submit-package

name	submit-package
description	投稿包组装。生成期刊可直接上传的完整投稿材料。触发词：'打包投稿'、'投稿包'、'submit package'。
argument-hint	["manuscript文件和目标期刊"]
allowed-tools	Bash(*), Read, Write, Edit, Grep, Glob, WebSearch, WebFetch, Agent

投稿包组装 - 投稿阶段产物

概述

科研军团流水线的倒数第二站。将论文及所有配套材料组装为期刊可直接上传的投稿包。执行前置门控检查，确保质量审查已通过且引用已验证，然后将 Markdown 转换为 Word 格式并组装全部投稿文件。最终对外交付由 /delivery 收口。

前置门控

在组装投稿包之前，必须通过以下检查：

门控项	检查内容	不通过的处理
质量审查	REVIEW_STATE.json 中最终得分 ≥ 55（C 级）	返回 /quality-review 继续迭代
引用验证	verified_ref_pool.md 中无 failed 引用被使用	返回 /ref-manager verify
图表完整	figures/ 中所有图表文件存在	返回 /academic-figure 补图
无遗留标记	manuscript.md 中无 [VERIFY] 或 [TODO] 标记	逐一解决后继续

任一门控不通过，立即报告并给出具体修复指引，不强行组装不合格的投稿包。

流程

Step 1: 确定目标期刊规范

1. 读取用户指定的目标期刊（或从 requirement_v1.md 获取）
2. 通过 WebSearch 查询该期刊的投稿指南：
   • 字数限制（摘要、正文）
   • 参考文献格式（Vancouver/APA/自定义）
   • 图表要求（格式、大小、分辨率）
   • 必需的附加文件（Cover Letter、清单等）
   • 文件命名规范
3. 若无法获取具体期刊规范，使用通用医学期刊默认配置

Step 2: Markdown 转 Word

1. 使用 pandoc 将 manuscript.md 转换为 docx 格式：

   pandoc manuscript.md -o manuscript.docx --reference-doc=template.docx
   

2. 若 pandoc 不可用，使用 Python (python-docx) 作为备选方案
3. 转换后检查：
   • 标题层级正确
   • 表格格式完整
   • 参考文献编号连续
   • 无乱码或格式错误

Step 3: 图表文件整理

1. 将 figures/ 中的 TIFF 文件复制到投稿包目录
2. 确认所有图表：
   • 分辨率 ≥ 300 DPI
   • 文件命名符合期刊要求（如 Figure_1.tiff）
   • 文件大小在期刊限制内
3. 生成独立的图例文件（如期刊要求）

Step 4: Cover Letter 撰写

生成 cover_letter.md（后转 docx），结构：

Dear Editor,

[第一段: 投稿声明——论文标题、研究类型、目标栏目]

[第二段: 研究重要性——为什么这项研究值得发表]

[第三段: 主要发现——1-2 句核心结论]

[第四段: 适合该期刊的理由——与期刊 scope 的匹配度]

[第五段: 声明——原创性、无重复投稿、所有作者同意]

Sincerely,
[通讯作者]

Step 5: 报告清单生成

根据研究类型生成对应的报告清单：

研究类型	清单
观察性研究（队列/病例对照/横断面）	STROBE
随机对照试验	CONSORT
系统综述/Meta 分析	PRISMA
诊断准确性研究	STARD
预后研究	TRIPOD

逐条对照清单项，在论文中标注对应位置（页码/段落）。

Step 6: 作者声明文件

生成 declarations.md（后转 docx）：

# 作者声明

## 利益冲突
[声明所有作者的利益冲突或"无"声明]

## 资金来源
[列出基金资助信息]

## 伦理审批
[伦理委员会名称、审批编号]

## 知情同意
[患者知情同意声明]

## 数据可获取性
[数据共享声明]

## 作者贡献
[CRediT 格式的作者贡献声明]

## AI 使用声明
本研究使用 AI 工具辅助数据分析和论文撰写。所有 AI 生成内容均经过作者审查和验证。
AI 工具不列为论文作者。

Step 7: 投稿包组装

创建 submission_package/ 目录，包含：

submission_package/
├── manuscript.docx           # 论文正文
├── figures/
│   ├── Figure_1.tiff        # 图表文件（300+ DPI）
│   ├── Figure_2.tiff
│   └── ...
├── tables/
│   └── Table_1.docx         # 独立表格文件（如期刊要求）
├── cover_letter.docx         # 投稿信
├── checklist_STROBE.docx     # 报告清单（视研究类型而定）
├── declarations.docx         # 作者声明
├── figure_legends.docx       # 图例汇总
└── 投稿说明.md               # 投稿操作指引

Step 8: 投稿说明生成

生成 投稿说明.md，包含：

• 目标期刊名称和投稿网址
• 投稿系统操作步骤
• 各文件的上传顺序和对应栏目
• 审稿周期预估
• 注意事项

输出

• submission_package/ 目录 — 完整投稿包
• 投稿说明.md — 操作指引
• 更新 progress.md 标记投稿包阶段完成

关键规则

1. 门控不可跳过：质量审查未通过不组装投稿包，即使用户催促也要先过质量关
2. 格式以期刊为准：不同期刊要求不同，必须查阅具体投稿指南
3. AI 使用必须声明：论文中使用 AI 辅助必须在声明中如实披露
4. 文件命名规范：遵循期刊命名要求，不可使用中文文件名（投稿系统可能不支持）
5. 投稿包不是最终终态：submission_package/ 是 /delivery 的输入，而不是最终对外交付目录
6. 最终检查：组装完成后逐一打开每个文件确认无误，再进入 /delivery
7. 大文件处理：如果 Write 工具因文件过大失败，立即用 Bash (cat << 'EOF' > file) 分块写入。不要询问用户——直接执行