pubmed-database

name	pubmed-database
description	搜索 PubMed 生物医学文献数据库，支持高级检索语法、MeSH 术语、 字段限定搜索和系统性文献综述。当用户询问基因功能、代谢通路、 作物育种相关文献时自动触发。系统会自动提取关键术语并翻译成英文。
tools	["rag_search"]

PubMed 文献搜索技能

使用 rag_search 工具搜索文献证据。该工具会同时检索 PubMed 摘要和本地基因库，避免只看在线摘要而遗漏结构化基因证据。

使用时机

• 用户询问特定基因、蛋白质、代谢通路的研究文献
• 用户需要查找作物营养代谢相关的最新进展
• 用户要求文献综述或研究证据支持
• 涉及 CRISPR、基因编辑、转基因等生物技术主题

查询处理机制

自动术语翻译

系统会自动使用 LLM 提取查询中的关键生物学术语并翻译成英文：

• 中文查询: "番茄果实中类胡萝卜素的合成途径"

  • 自动提取: 番茄→tomato, 果实→fruit, 类胡萝卜素→carotenoid, 合成途径→biosynthesis pathway
  • 增强查询: "番茄 tomato 果实 fruit 类胡萝卜素 carotenoid 合成途径 biosynthesis pathway"

• 混合查询: "CRISPR 编辑提高玉米赖氨酸含量"

  • 自动提取: CRISPR→CRISPR, 编辑→editing, 玉米→maize, 赖氨酸→lysine, 含量→content

• 纯英文查询: 保持原样，无需翻译

你无需手动翻译查询，直接使用用户的原始输入即可。

搜索策略

1. 使用精确的搜索词

搜索目标	推荐查询模式	示例
特定基因功能	基因名 + 功能关键词 + 物种	OsNAS2 iron biofortification rice
代谢通路	通路名 + crop/plant	carotenoid biosynthesis pathway maize
基因编辑	CRISPR + 基因名 + 物种	CRISPR Cas9 GmFAD2 soybean
营养强化	biofortification + 营养素 + 作物	biofortification vitamin A wheat 或 生物强化 维生素A 小麦
综述文献	关键词 + review	selenium metabolism plant review 或 硒代谢 植物 综述
特定作者	作者名 + 研究方向	Zhang H CRISPR rice nutrition

2. 使用 PubMed 高级语法（放入 rag_search 的 query 参数）

• MeSH 术语: vitamin C[MeSH] — 使用 MeSH 受控词汇，自动包含下位词
• 字段限定: CRISPR[Title] — 限定标题搜索；Zhang[Author]
• 布尔运算: rice AND (iron OR zinc) AND biofortification
• 日期限定: 2020:2024[Date - Publication] — 限定发表年份
• 文献类型: review[Publication Type] — 限定综述文章

3. 分步搜索策略

对于复杂问题，分多次搜索不同角度：

1. 先搜基因名 + 功能 — 获取直接相关文献
2. 再搜通路名 + 物种 — 补充通路上下游信息
3. 最后搜综述 — 获取领域全貌

4. PICO 框架（系统性综述）

对于需要全面文献检索的问题：

• Population: 目标物种/作物（如 rice, wheat, maize）
• Intervention: 干预手段（如 CRISPR editing, overexpression）
• Comparison: 对照组（如 wild type, untreated）
• Outcome: 预期结果（如 increased iron content, enhanced yield）

结果处理

• 工具返回每篇文献的标题、期刊、PMID 和摘要
• 在回答中使用 [1] [2] 等编号引用文献
• 优先引用高影响力期刊（Nature, Science, Plant Cell, PNAS 等）
• 优先引用近 5 年的研究成果
• 注意区分实验验证的结论和关联性推测

常用查询模板

# 维生素代谢基因
vitamin E tocopherol biosynthesis gene crop

# 矿物质转运蛋白
iron transporter gene rice biofortification

# 氨基酸代谢
lysine biosynthesis regulation maize kernel

# 类胡萝卜素通路
carotenoid pathway gene golden rice beta-carotene

# 基因编辑应用
CRISPR genome editing nutritional quality crop improvement