start-my-day

name	start-my-day
description	论文阅读工作流启动 - 生成今日论文推荐笔记 / Paper reading workflow starter - Generate daily paper recommendations

Language Setting / 语言设置

This skill supports both Chinese and English reports. The language is determined by the language field in your config file:

• Chinese (default): Set language: "zh" in config
• English: Set language: "en" in config

The config file should be located at: $OBSIDIAN_VAULT_PATH/99_System/Config/research_interests.yaml

Language Detection

At the start of execution, read the config file to detect the language setting:

# Resolve OBSIDIAN_VAULT_PATH if not set in the current session
# Claude Code bash sessions do not source ~/.zshrc automatically
if [ -z "$OBSIDIAN_VAULT_PATH" ]; then
    [ -f "$HOME/.zshrc" ] && source "$HOME/.zshrc" 2>/dev/null || true
    [ -f "$HOME/.bash_profile" ] && source "$HOME/.bash_profile" 2>/dev/null || true
fi

# Resolve Python from paper conda environment
# Read conda_env from config; default to "paper"
CONDA_ENV=$(grep -E "^\s+conda_env:" "$OBSIDIAN_VAULT_PATH/99_System/Config/research_interests.yaml" | awk '{print $2}' | tr -d '"')
if [ -z "$CONDA_ENV" ]; then CONDA_ENV="paper"; fi
PYTHON="$HOME/anaconda3/envs/$CONDA_ENV/bin/python"
if [ ! -f "$PYTHON" ]; then
    echo "Warning: conda env '$CONDA_ENV' not found, falling back to system python"
    PYTHON="python"
fi

# Read language from config
LANGUAGE=$(grep -E "^\s*language:" "$OBSIDIAN_VAULT_PATH/99_System/Config/research_interests.yaml" | awk '{print $2}' | tr -d '"')

# Default to Chinese if not set
if [ -z "$LANGUAGE" ]; then
    LANGUAGE="zh"
fi

# Set note filename suffix based on language
if [ "$LANGUAGE" = "en" ]; then
    NOTE_SUFFIX="paper-recommendations"
else
    NOTE_SUFFIX="论文推荐"
fi

Then use this language setting throughout the workflow:

• When generating notes, pass --language $LANGUAGE to scripts
• Use appropriate section headers in the generated notes

---

目标

帮助用户开启他们的研究日，搜索最近一个月和最近一年的极火、极热门、极优质论文，生成推荐笔记。

搜索策略

核心原则：Semantic Scholar 为主 + CNKI 为辅 + arXiv 补充，确保论文与研究领域高度相关。

搜索源优先级：

1. Semantic Scholar（主）：按领域查询模板精准搜索，覆盖面广、引用数据丰富
2. CNKI（辅）：中文期刊论文，需 chrome-devtools MCP 支持
3. arXiv（补）：关键词搜索（非分类搜索），补充预印本论文

配置文件 research_interests.yaml 中的 search_strategy 字段控制搜索行为：

• order: 搜索源优先级
• s2_queries: 每个领域的 S2 查询模板
• arxiv_search_mode: arXiv 搜索模式（keyword 或 category）

工作流程

工作流程概述

本 skill 使用 Python 脚本调用 Semantic Scholar API（主）和 arXiv API（补）搜索论文，解析结果并根据研究兴趣进行筛选和评分。CNKI 搜索通过 chrome-devtools MCP 执行。

步骤1：收集上下文（静默）

1. 获取今日日期

   • 确定当前日期（YYYY-MM-DD格式）

2. 读取研究配置

   • 读取 $OBSIDIAN_VAULT_PATH/99_System/Config/research_interests.yaml（注意：文件名是 interests 不是 interest）获取研究领域
   • 提取：关键词、类别和优先级

3. 扫描现有笔记构建索引

   • 扫描 论文笔记/ 目录下的所有 .md 文件
   • 提取笔记标题（从文件名和frontmatter的title字段）
   • 构建关键词到笔记路径的映射表，用于后续自动链接
   • 优先使用 frontmatter 中的 title 字段，其次使用文件名

