nahisaho/satori - 4ページ

scientific-pharmacology-targets

薬理学的ターゲットプロファイリングスキル。BindingDB 結合親和性、 GPCRdb GPCR 構造-活性、GtoPdb 薬理学、BRENDA 酵素動態、 Pharos 未解明ターゲット(TDL)の統合解析パイプライン。

scientific-precision-oncology

精密腫瘍学スキル。CIViC・OncoKB・cBioPortal・COSMIC・GDC/TCGA を統合し、 腫瘍ゲノムプロファイリング・分子標的選定・バイオマーカー評価・治療推奨を支援。 「がんゲノム解析して」「腫瘍プロファイリングして」「OncoKB で検索して」で発火。

scientific-stitch-chemical-network

STITCH 化学-タンパク質相互作用ネットワークスキル。STITCH REST API を用いた化学物質-タンパク質インタラクション検索・ 信頼度スコアリング・ネットワーク薬理学・ポリファーマコロジー解析。 ToolUniverse 連携: stitch。

scientific-string-network-api

STRING/BioGRID/STITCH ネットワーク解析スキル。STRING タンパク質相互作用 ネットワーク直接 API、BioGRID 実験的 PPI、STITCH 化学-タンパク質ネットワーク、 ネットワークトポロジー解析・コミュニティ検出・機能濃縮統合パイプライン。

scientific-civic-evidence

CIViC 臨床エビデンススキル。CIViC (Clinical Interpretation of Variants in Cancer) REST API を用いたバリアント臨床解釈・ エビデンスアイテム・分子プロファイル・アサーション検索。 ToolUniverse 連携: civic。

scientific-compound-screening

化合物スクリーニングスキル。ZINC データベースを活用した購入可能化合物検索、 SMILES/名前ベースの類似性検索、カタログフィルタリング、 バーチャルスクリーニング前処理パイプライン。

scientific-depmap-dependencies

DepMap 依存性スキル。Cancer Dependency Map (DepMap) Portal API によるがん細胞株 CRISPR/RNAi 依存性スコア・薬剤 感受性データ・遺伝子効果取得。ToolUniverse 連携: depmap。

scientific-disease-research

疾患研究スキル。GWAS Catalog・Orphanet・OMIM・HPO・DisGeNET を統合し、 疾患-遺伝子関連解析・希少疾患診断支援・表現型-遺伝型マッピング・ 疫学的特性評価を支援。 「疾患と遺伝子の関連を調べて」「希少疾患を診断して」「GWAS 結果を解析して」で発火。

scientific-drugbank-resources

DrugBank リソーススキル。DrugBank API を用いた薬剤記述・ 薬理情報・標的タンパク質・薬物相互作用検索。 ToolUniverse 連携: drugbank。

scientific-gnomad-variants

gnomAD バリアントスキル。gnomAD (Genome Aggregation Database) GraphQL API を用いた集団アレル頻度・遺伝子制約スコア (pLI/LOEUF)・リージョンクエリ・トランスクリプトレベル データ取得。ToolUniverse 連携: gnomad。

scientific-metabolomics-databases

メタボロミクスデータベース統合スキル。HMDB (Human Metabolome Database、 220,000+ 代謝物)、MetaCyc (代謝パスウェイ)、Metabolomics Workbench (NIH メタボロミクスリポジトリ) の 3 大メタボロミクス DB を統合した 代謝物同定、パスウェイマッピング、バイオマーカー発見、 RefMet 標準化命名パイプライン。13 の ToolUniverse SMCP ツールと連携。

scientific-opentargets-genetics

Open Targets Platform 遺伝学スキル。Open Targets Platform GraphQL API を用いた標的-疾患アソシエーション・薬剤 エビデンス・L2G 遺伝的関連・ファーマコゲノミクス検索。 ToolUniverse 連携: opentarget。

