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Generate comprehensive R tutorials for specialized applications (health economics, qualitative research, signal processing, environmental epidemiology, cellular automata) with theory + practice workflow. Use when: (1) User requests domain-specific tutorials, (2) File names match 60xx-[topic].rmd pattern, (3) Keywords: TreeAge, CEA, text mining, wavelet, VMD, DLNM, WQS, BKMR, cellular automata, agent-based modeling.

核心任务

生成特殊应用领域教程 (.rmd/.qmd)，涵盖领域背景、专业方法、完整流程、结果解释，强调 "领域背景 → 专业术语 → 分析框架 → 实践流程 → 结果解读"。

快速启动 (Quick Start)

1. 确定领域: 如 "元胞自动机 (Cellular Automata)"。
2. 加载模板: 阅读 content-structure.md 获取 YAML 和标题结构。
3. 生成内容: 遵循 "背景 -> 术语 -> 原理 -> 实践 -> 领域解读" 流程。
4. 视觉设计: 参考 visual-templates.md 生成封面图和领域框架图。
5. 质量检查: 验证术语准确性与导航更新。

完整工作流程

步骤0: 文件编号分配 (CRITICAL - 避免重复)

在创建任何文件前，必须先确定可用编号！

1. 检查现有编号:

   ls doc/60*.rmd doc/60*.qmd | sort | tail -20
   

2. 选择下一个可用编号:

   • 找到当前最大编号 (如 6005)
   • 新文件使用下一个编号 (如 6006，上一个编号＋1)
   • 绝对禁止: 使用已存在的编号!

3. 编号冲突检测:

   # 检查是否有重复编号
   ls doc/60*.rmd doc/60*.qmd | sed 's/.*\///;s/-.*//' | sort | uniq -d
   # 如果有输出，说明存在重复编号，必须先解决
   

4. 命名规范:

   • 格式: 60[number]-[topic].rmd
   • 示例: 6001-cellular-automata.rmd
   • 禁止: 同一编号用于不同主题

步骤1: 逐部分生成教程内容（CRITICAL - 分段生成策略）

⚠️ 重要：教程内容超过 300 行时必须分段生成，避免一次性输出过长内容。

分段生成流程：

1. 第一部分：生成 YAML 头部 + Setup + 领域背景 + 核心概念 + 基础原理（约 150-200 行）
2. 第二部分：追加数据准备 + 基础实现 + 可视化方法（约 150-200 行）
3. 第三部分：追加进阶应用 + 案例分析 + 常见问题（约 100-150 行）
4. 第四部分：追加总结 + 参考文献（约 50 行）
5. 验证完整性：确认所有必需章节都已包含

使用工具追加内容：

• 推荐使用 edit 工具在特定位置插入
• 或使用 bash 的 cat >> file.rmd << 'EOF' 追加
• 每次追加后用 wc -l 检查行数

内容生成要求：

• 必须包含: ## 领域背景 到 ## 参考文献 的标准章节结构
• 零基础通俗解释: 必须在开头用生活化类比解释核心原理
• 可复现性: 所有随机操作必须设置种子 set.seed(2026)
• 领域准确性: 术语使用必须准确，遵循领域规范和指南

步骤1.5: 生成配图并在文章中引用（CRITICAL）

⚠️ 必须完成的两步操作：

第一步：生成图片文件

1. 封面图 (MANDATORY):

   • 路径：doc/images/[number]-[topic]-cover.svg
   • 风格：学术、专业、与领域相关
   • 尺寸：1200×675 (16:9 比例)
   • 必须包含：中英文标题、视觉元素

2. 文内示意图 (MANDATORY - 每篇至少 2 张)：

   • 路径：doc/images/diagrams/spc-*.svg
   • 格式：必须使用 SVG 格式（扩展名必须是 .svg）
   • 尺寸要求（CRITICAL）：
     • 推荐标准尺寸: viewBox="0 0 1400 800" (宽 1400, 高 800)
     • 流程图: 1400×800 (横向流程)
     • 对比表格图: 1400×800～1400×900 (横向宽幅)
     • 原理示意图: 1000×700～1200×800
     • 架构图: 1200×600～1400×800
     • ⚠️ 避免: 过高的纵向布局 (如 1000×1100)，会导致显示不全
   • 用途：原理示意、流程图、对比表、架构图、决策树
   • 示例场景：
     • 领域概念框架图
     • 方法流程图
     • 多种方法对比表格
     • 分析步骤流程图
     • 应用场景决策树

第二步：在文章中引用图片（CRITICAL）

⚠️ 生成图片后必须立即在文章相应位置添加 Markdown 引用！

## 核心概念与原理

![元胞自动机基本结构](images/diagrams/spc-ca-structure.svg)