步骤2：搜索论文

2.1 搜索策略

按配置文件中的 search_strategy.order 依次搜索：

1. Semantic Scholar（主）

   • 使用配置中 s2_queries 的领域查询模板
   • 每个领域多个查询，覆盖不同子方向
   • 搜索最近365天论文 + 过去730天高引用论文
   • 每个查询返回最多50篇论文

2. CNKI（辅） — 通过 chrome-devtools MCP 执行

   • 使用 cnki-search skill 搜索中文期刊
   • 搜索最近30天论文
   • 每日最多2篇中文论文
   • 必须匹配配置中的期刊列表

3. arXiv（补）

   • 使用领域关键词进行关键词搜索（非分类搜索）
   • 搜索最近30天论文
   • 仅补充 S2 未覆盖的预印本

2.2 执行搜索和筛选

使用 scripts/search_arxiv.py 脚本完成 S2 + arXiv 搜索、解析和筛选：

# 使用 Python 脚本搜索、解析和筛选论文
# 首先切换到 skill 目录，然后执行脚本
cd "$SKILL_DIR"
$PYTHON scripts/search_arxiv.py \
  --config "$OBSIDIAN_VAULT_PATH/99_System/Config/research_interests.yaml" \
  --output arxiv_filtered.json \
  --max-results 200 \
  --top-n 10 \
  --categories "physics.ao-ph,cs.AI,cs.LG,cs.CV" \
  --target-date "{目标日期}"

脚本功能：

1. Step 1: Semantic Scholar 领域查询（主）

   • 从配置读取 s2_queries 查询模板
   • 每个领域执行多个精准查询
   • 搜索最近365天 + 过去730天高引用论文
   • 按引用数排序，保留高影响力论文

2. Step 2: arXiv 关键词搜索（补充）

   • 从领域关键词提取英文关键词
   • 在 arXiv 中搜索最近30天论文
   • 仅补充 S2 未覆盖的预印本

3. Step 3: 合并、去重和评分

   • 合并 S2 和 arXiv 结果
   • 按标题和 arXiv ID 去重
   • 计算综合推荐评分（相关性40%、新近性20%、热门度30%、质量10%）
   • 按评分排序，保留前10篇

输出：

• arxiv_filtered.json - 筛选后的论文列表（JSON 格式）
• 每篇论文包含：
  • 论文ID、标题、作者、摘要
  • 发布日期、分类
  • 相关性评分、新近性评分、热门度评分、质量评分
  • 最终推荐评分、匹配的领域

步骤3：读取筛选结果

3.1 读取 JSON 结果

从 arxiv_filtered.json 中读取筛选和评分后的论文列表：

# 读取筛选结果
cat arxiv_filtered.json

结果包含：

• total_found: 搜索到的总论文数
• total_filtered: 筛选后的论文数
• top_papers: 前10篇高评分论文，每篇包含：
  • 论文ID、标题、作者、摘要
  • 发布日期、分类
  • 相关性评分、新近性评分、质量评分
  • 最终推荐评分、匹配的领域、匹配的关键词

3.2 评分说明

综合多个维度的评分：

推荐评分 =
  相关性评分: 40%
  新近性评分: 20%
  热门度评分: 30%
  质量评分: 10%

评分细则：

1. 相关性评分 (40%)

   • 与研究兴趣的匹配程度
   • 标题关键词匹配：每个+0.5分
   • 摘要关键词匹配：每个+0.3分
   • 类别匹配：+1.0分
   • 最高分：~3.0

2. 新近性评分 (20%)

   • 最近30天内：+3分
   • 30-90天内：+2分
   • 90-180天内：+1分
   • 180天以上：0分

3. 热门度评分 (30%)

   • （如果数据可用）引用数 > 100：+3分
   • 引用数 50-100：+2分
   • 引用数 < 50：+1分
   • 无引用数据：0分
   • 或者基于发布后的时间推断（最近7天内的热门新论文）：+2分

4. 质量评分 (10%)

   • 从摘要推断：显著创新：+3分
   • 明确方法：+2分
   • 一般性工作：+1分
   • 或者读取已有笔记的质量评分

最终推荐评分 = 相关性(40%) + 新近性(20%) + 热门度(30%) + 质量(10%)