scientific-protein-interaction-network

タンパク質-タンパク質相互作用 (PPI) ネットワーク解析スキル。STRING、IntAct、 BioGRID、STITCH (化学-タンパク質) 相互作用データベースを統合した ネットワーク構築・解析パイプライン。GO/KEGG 富化、相互作用パートナー発見、 組織特異的ネットワーク (HumanBase)、化合物-標的ネットワーク対応。 14 の ToolUniverse SMCP ツールと連携。

scientific-rare-disease-genetics

希少疾患遺伝学スキル。OMIM 遺伝子-疾患マッピング、Orphanet 希少疾患 分類・遺伝子照会、DisGeNET 疾患-遺伝子関連スコア、IMPC マウス表現型 参照、遺伝子-表現型統合解析パイプライン。

scientific-rcsb-pdb-search

RCSB PDB 構造検索スキル。RCSB PDB Search API および Data API によるタンパク質立体構造検索・メタデータ取得・ リガンド情報・解像度フィルタリング。ToolUniverse 連携: rcsb_pdb, rcsb_search。

scientific-reactome-pathways

Reactome パスウェイスキル。Reactome Content Service REST API によるパスウェイ検索・階層取得・UniProt マッピング・ パスウェイ図データ取得。ToolUniverse 連携: reactome。

scientific-uniprot-proteome

UniProt プロテオームスキル。UniProt REST API による タンパク質検索・ID マッピング・配列取得・機能アノテーション・ UniRef/UniParc 横断検索。ToolUniverse 連携: uniprot。

scientific-variant-interpretation

遺伝子バリアント臨床解釈スキル。ClinVar / gnomAD / COSMIC / ACMG ガイドラインに 基づく病原性評価、薬理ゲノミクス（PharmGKB/ClinPGx）、バリアント-表現型相関の エビデンスグレーディング。ToolUniverse の Variant Interpretation パラダイムを統合。 「バリアントの病原性を評価して」「pharmacogenomics 解析して」で発火。

scientific-alphafold-structures

AlphaFold 構造予測スキル。AlphaFold Protein Structure Database REST API による予測構造取得・pLDDT 信頼度解析・PAE 残基間 距離予測・構造カバレッジ分析。ToolUniverse 連携: alphafold。

scientific-arrayexpress-expression

ArrayExpress 発現アーカイブスキル。BioStudies/ArrayExpress REST API によるマイクロアレイ・RNA-seq 発現実験検索・メタ データ取得・データ再解析。ToolUniverse 連携: arrayexpress。

scientific-crossref-metadata

CrossRef メタデータスキル。CrossRef REST API による DOI 解決・論文メタデータ・引用数・ジャーナル情報・ 助成金情報検索。ToolUniverse 連携: crossref。

scientific-gwas-catalog

GWAS カタログスキル。NHGRI-EBI GWAS Catalog REST API によるゲノム ワイド関連研究メタデータ・関連シグナル・形質・遺伝子座検索。 ToolUniverse 連携: gwas。

scientific-icgc-cancer-data

ICGC がんゲノムデータスキル。ICGC ARGO DCC API および レガシー API による国際がんゲノムデータ検索・ドナー/ 検体/変異解析。直接 API (ToolUniverse 非連携)。

scientific-pharmgkb-pgx

PharmGKB 薬理ゲノミクススキル。PharmGKB REST API による 臨床アノテーション・薬物遺伝子関連・投与量ガイドライン・ スターアレル解析。ToolUniverse 連携: pharmgkb。

scientific-semantic-scholar

Semantic Scholar 学術グラフスキル。Semantic Scholar Academic Graph API による論文検索・著者プロファイル・引用グラフ・ 推薦・TLDR 要約。ToolUniverse 連携: semantic_scholar。

scientific-encode-screen

ENCODE / ChIP-Atlas エピゲノムアトラススキル。ENCODE REST API 実験・ファイル・バイオサンプル検索、SCREEN cis 制御エレメント、 ChIP-Atlas エンリッチメント解析、エピゲノムアノテーション統合。 ToolUniverse 連携: encode, chipatlas。

