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Pipeline persistence — save, load, and reuse structured search plans. Triggers: pipeline, 管道, search plan, 搜尋計畫, 重複搜尋, saved search, 排程, schedule, workflow, DAG
デフォルトでは、最初にソースを確認する Prompt が選択されています。直接コマンドに切り替えるか、ローカルコピーをダウンロードすることもできます。
インストールを決める前に、SKILL.md と SkillsMP に表示されている付属ファイルをお読みください。
Codex または Claude でインストール この Prompt をコピーして Codex、Claude、または他のアシスタントに貼り付けると、Skill ページを確認してインストールできます。
直接コマンドでは確認用 Prompt が省略されます。実行前にソースを確認してください。
npx skills add https://github.com/u9401066/med-paper-assistant --skill pipeline-persistenceコマンドは1行のまま表示されます。コピー前に横へスクロールして全体を確認してください。
ローカルで確認しますか？SkillsMP が現在取得できるファイルをダウンロードできます。
SOC 職業分類に基づく
SKILL.md を表示中
| name | pipeline-persistence |
| description | Pipeline persistence — save, load, and reuse structured search plans. Triggers: pipeline, 管道, search plan, 搜尋計畫, 重複搜尋, saved search, 排程, schedule, workflow, DAG |
將複雜的搜尋流程保存為可重複使用的 Pipeline YAML 配置。支援：
# 保存一個 PICO 模板 pipeline
save_pipeline(
name="icu_remimazolam_vs_propofol",
config="""
template: pico
params:
P: ICU patients requiring sedation
I: remimazolam
C: propofol
O: delirium incidence, sedation quality
""",
tags="anesthesia,sedation,ICU",
description="Weekly monitoring: remimazolam vs propofol ICU sedation"
)
# 執行已保存的 pipeline
unified_search(pipeline="saved:icu_remimazolam_vs_propofol")
save_pipeline(
name="brca1_comprehensive",
config="""
steps:
- id: expand
action: expand
params:
topic: BRCA1 breast cancer
- id: pubmed
action: search
params:
query: BRCA1 breast cancer
sources: pubmed
limit: 50
- id: expanded
action: search
inputs: [expand]
params:
strategy: mesh
sources: pubmed,openalex
limit: 50
- id: merged
action: merge
inputs: [pubmed, expanded]
params:
method: rrf
- id: enriched
action: metrics
inputs: [merged]
output:
format: markdown
limit: 30
ranking: quality
""",
tags="genetics,oncology",
description="BRCA1 breast cancer comprehensive search with MeSH expansion"
)
save_pipeline(
name="weekly_remimazolam", # 唯一名稱 (英數 + _ -, max 64)
config="<YAML or JSON>", # Pipeline 配置
tags="tag1,tag2", # 逗號分隔標籤
description="...", # 人類可讀描述
scope="auto" # "workspace" | "global" | "auto"
)
自動修正範例：
action: "find" → 自動修正為 action: "search"（別名解析）action: "serach" → 自動修正為 action: "search"（模糊匹配）step_1, step_2...s1 → s1_2list_pipelines() # 列出所有
list_pipelines(tag="ICU") # 按標籤過濾
list_pipelines(scope="workspace") # 只看工作區
load_pipeline(source="weekly_remimazolam") # 從已保存
load_pipeline(source="file:path/to/pipeline.yaml") # 從檔案
delete_pipeline(name="old_search") # 刪除配置 + 歷史
get_pipeline_history(name="weekly_remimazolam", limit=5)
# 顯示：日期、文章數、新增/移除文章、狀態
schedule_pipeline(name="weekly_remimazolam", cron="0 9 * * 1")
# ⚠️ 目前返回使用說明，建議手動執行或使用 OS 排程
template: pico
params:
P: ICU patients requiring sedation
I: remimazolam
C: propofol
O: delirium incidence
sources: pubmed # 可選，預設 pubmed
limit: 20 # 可選
自動產生的 DAG：
pico → search_p ──┐
→ search_i ──┤
→ search_c ──┼→ merged → enriched
template: comprehensive
params:
query: CRISPR gene therapy safety
sources: pubmed,openalex,europe_pmc # 可選
limit: 30 # 可選