步骤4：生成今日推荐笔记

4.1 读取筛选结果

从 arxiv_filtered.json 中读取筛选后的论文列表：

• 包含前 10 篇高评分论文
• 每篇论文包含完整信息：ID、标题、作者、摘要、评分、匹配领域

4.2 创建推荐笔记文件

1. 创建推荐笔记文件

   • 文件名（根据语言设置）：
     • 中文（language: "zh"）：Daily_paper/YYYY-MM-DD论文推荐.md
     • 英文（language: "en"）：Daily_paper/YYYY-MM-DD-paper-recommendations.md
   • 使用变量：Daily_paper/YYYY-MM-DD${NOTE_SUFFIX}.md（其中 NOTE_SUFFIX 在语言检测阶段已设置）
   • 必须包含属性：
     • keywords: 当天推荐论文的关键词（逗号分隔，从论文标题和摘要中提取）
     • tags: ["llm-generated", "daily-paper-recommend"]

2. 检查论文是否值得详细写

   • 很值得读的论文：推荐评分 >= 7.5 或特别推荐的论文
   • 一般推荐论文：其他论文

3. 检查论文是否已有笔记

   • 搜索 论文笔记/ 目录
   • 查找是否有该论文的详细笔记
   • 如果已有笔记：简略写，引用已有笔记
   • 如果无笔记：
     • 很值得读：在推荐笔记中写详细部分
     • 一般推荐：只写基本信息

4.2 推荐笔记结构

笔记文件结构如下：

---
keywords: [关键词1, 关键词2, ...]
tags: ["llm-generated", "daily-paper-recommend"]
---

[具体论文推荐列表...]

4.2.1 今日概览（放在论文列表之前）

在论文列表之前，添加一个概览部分，总结今日推荐论文的整体情况。

根据 $LANGUAGE 设置选择语言：

English (language: "en"):

## Today's Overview

Today's {paper_count} recommended papers focus on **{direction1}**, **{direction2}**, and **{direction3}**.

- **Overall Trends**: {summary of research trends}
- **Quality Distribution**: Scores range from {min}-{max}, {quality assessment}.
- **Research Hotspots**:
  - **{hotspot1}**: {description}
  - **{hotspot2}**: {description}
  - **{hotspot3}**: {description}
- **Reading Suggestions**: {reading order recommendations}

Chinese (language: "zh"):

## 今日概览

今日推荐的{论文数量}篇论文主要聚焦于**{主要研究方向1}**、**{主要研究方向2}**和**{主要研究方向3}**等前沿方向。

- **总体趋势**：{总结今日论文的整体研究趋势}
- **质量分布**：今日推荐的论文评分在 {最低分}-{最高分} 之间，{整体质量评价}。
- **研究热点**：
  - **{热点1}**：{简要描述}
  - **{热点2}**：{简要描述}
  - **{热点3}**：{简要描述}
- **阅读建议**：{给出阅读顺序建议}

说明：

• 基于筛选出的前10篇论文的标题、摘要和评分进行总结
• 提取共同的研究主题和趋势
• 给出合理的阅读顺序建议

4.2.2 所有论文统一格式

所有论文按评分从高到低排列，使用统一格式

根据 $LANGUAGE 设置选择标签语言：

English (language: "en"):

### [[Note_Filename|Paper Title as Displayed]]
- **Authors**: [author list]
- **Affiliation**: [institution names, extracted from paper source or arXiv page]
- **Links**: [DOI](url)
- **Source**: [journal name]
- **Zotero**: --  ← fill with zotero://select/items/0_{key} after manual import
- **Note**: [[existing_note_path|short title]] or --

**One-line Summary**: [one sentence summarizing the core contribution]

**Core Contributions**:
- [contribution 1]
- [contribution 2]
- [contribution 3]

**Key Results**: [most important results from abstract]

---

Chinese (language: "zh"):

### [[Note_Filename|论文标题显示名]]
- **作者**：[作者列表]
- **机构**：[机构名称，从论文源码或 arXiv 页面提取]
- **链接**：[DOI](链接)
- **来源**：[期刊名]
- **Zotero**：--  ← 手动导入后填写 zotero://select/items/0_{key}
- **笔记**：[[已有笔记路径|简称]] 或 --

