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literature-review

系統性文獻搜尋、篩選、下載、整理。觸發：文獻回顧、找論文、搜尋文獻、systematic review、literature search、PubMed、找文章、搜paper、review、reference、citation、引用、參考文獻、背景調查、background。

Manusで実行

スター8

フォーク4

更新日2026年5月13日 13:45

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u9401066

u9401066/med-paper-assistant

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Manusで実行

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その他の高等教育社会科学教員教育・図書館職25-1069L4

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name	literature-review
description	系統性文獻搜尋、篩選、下載、整理。觸發：文獻回顧、找論文、搜尋文獻、systematic review、literature search、PubMed、找文章、搜paper、review、reference、citation、引用、參考文獻、背景調查、background。

系統性文獻回顧

適用：新研究專案 | Introduction 前調查 | 系統性回顧 | PICO 臨床問題不適用：快速查一篇 → 直接 unified_search | 只需整理 → format_references

工具速查

pubmed-search MCP

類別	工具	說明
搜尋	`unified_search`	主要文獻搜尋入口
	`generate_search_queries`	MeSH + 同義詞材料
	`parse_pico`	解析 PICO 臨床問題
	`read_session(action="pmids")`	取回 PMID + 去重
探索	`find_related_articles` / `find_citing_articles` / `get_article_references`	引用網路
	`get_citation_metrics`	iCite RCR 排序
全文	`get_fulltext(pmcid)`	取得 OA 全文
	`analyze_fulltext_access(pmids)`	確認 OA 狀態
Session	`read_session(action="pmids")` / `get_session_log`	取回搜尋結果
匯出	`prepare_export`	RIS/BibTeX

asset-aware-mcp（全文解析）

類別	工具	說明
解析	`ingest_documents(file_paths)`	PDF 結構化解析（雙引擎）
	`parse_pdf_structure(file_path)`	Marker 高精度解析
狀態	`get_job_status(job_id)`	追蹤非同步處理進度
瀏覽	`inspect_document_manifest(doc_id)`	取得完整資產清單
	`list_section_tree(doc_id)`	文件章節結構
提取	`get_section_content(doc_id, section_path)`	取得特定段落內容
	`fetch_document_asset(doc_id, asset_type, asset_id)`	取得圖表等資產
知識圖	`consult_knowledge_graph(query)`	跨文獻 RAG 查詢

mdpaper 儲存文獻

方法	說明
`save_reference_mcp(pmid)` ✅	永遠優先 MCP-to-MCP 驗證
`save_reference(article)` ⚠️	FALLBACK 僅 API 不可用

工作流

環境準備 — project_action(action="current") + 讀 .memory/activeContext.md
搜尋策略 — 一般主題：generate_search_queries(topic) → PICO 問題：parse_pico() → 並行 generate_search_queries() 各元素
並行搜尋 — 多組 unified_search() 同時呼叫 → read_session(action="pmids") → PMID/DOI 去重
評估擴展 — <20 篇 expand_search_queries() | 引用網路 find_citing/related/references | get_citation_metrics(sort_by="relative_citation_ratio")
篩選儲存 — 呈現清單（標題/年份/期刊/RCR）→ save_reference_mcp(pmid)
全文閱讀 ⭐ — 對每篇已儲存文獻： a. analyze_fulltext_access(pmids) → 確認哪些有全文可取得 b. 有全文者：get_fulltext(pmcid) 或下載 PDF → asset-aware ingest_documents(file_paths) → get_job_status() → inspect_document_manifest() → get_section_content(doc_id, "Methods") / get_section_content(doc_id, "Results") c. 無全文者：在 metadata.json 記錄 fulltext_ingested: false + 原因 d. 產出 references/fulltext-ingestion-status.md 彙總表 e. 原則：未讀全文的文獻，後續寫作僅能引用 abstract 結論，不可引用具體方法或數據
Subagent 分析 ⭐⭐ — 每篇論文由獨立 subagent 完成結構化分析（防止 context 汙染）： a. get_reference_for_analysis(pmid) → 取得該文獻的結構化全文包（abstract + fulltext，≤30K char） b. runSubagent 啟動獨立 subagent，prompt 必須包含：
- 步驟 a 的完整全文內容
- 分析任務：撰寫結構化摘要、評估方法學品質、列出關鍵發現與限制、判斷可用於文章 Introduction/Methods/Results/Discussion 哪些段落
- 指示 subagent 最後呼叫 save_reference_analysis(pmid, summary, methodology, key_findings, limitations, usage_sections, relevance_score) c. Subagent 完成後：analysis.json 已寫入 reference 目錄，metadata 標記 analysis_completed: true d. 原則：主 Agent 後續寫作只使用 analysis_summary，不再重讀全文 e. Gate：所有引用的文獻必須通過分析（Pipeline Gate Phase 2.1 + Hook C10 強制檢查）
匯出 — format_references() + prepare_export(format="ris")
更新記憶 — 寫 .memory/activeContext.md（進度 + 關鍵文獻 + 全文閱讀狀態 + 分析狀態 + 觀察筆記）

