bio-chipseq-peak-calling
Calls ChIP-seq peaks with MACS3, MACS2, HOMER, or SPP across narrow (TF) and broad (histone) modes. Handles input control matching, fragment-size modeling vs --nomodel, effective genome size, ENCODE-style IDR vs naive overlap, hyper-ChIPable artifacts, and aligner-specific shifts. Use when calling peaks from ChIP-seq alignments, choosing between narrow vs broad mode for a histone mark, deciding model vs nomodel for low-depth data, applying ENCODE pseudoreplicate IDR, or reconciling MACS vs HOMER vs SPP results.
소스 정보
- 저장소
- GPTomics/bioSkills
- 최근 소스 활동
- 2026년 7월 17일 12:01
- 감지된 SKILL.md 언어
- 영어
- 스타
- 1,235
- 포크
- 274
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소스 지침 · 읽기 전용 미리보기| name | bio-chipseq-peak-calling |
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| description | Calls ChIP-seq peaks with MACS3, MACS2, HOMER, or SPP across narrow (TF) and broad (histone) modes. Handles input control matching, fragment-size modeling vs --nomodel, effective genome size, ENCODE-style IDR vs naive overlap, hyper-ChIPable artifacts, and aligner-specific shifts. Use when calling peaks from ChIP-seq alignments, choosing between narrow vs broad mode for a histone mark, deciding model vs nomodel for low-depth data, applying ENCODE pseudoreplicate IDR, or reconciling MACS vs HOMER vs SPP results. |