**一句话总结**：[一句话概括论文的核心贡献]

**核心贡献/观点**：
- [贡献点1]
- [贡献点2]
- [贡献点3]

**关键结果**：[从摘要中提取的最重要结果]

---

重要格式规则：

• Wikilink 必须使用 display alias：[[File_Name|Display Title]]，不要使用 bare [[File_Name]]（下划线会直接显示，影响阅读）
• 图片必须使用 Obsidian wikilink 嵌入语法：![[filename.png|600]]，禁止使用 ![alt](path%20encoded) 格式（URL 编码在 Obsidian 中不工作）
• 机构信息：从论文 TeX 源码的 \author 或 \affiliation 字段提取；若 arXiv API 未提供，从下载的源码包读取
• 不要使用 --- 作为"无数据"占位符：使用 -- 代替（三个短横线会被 Obsidian 解析为分隔线）

4.2.3 前三篇论文插入图片和调用详细分析

对于前3篇论文（评分最高的3篇）：

步骤0：检查论文是否已有笔记

# 在 论文笔记/ 目录中搜索已有笔记
# 搜索方式：
# 1. 按论文ID搜索（如 2602.23351）
# 2. 按论文标题搜索（模糊匹配）
# 3. 按论文标题关键词搜索

步骤1：根据检查结果决定处理方式

如果已有笔记：

• 不生成新的详细报告
• 使用已有笔记路径作为 wikilink
• 在推荐笔记的"详细报告"字段引用已有笔记
• 检查是否需要提取图片（如果没有 images 目录或 images 目录为空）
  • 如果需要图片：调用 extract-paper-images
  • 如果已有图片：使用现有图片

如果没有笔记：

• 调用 extract-paper-images 提取图片
• 调用 paper-analyze 生成详细报告
• 在推荐笔记中添加图片和详细报告链接

步骤2：在推荐笔记中插入图片和链接

如果已有笔记：

### [[已有论文名称]]
- **作者**：[作者列表]
- **机构**：[机构名称]
- **链接**：[DOI](链接)
- **来源**：[期刊名]
- **Zotero**：--  ← 用户手动导入后填写 zotero://select/items/0_{key}
- **笔记**：[[已有笔记路径|简称]]

**一句话总结**：[一句话概括论文的核心贡献]

![[existing_image_filename.png|600]]

**核心贡献/观点**：
...

如果没有笔记：

### [[Note_Filename|Paper Title Display Name]]
- **作者**：[作者列表]
- **机构**：[机构名称]
- **链接**：[DOI](链接)
- **来源**：[期刊名]
- **Zotero**：--  ← 用户手动导入后填写 zotero://select/items/0_{key}
- **笔记**：[[论文笔记/[domain]/[note_filename]|Short Title]] (自动生成)

**一句话总结**：[一句话概括论文的核心贡献]

![[paperID_fig1.png|600]]

**核心贡献/观点**：
...

注意：如果论文PDF无法下载（付费墙），则跳过图片插入，不显示 ![[...]] 行。

图片格式规则（重要！）：

• 必须使用 Obsidian wikilink 嵌入语法：![[filename.png|600]]
• 禁止使用 markdown 图片语法：![alt](path%20with%20encoding) — URL 编码（%20, %26）在 Obsidian 中不工作
• 图片文件名示例：2603.24124_fig1.png
• Obsidian 会自动在 vault 中搜索匹配的文件名，无需写完整路径

详细报告说明：

• 报告路径：论文笔记/[论文分类]/[note_filename].md
• 重要：使用 JSON 中的 note_filename 字段拼接 wikilink
• 必须使用 display alias：[[论文笔记/[domain]/[note_filename]|Short Title]]
  • 正确：[[论文笔记/大模型/Hypothesis-Conditioned_Query_Rewriting|Hypothesis-Conditioned Query Rewriting]]
  • 错误：[[论文笔记/大模型/Hypothesis-Conditioned_Query_Rewriting_for_Decision-Useful_Retrieval]]（下划线直接显示，不美观）
• 详细报告由 paper-analyze 自动生成