**结构说明**：上图展示了元胞自动机的基本组成要素：元胞、状态、邻域和规则。

插入位置建议：

• 概念框架图 → "核心概念"章节
• 流程图 → "完整分析流程"章节
• 对比图 → "领域背景与适用场景"章节
• 应用场景图 → "进阶应用"章节

验证图片引用：

grep "!\[.*\](images/diagrams/" doc/[number]-[topic].rmd

步骤2: 验证渲染 (CRITICAL)

在提交前必须进行本地渲染验证，确保代码可运行且格式正确。

# 渲染单文件验证内容
quarto render doc/60[number]-[topic].rmd

# 确保无报错、包缺失或格式问题

安装依赖: 若渲染过程中提示缺少 R 包，请先安装：

# 示例：安装常用包
install.packages(c("ggplot2", "dplyr", "tidyr", "purrr"))

步骤3: 更新导航系统 (CRITICAL)

⚠️ 重要顺序：必须先创建文章 → 更新 _quarto.yml → 运行 generate_sections.R

必须执行以下步骤，否则新文章无法在网站侧边栏和分类页显示。

⚠️ 更新导航前务必验证:

• 确认新文件已成功渲染
• 确认文件编号无冲突
• 确认YAML元数据正确

1. 更新 doc/_quarto.yml:

   • 找到 sidebar -> contents -> 特殊应用 部分。
   • 添加新条目，严格遵守 14 空格缩进:

               - text: "文章标题"
                 href: "60xx-[topic].rmd"
     

2. 运行自动生成脚本 (MANDATORY - 在更新 _quarto.yml 之后):

   • ⚠️ 必须在 _quarto.yml 更新后运行，否则新的文章链接不会出现在 sections 中
   • 此脚本会根据 _quarto.yml 更新对应的 section 分类索引页。

   # 在 doc 目录下运行
   cd doc && Rscript generate_sections.R
   

3. 渲染 sections 页面 (MANDATORY - 必须执行):

   ⚠️ 运行 generate_sections.R 后必须立即渲染 sections 页面！

   # 渲染 special 页面（新增文章所在分类）
   quarto render doc/sections/special.qmd
   
   # 如果需要，也渲染主页以更新导航
   quarto render doc/index.qmd
   

   为什么必须渲染：

   • generate_sections.R 只更新 .qmd 源文件
   • 必须渲染才能生成 HTML，新文章链接才会出现在网站侧边栏

4. 验证 sections 已更新:

   # 检查新文章是否出现在对应的 section 中
   grep "60xx-[topic]" doc/sections/special.qmd
   

步骤4: 最终渲染与提交

1. 重新渲染受影响页面:

   quarto render doc/sections/special.qmd
   quarto render doc/index.qmd
   

2. 提交代码:

   git add doc/60xx-*.rmd doc/images/60xx-*-cover.svg doc/images/diagrams/spc-*.svg
   git add doc/_quarto.yml doc/0001-guide.rmd README.md doc/sections/special.qmd
   git commit -m "feat(spc): 新增[领域-方法]特殊应用教程"
   

写作规范

• 内容标准:
  • 详细度: 内容必须详尽，起到深入教程的作用。
  • 篇幅: 不少于 300 行 (Not less than 300 lines)。
  • 比例: 文字说明约占 70%，代码约占 30% (70% text, 30% code)。
  • 结构: 必须提前构建全面的内容框架，然后根据框架填充详细内容。
• 术语: 首次出现的术语提供中英文对照和通俗解释。
• 解读: 强调从领域视角（如应用场景、实践意义）解读结果。
• 完整性: 包含领域背景、理论基础、实践案例和进阶应用。
• 视觉: SVG 标注必须全部使用中文。

代码块与表格格式规范 (CRITICAL)

图片居中 (MANDATORY)

在 setup chunk 中设置全局图片居中：

knitr::opts_chunk$set(
  echo = TRUE, 
  message = FALSE, 
  warning = FALSE,
  fig.align = 'center',  # 所有图片居中
  fig.width = 10,
  fig.height = 7,
  dpi = 300
)

或在单独代码块中设置：

```{r plot-name, fig.align='center', fig.width=10, fig.height=7}
# 图表代码

### 表格字体大小 (MANDATORY)

**所有 gt 表格必须设置合适的字体大小，避免表格过小难以阅读**：

```r
tibble(...) |> 
  gt() |> 
  tab_options(
    table.font.size = px(14),      # 表格字体 14px
    data_row.padding = px(8)       # 行间距 8px
  ) |> 
  tab_style(
    style = cell_fill(color = "#E8F4F8"),
    locations = cells_column_labels()
  )

推荐字体大小：

• 常规表格：px(14)
• 大型对比表：px(13)
• 简洁表格：px(15)

必须添加的 tab_options 参数：

• table.font.size: 控制整体字号
• data_row.padding: 控制行间距，提升可读性
• column_labels.font.size: (可选) 单独设置表头字号

参考资源

• content-structure.md: 详细内容模板与标题规范。
• visual-templates.md: SVG 封面与示意图模板库。
• domain-terminology.md: 各领域核心术语库。