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生物医学文献の検索・取得・分析を行うスキル。PubMed E-utilities API を使用して、3,600万件以上の医学文献データベースにアクセス。ユーザーが「PubMed で検索」「医学論文を探す」「文献レビュー」「最新の研究を調べる」「関連論文を見つける」などのリクエストをした際に使用。がん、免疫療法、COVID-19、薬剤、臨床試験など、あらゆる生物医学トピックに対応。
Codex または Claude でインストール この Prompt をコピーして Codex、Claude、または他のアシスタントに貼り付けると、Skill ページを確認してインストールできます。
SOC 職業分類に基づく
Implement and maintain Claude Agent Skills with valid SKILL.md frontmatter, focused instructions, and progressive disclosure.
Package and distribute Claude Code plugins with schema-safe manifests, canonical layout, component wiring, and release-ready validation.
Create and validate Claude sub-agent definitions with correct frontmatter, tool permissions, and delegation boundaries.
| name | pubmed |
| description | 生物医学文献の検索・取得・分析を行うスキル。PubMed E-utilities API を使用して、3,600万件以上の医学文献データベースにアクセス。ユーザーが「PubMed で検索」「医学論文を探す」「文献レビュー」「最新の研究を調べる」「関連論文を見つける」などのリクエストをした際に使用。がん、免疫療法、COVID-19、薬剤、臨床試験など、あらゆる生物医学トピックに対応。 |
このスキルは、PubMed E-utilities API を使用して生物医学文献の検索・取得・分析を効率的に行います。3,600万件以上の論文データベースから、関連性の高い文献を見つけ、詳細情報や抄録を取得できます。
ユーザーのリクエストに基づいて、適切な検索戦略を選択します。
検索タイプ:
キーワード検索 - 一般的な文献検索
scripts/pubmed_search.py search特定論文の取得 - PMID が分かっている場合
scripts/pubmed_search.py fetch関連論文の探索 - 既知の論文から関連文献を見つける
scripts/pubmed_search.py related適切なコマンドとパラメータで検索を実行します。
python scripts/pubmed_search.py --help
python scripts/pubmed_search.py search "cancer immunotherapy" \
--max-results 20 \
--sort pub_date \
検索クエリの構築:
"cancer AND immunotherapy""cancer OR tumor""\"lung cancer\"""cancer[Title] AND 2023[PDAT]""cancer AND Randomized Controlled Trial[PT]"検索の最適化:
Japanese[Language] または Japan[Affiliation] を追加詳細な検索構文は references/api_reference.md を参照。
python scripts/pubmed_search.py fetch 12345678,87654321
複数の PMID をカンマ区切りで指定可能。
python scripts/pubmed_search.py related 12345678 --max-results 10
取得した結果を解析し、ユーザーに分かりやすく提示します。
提示する情報:
分析のポイント:
必要に応じて追加の検索や分析を提案します。
よくあるフォローアップ:
ユーザー: 「COVID-19 ワクチンに関する2023年の最新研究を探してください」
実行:
python scripts/pubmed_search.py search \
'"COVID-19" AND vaccine AND 2023[PDAT]' \
--max-results 20 \
--sort pub_date
ユーザー: 「糖尿病治療のランダム化比較試験を見つけてください」
実行:
python scripts/pubmed_search.py search \
'diabetes treatment AND Randomized Controlled Trial[PT]' \
--max-results 20 \
--sort pub_date
ユーザー: 「日本の研究機関による認知症の研究を探してください」
実行:
python scripts/pubmed_search.py search \
'dementia AND Japan[Affiliation]' \
--max-results 20
ユーザー: 「がん免疫療法のレビュー論文を探してください」
実行:
python scripts/pubmed_search.py search \
'cancer immunotherapy AND (Review[PT] OR Meta-Analysis[PT] OR Systematic Review[PT])' \
--max-results 20
ユーザー: 「山中伸弥氏の最近の論文を探してください」
実行:
python scripts/pubmed_search.py search \
'Yamanaka S[Author] AND "last 2 years"[PDAT]' \
--max-results 20
このスクリプトは 自動的に秒間3リクエスト以下に制限 されています。NCBI の利用規約を遵守するため、各リクエスト間に自動的に待機時間が挿入されます。
NCBI はメールアドレスの指定を推奨しています（問題発生時の連絡用）:
python scripts/pubmed_search.py search "cancer" --email user@example.com
多数の論文を処理する場合:
pip install requests
scripts/pubmed_search.py: PubMed API クライアント
search: キーワード検索fetch: 詳細情報取得related: 関連論文検索references/api_reference.md: PubMed E-utilities API の詳細ドキュメント
複数の検索を組み合わせて包括的なレビューを実施:
related コマンドで関連論文を取得fetch で取得年ごとに検索を実行し、研究トレンドを可視化:
for year in {2020..2024}; do
python scripts/pubmed_search.py search \
"CRISPR AND ${year}[PDAT]" \
--max-results 1
done