机构/Affiliation 提取：

• 从下载的 arXiv 源码包（.tar.gz）中的 .tex 文件提取 \author 和 \affiliation 字段
• 若源码不可用，从 arXiv 页面 HTML 提取
• 若仍无法获取，标记为 --（使用两个短横线，不要用三个 ---，因为 Obsidian 会将其解析为分隔线）

步骤5：自动链接关键词（可选）

在生成推荐笔记后，自动链接关键词到现有笔记：

# 步骤1：扫描现有笔记
cd "$SKILL_DIR"
$PYTHON scripts/scan_existing_notes.py \
  --vault "$OBSIDIAN_VAULT_PATH" \
  --output existing_notes_index.json

# 步骤2：生成推荐笔记（正常流程）
# ... 使用 search_arxiv.py 搜索论文 ...

# 步骤3：链接关键词（新增步骤）
$PYTHON scripts/link_keywords.py \
  --index existing_notes_index.json \
  --input "Daily_paper/YYYY-MM-DD${NOTE_SUFFIX}.md" \
  --output "Daily_paper/YYYY-MM-DD${NOTE_SUFFIX}_linked.md"

注意：

• 关键词链接脚本会自动跳过 frontmatter、标题行、代码块
• 过滤通用词（and, for, model, learning 等）
• 保留已有 wikilink 不被修改

重要规则

• 搜索策略：S2 为主 + CNKI 为辅 + arXiv 补充，确保论文高度相关
• 综合推荐评分：结合相关性、新近性、热门度、质量四个维度
• 文件名以日期：保持 Daily_paper/YYYY-MM-DD${NOTE_SUFFIX}.md 格式（中文：论文推荐，英文：paper-recommendations）
• 添加今日概览：在推荐笔记开头添加"## 今日概览"部分，总结今日论文的主要研究方向、总体趋势、质量分布、研究热点和阅读建议
• 按评分排序：所有论文按推荐评分从高到低排列
• 前3篇特殊处理：
  • 论文名称用 wikilink 格式：[[论文名字]]
  • 尝试下载PDF并提取图片（付费墙论文可能无法获取PDF，此时跳过图片）
  • 自动调用 paper-analyze 生成详细报告
  • 在"详细报告"字段显示 wikilink 关联
  • 在"Zotero"字段保留占位符 --，用户手动通过浏览器 Connector 导入后填写 zotero://select/items/0_{key}
• 其他论文：只写基本信息，不插入图片
• 保持快速：让用户快速了解当日推荐
• 避免重复：检查已推荐论文
• 自动关键词链接：
  • 在生成推荐笔记后，自动扫描现有笔记
  • 将文本中的关键词（如 BLIP、CLIP 等）替换为 wikilink
  • 示例：BLIP → [[BLIP]]
  • 保留已有 wikilink 不被修改
  • 不替换代码块中的内容
  • 不替换已存在 wikilink 的内容（避免重复）

与其他 skills 的区别

start-my-day (本skill)

• 目的：从大范围搜索中筛选推荐论文，生成每日推荐笔记
• 搜索范围：近一个月 + 近一年热门/优质论文
• 内容：推荐列表
  • 开头包含"今日概览"：总结主要研究方向、总体趋势、质量分布、研究热点和阅读建议
  • 所有论文统一格式
  • 前3篇特殊处理：
    • 论文名称用 wikilink 格式：[[论文名字]]
    • 自动提取第一张图片并插入
    • 自动调用 paper-analyze 生成详细报告
    • 在"详细报告"字段显示 wikilink 关联
• 图片处理：前3篇自动提取并插入第一张图片；不包含所有论文的图
• 详细报告：前3篇自动生成，其他论文不生成
• 适用：用户每天手动触发
• 笔记引用：如果论文已有笔记，简略写并引用；如果分析需要引用历史笔记，也直接引用

paper-analyze (深度分析skill)

