:
tracked = _annotate_with_comments(tracked, response_mapping, style)
(filepath, , encoding=) f:
f.writelines(tracked)
()
filepath
():
section_comments = {}
reviewer mapping.get(, []):
comment reviewer.get(, []):
section = comment.get(, )
section section_comments:
section_comments[section] = []
section_comments[section].append(
)
result = []
line tracked_lines:
result.append(line)
header = re.(, line)
header:
section_name = header.group().strip()
section_name section_comments:
comment_refs = .join(section_comments[section_name])
result.append(style[] % + )
result
5. トレーサビリティ検証
def verify_revision_traceability(response_mapping, diff_result):
"""
全査読コメントに対応する改訂が存在するか検証する。
Args:
response_mapping: dict — generate_response_mapping() の結果
diff_result: dict — compute_diff() の結果
Returns:
dict: {
"all_addressed": bool,
"unaddressed_comments": [...],
"orphan_changes": [...], # コメントに紐づかない変更
"verification_summary": str,
}
"""
changed_sections = set(diff_result["sections_changed"] + diff_result["sections_added"])
unaddressed = []
addressed = []
for reviewer in response_mapping.get("reviewers", []):
for comment in reviewer.get("comments", []):
section = comment.get("section", "General")
strategy = comment.get("strategy", "pending")
if strategy == "rebut":
addressed.append(comment)
elif section in changed_sections:
addressed.append(comment)
elif strategy == "accept" or strategy == "partially_accept":
unaddressed.append({
"reviewer": reviewer["id"],
"comment_number": comment["number"],
"severity": comment["severity"],
"expected_section": section,
"strategy": strategy,
})
all_addressed = len(unaddressed) == 0
commented_sections = ()
reviewer response_mapping.get(, []):
comment reviewer.get(, []):
commented_sections.add(comment.get(, ))
orphan_changes = [s s changed_sections s commented_sections]
{
: all_addressed,
: (addressed),
: unaddressed,
: orphan_changes,
: (
all_addressed
),
}
6. パイプライン統合
def run_revision_tracker(original_path, revised_path, round_number=1,
response_mapping_path=None, markup_style="markdown"):
"""
改訂追跡パイプラインを実行する。
出力ファイル:
manuscript/versions/vN_*.md — バージョンスナップショット
manuscript/manuscript_tracked.md — 変更マークアップ付き原稿
manuscript/revision_summary.json — 改訂統計・トレーサビリティ
"""
print("=" * 60)
print(f"Revision Tracker Pipeline (Round {round_number})")
print("=" * 60)
print("\n[Phase 1] バージョンスナップショットを作成中...")
create_version_snapshot(original_path, round_number, "original")
create_version_snapshot(revised_path, round_number, "revised")
print("\n[Phase 2] 差分を計算中...")
diff = compute_diff(original_path, revised_path)
stats = diff["stats"]
print(f" → 変更セクション: {diff['sections_changed']}")
print(f" → 行追加: +{stats['lines_added']}, 行削除: -{stats['lines_removed']}")
print(f" → 語数変化: {stats['word_count_change']:+d}")
print("\n[Phase 3] 変更マークアップを生成中...")
mapping = None
if response_mapping_path:
(response_mapping_path, , encoding=) f:
mapping = json.load(f)
generate_tracked_manuscript(
original_path, revised_path,
markup_style=markup_style,
response_mapping=mapping,
)
traceability =
mapping:
()
traceability = verify_revision_traceability(mapping, diff)
()
traceability[]:
ua traceability[]:
(
)
summary = {
: round_number,
: datetime.now().isoformat(),
: stats,
: diff[],
: traceability,
}
summary_path = BASE_DIR / /
(summary_path, , encoding=) f:
json.dump(summary, f, indent=, ensure_ascii=)
()
( + * )
()
( * )
diff, traceability
ToolUniverse 連携
| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
|---|
crossref | Crossref | 改訂履歴の引用整合性検証 |
References
Output Files
| ファイル | 形式 | 生成タイミング |
|---|
manuscript/versions/vN_original.md | 改訂前スナップショット | Phase 1 |
manuscript/versions/vN_revised.md | 改訂後スナップショット | Phase 1 |
manuscript/versions/vN_*.json | バージョンメタデータ | Phase 1 |
manuscript/manuscript_tracked.md | 変更マークアップ付き原稿 | Phase 3 |
manuscript/revision_summary.json | 改訂統計・トレーサビリティ | Phase 4 |
マークアップスタイル
| スタイル | 追加 | 削除 | 用途 |
|---|
markdown | <span style="color:blue"> | ~~<span style="color:red">~~ | Web / プレビュー用 |
latex | \textcolor{blue}{} | \st{\textcolor{red}{}} | LaTeX 投稿用 |
track_changes | [++text++] | [--text--] | プレーンテキスト |
参照スキル
| スキル | 連携 |
|---|
scientific-peer-review-response | response_mapping.json からコメント-改訂対応を参照 |
scientific-academic-writing | 改訂原稿 manuscript.md の作成 |
scientific-critical-review | 改訂後のセルフレビュー |
scientific-paper-quality | 改訂前後の品質メトリクス比較 |
scientific-latex-formatter | 改訂版 LaTeX にマークアップを反映 |
