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Gene, compound, and variant research using search_gene, search_compound, and search_clinvar. Triggers: 基因, gene, 藥物, drug, compound, PubChem, ClinVar, 變異, variant, 臨床意義
デフォルトでは、最初にソースを確認する Prompt が選択されています。直接コマンドに切り替えるか、ローカルコピーをダウンロードすることもできます。
インストールを決める前に、SKILL.md と SkillsMP に表示されている付属ファイルをお読みください。
Codex または Claude でインストール この Prompt をコピーして Codex、Claude、または他のアシスタントに貼り付けると、Skill ページを確認してインストールできます。
直接コマンドでは確認用 Prompt が省略されます。実行前にソースを確認してください。
npx skills add https://github.com/u9401066/med-paper-assistant --skill pubmed-gene-drug-researchコマンドは1行のまま表示されます。コピー前に横へスクロールして全体を確認してください。
ローカルで確認しますか？SkillsMP が現在取得できるファイルをダウンロードできます。
SOC 職業分類に基づく
SKILL.md を表示中
| name | pubmed-gene-drug-research |
| description | Gene, compound, and variant research using search_gene, search_compound, and search_clinvar. Triggers: 基因, gene, 藥物, drug, compound, PubChem, ClinVar, 變異, variant, 臨床意義 |
這個 workflow 用在基因、化合物、藥物與臨床變異查詢。公開 MCP 工具已經收斂成一組新的 NCBI extended 介面：基因用 search_gene / get_gene_details / get_gene_literature，化合物用 search_compound / get_compound_details / get_compound_literature，變異則用 search_clinvar。
| 主題 | 工具 |
|---|---|
| Gene 搜尋 | search_gene, get_gene_details, get_gene_literature |
| Compound 搜尋 | search_compound, get_compound_details, get_compound_literature |
| Variant / ClinVar | search_clinvar |
| 後續文獻追蹤 | fetch_article_details, unified_search |
search_gene(query="BRCA1", organism="human")
get_gene_details(gene_id="672")
get_gene_literature(gene_id="672", limit=20)
fetch_article_details(pmids="12345678,87654321")
get_gene_literature走的是 NCBI curated gene-to-publication links，通常比單純 keyword 搜尋更準。
search_compound(query="remimazolam")
get_compound_details(cid="11526795")
get_compound_literature(cid="11526795", limit=20)
unified_search(
query="remimazolam mechanism action",
limit=20,
ranking="quality"
)
search_clinvar(query="BRCA1 pathogenic")
search_clinvar(query="NM_007294.4:c.5266dupC")
search_clinvar(query="CYP2C9 drug response")
search_clinvar(query="BRCA1 pathogenic")NM_007294.4:c.5266dupCCYP2C9 drug response目前公開介面沒有獨立的 ClinVar detail 工具。要更精準，就把
search_clinvar的查詢寫得更具體。
search_gene(query="TP53", organism="human")
get_gene_details(gene_id="7157")
get_gene_literature(gene_id="7157", limit=20)
search_compound(query="propofol")
get_compound_details(cid="4943")
get_compound_literature(cid="4943", limit=20)
search_clinvar(query="BRCA1 pathogenic")
search_gene(query="BRCA1", organism="human")
unified_search(
query="BRCA1 pathogenic variant DNA repair",
limit=20,
ranking="quality"
)
search_compound(query="warfarin")
search_gene(query="CYP2C9 warfarin metabolism", organism="human")
search_clinvar(query="CYP2C9 drug response")
unified_search(
query="warfarin CYP2C9 pharmacogenomics",
limit=30,
ranking="quality"
)
TP53，不要先用模糊別名organism="human"，避免混到小鼠或其他物種gene + pathogenic 或 gene + condition新的公開工具名應統一為：
search_geneget_gene_detailsget_gene_literaturesearch_compoundget_compound_detailsget_compound_literaturesearch_clinvar