population-genetics

Population Genetics Analysis - Analyze population genetics: Ensembl variation populations, linkage disequilibrium, and variant frequency data. Use this skill for population genetics tasks involving get info variation populations get ld get variation get variant recoder. Combines 4 tools from 1 SCP server(s).

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リポジトリ: SpectrAI-Initiative/InnoClaw
ソースの最終更新活動: 2026年4月1日 17:03
検出された SKILL.md の言語: 英語
スター: 390
フォーク: 28

インストール方法

デフォルトでは、最初にソースを確認する Prompt が選択されています。直接コマンドに切り替えるか、ローカルコピーをダウンロードすることもできます。

Codex または Claude でインストールこの Prompt をコピーして Codex、Claude、または他のアシスタントに貼り付けると、Skill ページを確認してインストールできます。

直接コマンドでは確認用 Prompt が省略されます。実行前にソースを確認してください。

npx skills add https://github.com/SpectrAI-Initiative/InnoClaw --skill population-genetics

コマンドは1行のまま表示されます。コピー前に横へスクロールして全体を確認してください。

ローカルで確認しますか？SkillsMP が現在取得できるファイルをダウンロードできます。

ソースファイルを確認

インストールを決める前に、SKILL.md と SkillsMP に表示されている付属ファイルをお読みください。

SKILL.md

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name	population_genetics
description	Population Genetics Analysis - Analyze population genetics: Ensembl variation populations, linkage disequilibrium, and variant frequency data. Use this skill for population genetics tasks involving get info variation populations get ld get variation get variant recoder. Combines 4 tools from 1 SCP server(s).

Population Genetics Analysis

Discipline: Population Genetics | Tools Used: 4 | Servers: 1

Description

Analyze population genetics: Ensembl variation populations, linkage disequilibrium, and variant frequency data.

Tools Used

get_info_variation_populations from ensembl-server (streamable-http) - https://scp.intern-ai.org.cn/api/v1/mcp/12/Origene-Ensembl
get_ld from ensembl-server (streamable-http) - https://scp.intern-ai.org.cn/api/v1/mcp/12/Origene-Ensembl
get_variation from ensembl-server (streamable-http) - https://scp.intern-ai.org.cn/api/v1/mcp/12/Origene-Ensembl
get_variant_recoder from ensembl-server (streamable-http) - https://scp.intern-ai.org.cn/api/v1/mcp/12/Origene-Ensembl

Workflow

Get variation populations
Calculate LD for variant
Get variant details
Recode variant identifiers

Test Case

Input

{
    "variant_id":

import asyncio import json from contextlib import AsyncExitStack from mcp import ClientSession from mcp.client.streamable_http import streamablehttp_client from mcp.client.sse import sse_client SERVERS = { "ensembl-server": "https://scp.intern-ai.org.cn/api/v1/mcp/12/Origene-Ensembl" } async def connect(url, stack): transport = streamablehttp_client(url=url, headers={"SCP-HUB-API-KEY": "sk-b04409a1-b32b-4511-9aeb-22980abdc05c"}) read, write, _ = await stack.enter_async_context(transport) ctx = ClientSession(read, write) session = await stack.enter_async_context(ctx) await session.initialize() return session def parse(result): try: if hasattr(result, 'content') and result.content: c = result.content[0] if hasattr(c, 'text'): try: return json.loads(c.text) except: return c.text return str(result) except: return str(result) async def main(): async with AsyncExitStack() as stack: # Connect to required servers sessions = {} sessions["ensembl-server"] = await connect("https://scp.intern-ai.org.cn/api/v1/mcp/12/Origene-Ensembl", stack) # Execute workflow steps # Step 1: Get variation populations result_1 = await sessions["ensembl-server"].call_tool("get_info_variation_populations", arguments={}) data_1 = parse(result_1) print(f"Step 1 result: {json.dumps(data_1, indent=2, ensure_ascii=False)[:500]}") # Step 2: Calculate LD for variant result_2 = await sessions["ensembl-server"].call_tool("get_ld", arguments={}) data_2 = parse(result_2) print(f"Step 2 result: {json.dumps(data_2, indent=2, ensure_ascii=False)[:500]}") # Step 3: Get variant details result_3 = await sessions["ensembl-server"].call_tool("get_variation", arguments={}) data_3 = parse(result_3) print(f"Step 3 result: {json.dumps(data_3, indent=2, ensure_ascii=False)[:500]}") # Step 4: Recode variant identifiers result_4 = await sessions["ensembl-server"].call_tool("get_variant_recoder", arguments={}) data_4 = parse(result_4) print(f"Step 4 result: {json.dumps(data_4, indent=2, ensure_ascii=False)[:500]}") # Cleanup print("Workflow complete!") if __name__ == "__main__": asyncio.run(main())

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