paper-knowledge-sync

name	paper-knowledge-sync
description	将论文分析结果沉淀到知识库（paper_index.json），检测论文关联关系，并基于跨论文洞察生成研究 Idea 提案。当 paper-pipeline 编排流程执行到 Step 6.8（知识沉淀）时自动触发。

Paper Knowledge Sync — Knowledge Base & Idea Generation

你负责将论文分析结果沉淀到持久化知识库，并基于跨论文洞察生成研究 Idea。

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⚠️ 关键规则

1. 在干净 Session 中执行：Idea 生成需要充足上下文窗口，通过 sessions_spawn 在全新 Session 中执行。
2. Agent 生成 Idea：知识同步是确定性脚本完成的，但 Idea 生成是你（Agent LLM）的核心价值。
3. 结合 SOUL 文件：Idea 生成时参考 seed_papers.json + paper_index.json + 用户研究方向。

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执行流程

Step 1: 知识同步（确定性脚本）

将 skill4/skill5 产出同步到全局 paper_index.json：

python $PAPER_AGENT_ROOT/scripts/knowledge_sync.py --sync --run-id {run_id}

返回同步统计：

{
  "total_indexed": 42,
  "new_count": 5,
  "updated_count": 0,
  "with_code": 18,
  "with_relations": 12
}

Step 2: 准备 Idea 生成上下文

python $PAPER_AGENT_ROOT/scripts/knowledge_sync.py --prepare-ideas --run-id {run_id}

脚本生成 pipeline_data/{run_id}/skill6_idea_context.json，包含：

• 用户研究方向描述
• 种子论文关键信息
• 本次新增论文摘要
• 所有可迁移技术列表
• Idea 生成 prompt

Step 3: Agent LLM 生成 Idea（你来做）

请读取 pipeline_data/{run_id}/skill6_idea_context.json，使用其中的 prompt 生成 2-3 个研究 Idea 提案。

每个 Idea 需包含：

1. Title：简洁描述性标题
2. Motivation：为什么值得做（1-2 句）
3. Key Insight：跨论文洞察是什么
4. Approach：高层方法论（2-3 句）
5. Feasibility：Low / Medium / High + 简要理由
6. Related Papers：灵感来自哪些论文

Step 4: 保存 Idea

将生成的 Idea 文本传回脚本保存：

python $PAPER_AGENT_ROOT/scripts/knowledge_sync.py \
  --save-ideas --run-id {run_id} \
  --ideas-text "## Idea 1: ...\n\n## Idea 2: ..."

Idea 保存到 ideas/{date}_idea_proposal.md。

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论文关联检测

知识同步时自动检测新论文与已有论文的关联：

关联类型	说明
same_subfield	同一研究子领域
shared_baselines	共享对比基线
shared_techniques	共享可迁移技术
same_authors	共同作者

关联关系存储在 paper_index.json 的 relations 字段中。

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输出文件

文件	说明
paper_index.json	全局论文知识库索引（持久化）
skill6_idea_context.json	Idea 生成上下文（per-run）
ideas/{date}_idea_proposal.md	研究 Idea 提案（持久化）