genetic-counseling-report

Genetic Counseling Variant Report - Generate variant report for genetic counseling: VEP, ClinVar, gene phenotype, and literature evidence. Use this skill for clinical genetics tasks involving get vep hgvs clinvar search get phenotype gene pubmed search. Combines 4 tools from 2 SCP server(s).

インストールへ移動

リポジトリ: SpectrAI-Initiative/InnoClaw
ソースの最終更新活動: 2026年4月1日 17:03
検出された SKILL.md の言語: 英語
スター: 390
フォーク: 28

インストール方法

デフォルトでは、最初にソースを確認する Prompt が選択されています。直接コマンドに切り替えるか、ローカルコピーをダウンロードすることもできます。

Codex または Claude でインストールこの Prompt をコピーして Codex、Claude、または他のアシスタントに貼り付けると、Skill ページを確認してインストールできます。

直接コマンドでは確認用 Prompt が省略されます。実行前にソースを確認してください。

npx skills add https://github.com/SpectrAI-Initiative/InnoClaw --skill genetic-counseling-report

コマンドは1行のまま表示されます。コピー前に横へスクロールして全体を確認してください。

ローカルで確認しますか？SkillsMP が現在取得できるファイルをダウンロードできます。

ソースファイルを確認

インストールを決める前に、SKILL.md と SkillsMP に表示されている付属ファイルをお読みください。

SKILL.md

ソースの指示 · 読み取り専用プレビュー

検索に戻るインストールに戻る

innoclaw-cli

Use the local InnoClaw CLI to run app workflows and Deep Research sessions from the terminal. Trigger when the user wants command-line control over this repository instead of only using the web UI.

2026-06-26

paper-discussion-full

Use when the user wants the full multi-stage paper discussion workflow, a comprehensive structured discussion of one paper, or an equivalent full-discussion request in another language.

2026-04-14

paper-q-a

Use when the user wants question-driven help on one paper, including paper understanding, follow-up questions, method or experiment clarification, limitation analysis, or comparison against related work in any language.

2026-04-14

このリポジトリのすべてを見る

name	genetic_counseling_report
description	Genetic Counseling Variant Report - Generate variant report for genetic counseling: VEP, ClinVar, gene phenotype, and literature evidence. Use this skill for clinical genetics tasks involving get vep hgvs clinvar search get phenotype gene pubmed search. Combines 4 tools from 2 SCP server(s).

Genetic Counseling Variant Report

Discipline: Clinical Genetics | Tools Used: 4 | Servers: 2

Description

Generate variant report for genetic counseling: VEP, ClinVar, gene phenotype, and literature evidence.

Tools Used

get_vep_hgvs from ensembl-server (streamable-http) - https://scp.intern-ai.org.cn/api/v1/mcp/12/Origene-Ensembl
clinvar_search from search-server (streamable-http) - https://scp.intern-ai.org.cn/api/v1/mcp/7/Origene-Search
get_phenotype_gene from ensembl-server (streamable-http) - https://scp.intern-ai.org.cn/api/v1/mcp/12/Origene-Ensembl
pubmed_search from search-server (streamable-http) - https://scp.intern-ai.org.cn/api/v1/mcp/7/Origene-Search

Workflow

Predict variant effect with VEP
Search ClinVar significance
Get gene-phenotype associations
Search PubMed for clinical evidence

Test Case

Input

{
    "hgvs":

import asyncio import json from contextlib import AsyncExitStack from mcp import ClientSession from mcp.client.streamable_http import streamablehttp_client from mcp.client.sse import sse_client SERVERS = { "ensembl-server": "https://scp.intern-ai.org.cn/api/v1/mcp/12/Origene-Ensembl", "search-server": "https://scp.intern-ai.org.cn/api/v1/mcp/7/Origene-Search" } async def connect(url, stack): transport = streamablehttp_client(url=url, headers={"SCP-HUB-API-KEY": "sk-b04409a1-b32b-4511-9aeb-22980abdc05c"}) read, write, _ = await stack.enter_async_context(transport) ctx = ClientSession(read, write) session = await stack.enter_async_context(ctx) await session.initialize() return session def parse(result): try: if hasattr(result, 'content') and result.content: c = result.content[0] if hasattr(c, 'text'): try: return json.loads(c.text) except: return c.text return str(result) except: return str(result) async def main(): async with AsyncExitStack() as stack: # Connect to required servers sessions = {} sessions["ensembl-server"] = await connect("https://scp.intern-ai.org.cn/api/v1/mcp/12/Origene-Ensembl", stack) sessions["search-server"] = await connect("https://scp.intern-ai.org.cn/api/v1/mcp/7/Origene-Search", stack) # Execute workflow steps # Step 1: Predict variant effect with VEP result_1 = await sessions["ensembl-server"].call_tool("get_vep_hgvs", arguments={}) data_1 = parse(result_1) print(f"Step 1 result: {json.dumps(data_1, indent=2, ensure_ascii=False)[:500]}") # Step 2: Search ClinVar significance result_2 = await sessions["search-server"].call_tool("clinvar_search", arguments={}) data_2 = parse(result_2) print(f"Step 2 result: {json.dumps(data_2, indent=2, ensure_ascii=False)[:500]}") # Step 3: Get gene-phenotype associations result_3 = await sessions["ensembl-server"].call_tool("get_phenotype_gene", arguments={}) data_3 = parse(result_3) print(f"Step 3 result: {json.dumps(data_3, indent=2, ensure_ascii=False)[:500]}") # Step 4: Search PubMed for clinical evidence result_4 = await sessions["search-server"].call_tool("pubmed_search", arguments={}) data_4 = parse(result_4) print(f"Step 4 result: {json.dumps(data_4, indent=2, ensure_ascii=False)[:500]}") # Cleanup print("Workflow complete!") if __name__ == "__main__": asyncio.run(main())

genetic-counseling-report

インストール方法

ソースファイルを確認

Genetic Counseling Variant Report

Description

Tools Used

Workflow

Test Case

Input

Genetic Counseling Variant Report

Description

Tools Used

Workflow

Test Case

Input

Expected Steps

Usage Example

genetic-counseling-report

ソース情報

インストール方法

ソースファイルを確認

このリポジトリの他の Skills

Genetic Counseling Variant Report

Description

Tools Used

Workflow

Test Case

Input

このリポジトリの他の Skills

Genetic Counseling Variant Report

Description

Tools Used

Workflow

Test Case

Input

Expected Steps

Usage Example