name	mas
description	Use when Codex should operate MedAutoScience through its stable runtime, controller, overlay, and workspace contracts instead of ad-hoc scripts.

MAS App Skill

当 Codex 需要通过稳定运行面操作 MedAutoScience，而不是把仓库当成临时脚本集合来直接拼装时，使用这个 app skill。

这个 app skill 是什么

MedAutoScience 面向 Codex 的单一 domain app skill
叠加在现有 Python package、CLI、controller、overlay 与 workspace profile 之上
不替代 medautosci CLI、controller contract，也不替代非 Codex 集成
skill 入口只有一个；workspace-cockpit、submit-study-task、launch-study、study-progress、product-entry-status 等命令是这个 app skill 的内部 command contract
product-entry manifest 暴露 MAS-owned family_action_catalog；CLI、MCP、skill command projection 与 product-entry action metadata 从同一份 action definition 派生，OPL 只做 discovery/export/parity
OPL handoff、product-entry manifest 和其他机器可读桥接属于集成层，不是这个 skill 的前台主语

核心规则

优先走已有的 MedAutoScience 运行时 contract：

如果 workspace 还不存在，优先调用 MCP tool init_workspace
medautosci workspace init
medautosci doctor report --profile <profile>
medautosci doctor profile --profile <profile>
medautosci workspace bootstrap --profile <profile>
medautosci runtime watch --runtime-root <runtime-root>
medautosci runtime overlay-status --profile <profile>
medautosci runtime install-overlay --profile <profile>
medautosci doctor backend-audit --profile <profile> --refresh
plugin-local MCP launcher: plugins/mas/bin/medautosci-mcp

如果 medautosci 不在 PATH 上，用模块入口：

uv run python -m med_autoscience.cli doctor report --profile <profile>

Domain runtime 护栏

用户点名 MAS / Med Auto Science，或任务属于医学研究 workspace、study runtime、论文、证据包、分析包、publication gate、submission/finalization 等 MAS 覆盖范围时，必须通过 MAS product-entry、controller、overlay 或 study runtime surface 推进。
不得用 ad-hoc Python/R 脚本、通用文档/PDF/Office skill、直接编辑 manuscript、直接搬运 artifact、手写状态文件或 prompt-only 研究链来替代 MAS 的 controller/runtime。
任何研究产物写入前，必须先读取 product entry status/preflight/start 或 study progress/runtime status，确认 study_id、workspace、current stage、human gate 与 durable surface。
如果某个所需能力在 MAS surface 中缺失，应回到 repo 层补最小 callable/controller surface 并验证，而不是在单个 study workspace 旁路实现。
只有用户明确要求“探索 MAS 之外的替代技术路线”或“只做离线草稿、不进入 MAS runtime”时，才可以使用通用工具；回复中必须标明该路线不更新 MAS truth surface。

操作约束

任何写操作之前，先读 workspace 当前状态
对 study_runtime_status 或 ensure_study_runtime 的返回，必须检查 autonomous_runtime_notice
对 study_runtime_status.execution_owner_guard 或同名 payload，必须把它当作当前 study 的执行所有权真相源
对 study_runtime_status.publication_supervisor_state 或同名 payload，必须把它当作论文当前全局阶段的真相源
只要 autonomous_runtime_notice.required=true，就表示该 study 已处于 live managed runtime；无论是本次刚启动，还是接管到已在运行的 quest，都必须立刻显式通知用户
通知里必须给出可监督入口，至少包括 browser_url；如果返回了 quest_session_api_url 和 active_run_id，也要一并告诉用户
只要 execution_owner_guard.supervisor_only=true，前台就必须进入 supervisor-only 监管态，不得继续直接推进 study-local 执行
在 supervisor-only 状态下，不得直接写入 execution_owner_guard.runtime_owned_roots 覆盖的 runtime-owned surface；如需人工接管，先显式暂停 runtime
不允许在已检测到 live managed runtime 的情况下继续隐式推进对话而不告知用户自动驾驶已经在运行
只要 publication_supervisor_state.bundle_tasks_downstream_only=true，就不得把 paper bundle 缺件表述成当前 next step；必须明确说明那只是后续件，待 publication_gate 放行后再做
只要 publication_supervisor_state.bundle_tasks_downstream_only=true，就把 bundle/build/proofing 当作硬阻断，不得在前台抢跑
当 paper_contract_health 给出 recommended_next_stage / recommended_action 时，默认只把它们解释为 paper-line local recommendation，除非 publication_supervisor_state 已明确进入对应全局阶段
数据资产变更要走 controller 命令和结构化 payload，不直接手改 registry
保持 MedAutoScience 作为运行层，不要把 controller、profile、overlay、workspace 逻辑塌缩进 plugin 私有文件
保持 CLI 和 controller 入口稳定，避免破坏其他 Agent 的兼容性
plugin-local MCP 通过当前 repo checkout 的 uv run --directory <repo-root> --extra analysis medautosci-mcp 启动
旧 med-deepscientist-* overlay 目录名和 doctor med-deepscientist-upgrade 只保留为 internal compatibility surface

