scientific-epidemiology-public-health

name	scientific-epidemiology-public-health
description	疫学・公衆衛生解析スキル。観察研究デザイン（コホート/症例対照/横断）・ リスク指標（RR/OR/HR/NNT）・標準化死亡比（SMR）・年齢調整率・ 空間疫学（GIS / 空間クラスタリング）・因果推論ダイアグラム（DAG）・ WHO/CDC/EU 公衆衛生データ統合パイプライン。 ToolUniverse 連携: who_gho。
tu_tools	[{"key":"who_gho","name":"WHO GHO","description":"WHO Global Health Observatory 健康統計 API"}]

Scientific Epidemiology & Public Health

疫学研究と公衆衛生データ解析のパイプラインを提供する。 研究デザイン設計、リスク指標算出、交絡調整、 空間疫学、健康格差評価、公衆衛生データベース連携を体系的に扱う。

When to Use

• 観察研究のリスク指標（RR / OR / HR）を算出するとき
• 年齢調整率・標準化死亡比（SMR）を計算するとき
• 空間疫学（疾患クラスタリング・GIS マッピング）を行うとき
• DAG（有向非巡回グラフ）で交絡構造を分析するとき
• WHO / CDC / EU の公衆衛生データを取得・解析するとき

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Quick Start

1. リスク指標算出

import numpy as np
import pandas as pd
from scipy.stats import norm

def calculate_risk_measures(a, b, c, d, alpha=0.05):
    """
    2×2 分割表からリスク指標を算出する。

                Disease+    Disease-
    Exposed+      a           b        → a+b
    Exposed-      c           d        → c+d
                 a+c         b+d        N

    指標:
      - Risk (Incidence): R = cases / total
      - Risk Ratio (RR): R_exposed / R_unexposed（コホート研究）
      - Odds Ratio (OR): (a·d) / (b·c)（症例対照研究）
      - Risk Difference (RD): R_exposed - R_unexposed
      - NNT (Number Needed to Treat): 1 / |RD|
      - Attributable Fraction (AF): (RR - 1) / RR
    """
    z = norm.ppf( - alpha / )

    
    R1 = a / (a + b)  
    R0 = c / (c + d)  

    
    RR = R1 / R0
    ln_RR_se = np.sqrt(/a - /(a+b) + /c - /(c+d))
    RR_ci = (RR * np.exp(-z * ln_RR_se), RR * np.exp(z * ln_RR_se))

    
    OR = (a * d) / (b * c)
    ln_OR_se = np.sqrt(/a + /b + /c + /d)
    OR_ci = (OR * np.exp(-z * ln_OR_se), OR * np.exp(z * ln_OR_se))

    
    RD = R1 - R0
    RD_se = np.sqrt(R1*(-R1)/(a+b) + R0*(-R0)/(c+d))
    RD_ci = (RD - z * RD_se, RD + z * RD_se)

    
    NNT =  / (RD)  RD !=   np.inf

    
    AF = (RR - ) / RR  RR >   

    results = {
        : (R1, ),
        : (R0, ),
        : (RR, ), : [(x, )  x  RR_ci],
        : (OR, ), : [(x, )  x  OR_ci],
        : (RD, ), : [(x, )  x  RD_ci],
        : (NNT, ),
        : (AF, ),
    }

    (
          )
     results