min_year: 2020 # 可選
自動產生的 DAG：
expand → search_expanded ──┐
search_original ──┼→ merged → enriched
template: exploration
params:
pmid: "33475315"
limit: 20 # 每個方向的限制
自動產生的 DAG：
related ──┐
citing ──┼→ merged → enriched
refs ──┘
template: gene_drug
params:
term: BRCA1
sources: pubmed,openalex # 可選
limit: 20 # 可選
min_year: 2020 # 可選
| Action | 說明 | 主要參數 |
|---|---|---|
search | 文獻搜尋 | query, sources, limit, min_year, max_year |
pico | Agent-provided PICO handoff search | P, I, optional C, recommended O |
expand | MeSH/同義詞擴展 | topic |
details | 取得文章詳情 | pmids |
related | 相關文章 | pmid, limit |
citing | 引用文章 | pmid, limit |
references | 參考文獻 | pmid, limit |
metrics | iCite 引用指標 | （從 inputs 取得） |
merge | 合併結果 | method: union / intersection / rrf |
filter | 過濾結果 | min_year, max_year, article_types, min_citations, has_abstract |
Workspace scope (.pubmed-search/pipelines/)
├── 每個專案獨立
├── 可納入 git 追蹤
└── 團隊共享
Global scope (~/.pubmed-search-mcp/pipelines/)
├── 跨專案共用
├── 個人偏好
└── 通用模板
解析順序： workspace 優先 → global fallback
name: weekly_anesthesia_monitoring
steps:
- id: search_remimazolam
action: search
params:
query: remimazolam
sources: pubmed,europe_pmc
limit: 50
min_year: 2024
- id: search_dex
action: search
params:
query: dexmedetomidine ICU sedation
sources: pubmed
limit: 50
min_year: 2024
- id: merged
action: merge
inputs: [search_remimazolam, search_dex]
params:
method: union
- id: filtered
action: filter
inputs: [merged]
params:
has_abstract: true
article_types: "Journal Article,Clinical Trial,Randomized Controlled Trial"
[]
name: explore_landmark_paper
steps:
- id: seed_details
action: details
params:
pmids: "33475315"
- id: related
action: related
params:
pmid: "33475315"
limit: 30
- id: citing
action: citing
params:
pmid: "33475315"
limit: 30
- id: refs
action: references
params:
pmid: "33475315"
limit: 30
- id: merged
action: merge
inputs: [related, citing, refs]
params:
method: rrf
- id: enriched
action: metrics
[]
name: sglt2_heart_failure_review
steps:
- id: pico
action: pico
params:
P: Type 2 diabetes with heart failure
I: SGLT2 inhibitors
C: standard care
O: hospitalization, mortality
- id: mesh_expand
action: expand
params:
topic: SGLT2 inhibitors heart failure outcomes
- id: search_pico_p
action: search
inputs: [pico]
params:
element: P
sources: pubmed,europe_pmc
limit: 100
- id: search_pico_i
action: search
inputs: []
[]
[, , ]
[]
[]
Agent 在完成一次成功搜尋後，可以：
# 1. 回顧剛才的搜尋策略
# 2. 轉化為 Pipeline YAML
save_pipeline(
name="auto_from_session",
config="""
steps:
- id: main_search
action: search
params:
query: "<剛才的查詢>"
sources: pubmed,openalex
limit: 50
- id: enriched
action: metrics
inputs: [main_search]
output:
limit: 20
ranking: balanced
""",
description="Auto-generated from search session"
)
# 3. 下次直接重複
# unified_search(pipeline="saved:auto_from_session")
| 場景 | 推薦模板 | 說明 |
|---|---|---|
| 臨床問題 A vs B | pico | Agent 提供 P/I/C/O；後端執行含 O 的 precision/recall 搜尋 |
| 主題綜合搜尋 | comprehensive | 多源 + MeSH 擴展 |
| 已知重要論文 | exploration | 三方向探索（related/citing/refs） |
| 基因/藥物研究 | gene_drug | 詞彙擴展 + 多源 |
| 複雜工作流 | 自訂 DAG | 完全控制每個步驟 |