• 目的：用户主动查看单篇论文，深度研究
• 适用场景：用户自己还想要看，但AI没有整理到的论文
• 内容：详细的论文深度分析笔记
  • 包含所有核心信息：研究问题、方法概述、方法架构、关键创新、实验结果、深度分析、相关论文对比等
  • 图文并茂：论文中的所有图片都要用上（核心架构图、方法图、实验结果图等）
• 适用：用户主动调用 /paper-analyze [论文ID] 或论文标题
• 重要要求：无论是start-my-day整理的论文，还是用户主动查看的论文，都要图文并茂

使用说明

当用户输入 "start my day" 时，按以下步骤执行：

日期参数支持：

• 无参数：生成当天的论文推荐笔记
• 有参数（YYYY-MM-DD）：生成指定日期的论文推荐笔记
  • 例如：/start-my-day 2026-02-27

自动执行流程

1. 获取目标日期

   • 无参数：使用当前日期（YYYY-MM-DD格式）
   • 有参数：使用指定日期

2. 扫描现有笔记构建索引

   # 扫描 vault 中现有的论文笔记
   cd "$SKILL_DIR"
   $PYTHON scripts/scan_existing_notes.py \
     --vault "$OBSIDIAN_VAULT_PATH" \
     --output existing_notes_index.json
   

   • 扫描 论文笔记/ 目录
   • 提取笔记标题和 tags
   • 构建关键词到笔记路径的映射表

3. 搜索和筛选论文（S2 为主 + arXiv 补充）

   # 使用 Python 脚本搜索、解析和筛选论文
   # 首先切换到 skill 目录，然后执行脚本
   # 如果有目标日期参数（如 2026-02-21），传递给 --target-date
   cd "$SKILL_DIR"
   $PYTHON scripts/search_arxiv.py \
     --config "$OBSIDIAN_VAULT_PATH/99_System/Config/research_interests.yaml" \
     --output arxiv_filtered.json \
     --max-results 200 \
     --top-n 10 \
     --categories "physics.ao-ph,cs.AI,cs.LG,cs.CV" \
     --target-date "{目标日期}"  # 如果用户指定了日期，替换为实际日期
   

4. CNKI 搜索中文论文（辅）

   • 使用 cnki-search skill 搜索中文期刊
   • 搜索关键词从研究领域配置中提取
   • 每日最多2篇中文论文
   • 需 chrome-devtools MCP 支持

5. 读取筛选结果

   • 从 arxiv_filtered.json 中读取筛选结果
   • 获取前 10 篇高评分论文（S2 + arXiv 合并结果）
   • 每篇论文包含：ID、标题、作者、摘要、评分、匹配领域、来源（S2/arXiv）

6. 前3篇论文导入 Zotero（已移除）

   • 用户手动通过浏览器 Zotero Connector 插件导入，笔记中保留 Zotero: -- 占位符供用户填写

7. 生成推荐笔记（包含关键词链接）

   • 创建 Daily_paper/YYYY-MM-DD${NOTE_SUFFIX}.md（使用目标日期，NOTE_SUFFIX 依语言设置）
   • 按评分排序：所有论文按推荐评分从高到低排列
   • 前3篇特殊处理：
     • 论文名称用 wikilink 格式：[[论文名字]]
     • 尝试下载PDF提取图片（付费墙论文可能无法获取PDF，此时跳过图片）
     • 在"一句话总结"后插入提取的图片（如有）
     • 在"笔记"字段显示 wikilink 关联
     • 在"Zotero"字段保留占位符 --，用户手动导入后填写
   • 其他论文：只写基本信息，不插入图片
   • 关键词自动链接（重要！）：
     • 在生成笔记后，扫描文本中的关键词
     • 使用 existing_notes_index.json 进行匹配
     • 将关键词替换为 wikilink，如 BLIP → [[BLIP]]
     • 保留已有 wikilink 不被修改
     • 不替换代码块中的内容

8. 对前三篇论文执行深度分析

   • 如果已有笔记：
     • 不重复生成详细报告
     • 使用已有笔记路径作为 wikilink
     • 检查是否需要提取图片（如果没有 images 目录或 images 目录为空）
     • 在推荐笔记的"笔记"字段引用已有笔记
   • 如果没有笔记：
     • 尝试下载PDF并提取图片（付费墙论文可能无法获取PDF）
     • 如果PDF可用：提取图片保存到 vault 的 images 目录，在详细分析笔记中插入图片
     • 如果PDF不可用：跳过图片，仅基于摘要生成详细分析笔记
     • 生成详细的论文分析报告
     • 在推荐笔记中添加图片（如有）和详细报告链接