scientific-environmental-geodata

環境地理空間データスキル。SoilGrids REST API による土壌特性 取得、WorldClim/CHELSA 気候データ、生物多様性-環境モデリング 統合。直接 REST API 連携 (TU 外)。

scientific-geo-expression

GEO (Gene Expression Omnibus) 発現プロファイルスキル。GEO REST API データセット検索・サンプル情報・発現マトリクス取得・バルク RNA-seq/マイクロアレイ差次的発現解析。ToolUniverse 連携: geo。

scientific-paleobiology

古生物学データベーススキル。Paleobiology Database (PBDB) REST API による化石産出記録・分類群・コレクション検索、地質年代 多様性曲線・古地理解析。ToolUniverse 連携: paleobiology。

scientific-parasite-genomics

寄生虫ゲノミクススキル。PlasmoDB/VectorBase/ToxoDB REST API による寄生虫ゲノム検索・遺伝子情報・薬剤標的同定・比較 ゲノミクス。直接 REST API 連携 (TU 外)。

scientific-marine-ecology

海洋生態学統合スキル。OBIS 海洋生物分布・WoRMS 海洋分類体系・ GBIF 生物多様性レコード・FishBase 魚類データ。ToolUniverse 連携: obis, worms, gbif。

scientific-rrna-taxonomy

rRNA リファレンス・分類学スキル。SILVA SSU/LSU rRNA データベース・ Greengenes2 系統分類・MGnify メタゲノム解析・QIIME2 分類器・ scikit-bio 配列解析・系統分類パイプライン。

scientific-ensembl-genomics

Ensembl REST API ゲノミクススキル。遺伝子ルックアップ・配列取得・ VEP (Variant Effect Predictor) バリアントアノテーション・ クロスリファレンス・制御要素・系統樹・相同性検索・分類学統合パイプライン。

scientific-expression-comparison

Expression Atlas / GTEx / HPA 統合発現比較スキル。EBI Expression Atlas ベースライン/差次的発現検索、実験アクセション取得、組織間・条件間 発現比較、マルチソース統合発現プロファイリングパイプライン。

scientific-biomedical-pubtator

バイオメディカルテキストマイニングスキル。PubTator3 API による 遺伝子・疾患・化合物・変異・種のエンティティ認識、関係抽出、 バイオメディカル文献アノテーション自動化パイプライン。

scientific-ebi-databases

EBI データベース群統合アクセススキル。EBI Search 横断検索、ENA Browser ヌクレオチドアーカイブ、BioStudies 研究データ、dbfetch エントリ取得、 MetaboLights メタボロミクスリポジトリの統合パイプライン。

scientific-ontology-enrichment

オントロジー・エンリッチメント解析スキル。EFO 実験ファクターオントロジー、 OLS オントロジー検索サービス、Enrichr 遺伝子セット濃縮解析、 UMLS メタシソーラス統一医学言語体系の統合パイプライン。

scientific-preprint-archive

プレプリント・オープンアクセスアーカイブ検索スキル。bioRxiv/medRxiv プレプリント検索、arXiv 論文取得、PMC フルテキスト、DOAJ OA ジャーナル、 Unpaywall OA リンク、CORE/HAL/Zenodo/OpenAIRE/OSF/Fatcat/DBLP 統合文献アクセスパイプライン。

scientific-regulatory-genomics

レギュラトリーゲノミクススキル。RegulomeDB バリアント制御機能スコア、 ReMap 転写因子結合マッピング、4D Nucleome (4DN) 三次元ゲノム構造 解析の統合パイプライン。

scientific-genome-sequence-tools

ゲノム配列解析総合スキル。Ensembl ゲノムブラウザ、dbSNP 変異データ、 BLAST 相同性検索、NCBI Nucleotide 配列取得、GDC がんゲノミクスデータの 統合パイプライン。