| name | zotero-reading-system |
| description | 收到“更新索引”或“请精读 Zotero 中 xxx”时使用。先刷新本地索引，再由 Python 精读流水线优先读取 Zotero 的全文缓存（.zotero-ft-cache），必要时才回退 PDF，并结合外部 embedding / LLM 生成结构化精读笔记。 |
Zotero Reading System
给 0 代码用户的 Codex 指令
用户可以直接这样说：
请帮我只读更新 Zotero 索引，然后继续精读下一批 2 篇有 PDF 或全文缓存的文献。不要写回 Zotero。完成后告诉我生成了哪些 notes、哪些条目缺 PDF、日志文件在哪里。
如果只是测试通路：
请设置 MINDCITE_OFFLINE=1，离线测试精读 1 篇文献，不调用远程模型。
Codex 应该先解释将要做的事，再执行脚本，并用自然语言总结结果，不要求用户理解脚本参数。
触发条件
更新索引更新 Zotero 索引请精读 Zotero 中 xxx继续精读 Zotero 中 xxx重跑 Zotero 中 xxx
新工作流总原则
- 调度、规划、检查由 agent 负责。
- 真正的论文精读和写笔记由
.py 工作流负责。
- 阅读优先级改为：
Zotero .zotero-ft-cachePDF 原文- 没有这两者则记为
needs_pdf
- 允许使用外部接口：
- DeepSeek:
https://api.deepseek.com，模型 deepseek-v4-flash
- SiliconFlow Embeddings:
https://api.siliconflow.cn/v1/embeddings，模型 BAAI/bge-m3
- 即使外部接口暂未配置，脚本也必须能以 fallback 模式跑通，但优先使用外部接口。
执行顺序
zotero-index-updater
- 刷新索引，并强化以下字段：
- 分组路径
- PDF 路径
- 附件 key
- Zotero 全文缓存路径
zotero-reading-orchestrator
- 按索引决定本轮目标条目，不先扫 Zotero，不先扫旧笔记。
scripts/zotero_ai_reading_pipeline.py
- 从索引读取目标条目。
- 优先加载
.zotero-ft-cache。
- 对全文切块。
- 使用 embedding 检索与 LLM 结构化生成。
- 按模板写入
notes\zotero_reading\_papers。
- 将 Zotero 分类、主分类、理论/方法/主题分类状态写入 note frontmatter 属性。
- 更新状态文件与运行日志。
强制约束
notes\zotero_reading\ 是唯一有效笔记目录。- 单篇精读笔记使用稳定存储目录
_papers；分类不再由文件夹路径表达。
- 不复用旧版 note。
- 不把 Zotero note / 批注当作精读依据。
- 允许保留 Zotero 自己生成的全文缓存文本，因为那本质上是 PDF 的更好识别结果。
- 同一
item_key 的旧输出允许覆盖。
默认输出位置
- 索引：
${MINDCITE_ROOT}\indexes
- 日志：
${MINDCITE_ROOT}\logs
- 新版笔记根目录：
${MINDCITE_ROOT}\notes\zotero_reading
- 新生成单篇笔记：
${MINDCITE_ROOT}\notes\zotero_reading\_papers
关键脚本
- 索引刷新：
${MINDCITE_ROOT}\_skills\Zotero-Reading-System\scripts\update_zotero_index.py
- AI 精读：
${MINDCITE_ROOT}\_skills\Zotero-Reading-System\scripts\zotero_ai_reading_pipeline.py
- 配置：
${MINDCITE_ROOT}\_skills\Zotero-Reading-System\config\reader_config.json