临时文件清理

• 搜索过程产生的临时 XML 和 JSON 文件可以清理
• 推荐笔记已保存到 vault 后，临时文件不再需要

依赖项

• Python 3.x（用于运行搜索和筛选脚本）
• PyYAML（用于读取研究兴趣配置文件）
• 网络连接（访问 Semantic Scholar API + arXiv API）
• chrome-devtools MCP（用于 CNKI 搜索，可选）
• 论文笔记/ 目录（用于扫描现有笔记和保存详细报告）
• extract-paper-images skill（用于提取论文图片，仅当PDF可下载时）
• paper-analyze skill（用于生成详细报告）
• cnki-search skill（用于搜索中文期刊论文）

脚本说明

search_arxiv.py

位于 scripts/search_arxiv.py，功能包括：

1. Step 1: Semantic Scholar 领域查询（主）：从配置读取查询模板，按领域精准搜索
2. Step 2: arXiv 关键词搜索（补充）：使用 arxiv_domain_queries 配置的 AND-logic 查询
3. Step 3: 合并CNKI结果（如有）：通过 --cnki-results 参数注入外部CNKI结果
4. Step 4: 合并去重评分：合并 S2 + arXiv + CNKI 结果，去重，计算综合评分
5. 输出 JSON：保存筛选后的结果到 arxiv_filtered.json

配置文件 research_interests.yaml 中的 search_strategy 字段控制搜索行为：

• s2_queries: 每个领域的 S2 查询模板（如 "marine heatwave fishery impact"）
• s2_recent_days: S2 近期窗口天数（默认30天）
• s2_mid_days: S2 中期窗口天数（默认365天）
• s2_hot_days: S2 高引用窗口天数（默认730天）
• arxiv_domain_queries: 每个领域的 arXiv AND-logic 查询（如 "marine heatwave AND fishery"）
• arxiv_search_mode: arXiv 搜索模式（keyword 或 category）

评分规则：

• 近期窗口（s2_window=='recent'）论文加分 +0.5
• 纯 CS 论文（fieldsOfStudy 仅含 Computer Science）降权 -0.5

scan_existing_notes.py

位于 scripts/scan_existing_notes.py，功能包括：

1. 扫描笔记目录：扫描 论文笔记/ 下所有 .md 文件
2. 提取笔记信息：
   • 文件路径
   • 文件名
   • frontmatter 中的 title 字段
   • tags 字段
3. 构建索引：创建关键词到笔记路径的映射表
4. 输出 JSON：保存索引到 existing_notes_index.json

使用方法：

cd "$SKILL_DIR"
$PYTHON scripts/scan_existing_notes.py \
  --vault "$OBSIDIAN_VAULT_PATH" \
  --output existing_notes_index.json

输出格式：

{
  "notes": [
    {
      "path": "论文笔记/多模态技术/BLIP_Bootstrapping-Language-Image-Pre-training.md",
      "filename": "BLIP_Bootstrapping-Language-Image-Pre-training.md",
      "title": "BLIP: Bootstrapping Language-Image Pre-training for Unified Vision-Language Understanding and Generation",
      "title_keywords": ["BLIP", "Bootstrapping", "Language-Image", "Pre-training", "Unified", "Vision-Language", "Understanding", "Generation"],
      "tags": ["Vision-Language-Pre-training", "Multimodal-Encoder-Decoder", "Bootstrapping", "Image-Captioning", "Image-Text-Retrieval", "VQA"]
    }
  ],
  "keyword_to_notes": {
    "blip": ["论文笔记/多模态技术/BLIP_Bootstrapping-Language-Image-Pre-training.md"],
    "bootstrapping": ["论文笔记/多模态技术/BLIP_Bootstrapping-Language-Image-Pre-training.md"],
    "vision-language": ["论文笔记/多模态技术/BLIP_Bootstrapping-Language-Image-Pre-training.md"]
  }
}