決策點

時機	選擇
建立專案 or 探索？	先探索熟悉文獻
關鍵字 or PICO？	比較性問題用 PICO
結果數量	50-300 繼續，<20 擴展，>500 限縮
篩選方式	<30 逐篇，>30 用 RCR 排序

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適用：新研究專案 | Introduction 前調查 | 系統性回顧 | PICO 臨床問題不適用：快速查一篇 → 直接 unified_search | 只需整理 → format_references

工具速查

pubmed-search MCP

類別

工具

說明

搜尋

unified_search

主要文獻搜尋入口

generate_search_queries

MeSH + 同義詞材料

parse_pico

解析 PICO 臨床問題

read_session(action="pmids")

取回 PMID + 去重

探索

find_related_articles / find_citing_articles / get_article_references

引用網路

get_citation_metrics

iCite RCR 排序

全文

get_fulltext(pmcid)

取得 OA 全文

analyze_fulltext_access(pmids)

確認 OA 狀態

Session

read_session(action="pmids") / get_session_log

取回搜尋結果

匯出

prepare_export

RIS/BibTeX

asset-aware-mcp（全文解析）

類別

工具

說明

解析

ingest_documents(file_paths)

PDF 結構化解析（雙引擎）

parse_pdf_structure(file_path)

Marker 高精度解析

狀態

get_job_status(job_id)

追蹤非同步處理進度

瀏覽

inspect_document_manifest(doc_id)

取得完整資產清單

list_section_tree(doc_id)

文件章節結構

提取

get_section_content(doc_id, section_path)

取得特定段落內容

fetch_document_asset(doc_id, asset_type, asset_id)

取得圖表等資產

知識圖

consult_knowledge_graph(query)

跨文獻 RAG 查詢

mdpaper 儲存文獻

方法

說明

save_reference_mcp(pmid) ✅

永遠優先 MCP-to-MCP 驗證

save_reference(article) ⚠️

FALLBACK 僅 API 不可用

工作流

環境準備 — project_action(action="current") + 讀 .memory/activeContext.md

搜尋策略 — 一般主題：generate_search_queries(topic) → PICO 問題：parse_pico() → 並行 generate_search_queries() 各元素

並行搜尋 — 多組 unified_search() 同時呼叫 → read_session(action="pmids") → PMID/DOI 去重

評估擴展 — <20 篇 expand_search_queries() | 引用網路 find_citing/related/references | get_citation_metrics(sort_by="relative_citation_ratio")

篩選儲存 — 呈現清單（標題/年份/期刊/RCR）→ save_reference_mcp(pmid)

全文閱讀 ⭐ — 對每篇已儲存文獻： a. analyze_fulltext_access(pmids) → 確認哪些有全文可取得 b. 有全文者：get_fulltext(pmcid) 或下載 PDF → asset-aware ingest_documents(file_paths) → get_job_status() → inspect_document_manifest() → get_section_content(doc_id, "Methods") / get_section_content(doc_id, "Results") c. 無全文者：在 metadata.json 記錄 fulltext_ingested: false + 原因 d. 產出 references/fulltext-ingestion-status.md 彙總表 e. 原則：未讀全文的文獻，後續寫作僅能引用 abstract 結論，不可引用具體方法或數據

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步驟 a 的完整全文內容
分析任務：撰寫結構化摘要、評估方法學品質、列出關鍵發現與限制、判斷可用於文章 Introduction/Methods/Results/Discussion 哪些段落
指示 subagent 最後呼叫 save_reference_analysis(pmid, summary, methodology, key_findings, limitations, usage_sections, relevance_score) c. Subagent 完成後：analysis.json 已寫入 reference 目錄，metadata 標記 analysis_completed: true d. 原則：主 Agent 後續寫作只使用 analysis_summary，不再重讀全文 e. Gate：所有引用的文獻必須通過分析（Pipeline Gate Phase 2.1 + Hook C10 強制檢查）

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選擇

建立專案 or 探索？

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關鍵字 or PICO？

比較性問題用 PICO

結果數量

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<30 逐篇，>30 用 RCR 排序