link_keywords.py

位于 scripts/link_keywords.py，功能包括：

1. 读取文本：读取需要处理的文本内容
2. 读取笔记索引：从 existing_notes_index.json 加载笔记映射
3. 替换关键词：在文本中查找关键词，替换为wikilink
   • 不替换已存在的 wikilink（如 [[BLIP]]）
   • 不替换代码块中的内容
   • 匹配规则：
     • 优先匹配完整的标题关键词
     • 其次匹配 tags 中的关键词
     • 匹配时忽略大小写
     • 过滤通用词（and, for, model, learning 等）
     • 跳过 frontmatter 和标题行
4. 输出结果：输出处理后的文本

使用方法：

# 首先切换到 skill 目录，然后执行脚本
cd "$SKILL_DIR"
$PYTHON scripts/link_keywords.py \
  --index existing_notes_index.json \
  --input "input.txt" \
  --output "output.txt"

匹配示例：

原始文本：
"这篇论文使用了BLIP和CLIP作为基线方法。"

处理后：
"这篇论文使用了[[BLIP]]和[[CLIP]]作为基线方法。"

使用方法：

# 步骤1：扫描现有笔记
cd "$SKILL_DIR"
$PYTHON scripts/scan_existing_notes.py \
  --vault "$OBSIDIAN_VAULT_PATH" \
  --output existing_notes_index.json

# 步骤2：生成推荐笔记（正常流程）
# ... 使用 search_arxiv.py 搜索论文 ...

# 步骤3：链接关键词（新增步骤）
$PYTHON scripts/link_keywords.py \
  --index existing_notes_index.json \
  --input "Daily_paper/YYYY-MM-DD${NOTE_SUFFIX}.md" \
  --output "Daily_paper/YYYY-MM-DD${NOTE_SUFFIX}_linked.md"

关键特性：

• 智能匹配：忽略大小写匹配中文环境
• 保护已有链接：不替换已存在的wikilink
• 避免代码污染：不替换代码块和行内代码中的内容
• 路径编码：使用UTF-8编码确保中文路径正确
• 跳过敏感区域：不处理 frontmatter、标题行、代码块

zotero_import.py（已弃用）

此脚本已不再自动调用。用户通过浏览器 Zotero Connector 插件手动导入论文，笔记中保留 Zotero: -- 占位符供用户填写 zotero://select/items/0_{key}。

关键词链接实现（新增！）

功能概述： 在生成每日推荐笔记后，自动扫描现有笔记，将文本中的关键词（如BLIP、CLIP等）替换为wikilink（如[[BLIP]]）。

实现流程：

1. 扫描现有笔记：扫描 论文笔记/ 目录

   • 提取笔记的frontmatter（title、tags）
   • 从标题中提取关键词（按分隔符和常见词缀）
   • 从tags中提取关键词（按连字符分割）
   • 构建关键词到笔记路径的映射表

2. 生成推荐笔记：正常生成推荐笔记内容

3. 链接关键词：处理生成的笔记

   • 找到文本中的关键词
   • 用wikilink替换找到的关键词
   • 保留已有wikilink
   • 不替换代码块和行内代码中的内容

使用方法：

# 步骤1：扫描现有笔记
cd "$SKILL_DIR"
$PYTHON scripts/scan_existing_notes.py \
  --vault "$OBSIDIAN_VAULT_PATH" \
  --output existing_notes_index.json

# 步骤2：生成推荐笔记（正常流程）
# ... 使用 search_arxiv.py 搜索论文 ...

# 步骤3：链接关键词（新增步骤）
$PYTHON scripts/link_keywords.py \
  --index existing_notes_index.json \
  --input "Daily_paper/YYYY-MM-DD${NOTE_SUFFIX}.md" \
  --output "Daily_paper/YYYY-MM-DD${NOTE_SUFFIX}_linked.md"

关键特性：

• 智能匹配：忽略大小写匹配中文环境
• 保护已有链接：不替换已存在的wikilink
• 避免代码污染：不替换代码块和行内代码中的内容
• 路径编码：使用UTF-8编码确保中文路径正确