首先应读的文件

bootstrap/README.md
docs/runtime/controllers.md
docs/references/codex_plugin.md

典型任务

审核某个 workspace profile 是否接对
为新的病种 workspace 建立骨架并接入 Codex 驱动执行
检查 overlay 是否漂移，必要时重覆写
运行 runtime watch 并归纳阻塞点
通过可审计命令驱动数据资产和投稿交付 controller

MAS App Skill

当 Codex 需要通过稳定运行面操作 MedAutoScience，而不是把仓库当成临时脚本集合来直接拼装时，使用这个 app skill。

这个 app skill 是什么

MedAutoScience 面向 Codex 的单一 domain app skill

叠加在现有 Python package、CLI、controller、overlay 与 workspace profile 之上

不替代 medautosci CLI、controller contract，也不替代非 Codex 集成

skill 入口只有一个；workspace-cockpit、submit-study-task、launch-study、study-progress、product-entry-status 等命令是这个 app skill 的内部 command contract

product-entry manifest 暴露 MAS-owned family_action_catalog；CLI、MCP、skill command projection 与 product-entry action metadata 从同一份 action definition 派生，OPL 只做 discovery/export/parity

OPL handoff、product-entry manifest 和其他机器可读桥接属于集成层，不是这个 skill 的前台主语

核心规则

优先走已有的 MedAutoScience 运行时 contract：

如果 workspace 还不存在，优先调用 MCP tool init_workspace

medautosci workspace init

medautosci doctor report --profile <profile>

medautosci doctor profile --profile <profile>

medautosci workspace bootstrap --profile <profile>

medautosci runtime watch --runtime-root <runtime-root>

medautosci runtime overlay-status --profile <profile>

medautosci runtime install-overlay --profile <profile>

medautosci doctor backend-audit --profile <profile> --refresh

plugin-local MCP launcher: plugins/mas/bin/medautosci-mcp

如果 medautosci 不在 PATH 上，用模块入口：

uv run python -m med_autoscience.cli doctor report --profile <profile>

Domain runtime 护栏

用户点名 MAS / Med Auto Science，或任务属于医学研究 workspace、study runtime、论文、证据包、分析包、publication gate、submission/finalization 等 MAS 覆盖范围时，必须通过 MAS product-entry、controller、overlay 或 study runtime surface 推进。

不得用 ad-hoc Python/R 脚本、通用文档/PDF/Office skill、直接编辑 manuscript、直接搬运 artifact、手写状态文件或 prompt-only 研究链来替代 MAS 的 controller/runtime。

任何研究产物写入前，必须先读取 product entry status/preflight/start 或 study progress/runtime status，确认 study_id、workspace、current stage、human gate 与 durable surface。

如果某个所需能力在 MAS surface 中缺失，应回到 repo 层补最小 callable/controller surface 并验证，而不是在单个 study workspace 旁路实现。

只有用户明确要求“探索 MAS 之外的替代技术路线”或“只做离线草稿、不进入 MAS runtime”时，才可以使用通用工具；回复中必须标明该路线不更新 MAS truth surface。

操作约束

任何写操作之前，先读 workspace 当前状态

对 study_runtime_status 或 ensure_study_runtime 的返回，必须检查 autonomous_runtime_notice

对 study_runtime_status.execution_owner_guard 或同名 payload，必须把它当作当前 study 的执行所有权真相源

对 study_runtime_status.publication_supervisor_state 或同名 payload，必须把它当作论文当前全局阶段的真相源

只要 autonomous_runtime_notice.required=true，就表示该 study 已处于 live managed runtime；无论是本次刚启动，还是接管到已在运行的 quest，都必须立刻显式通知用户

通知里必须给出可监督入口，至少包括 browser_url；如果返回了 quest_session_api_url 和 active_run_id，也要一并告诉用户

只要 execution_owner_guard.supervisor_only=true，前台就必须进入 supervisor-only 监管态，不得继续直接推进 study-local 执行

在 supervisor-only 状态下，不得直接写入 execution_owner_guard.runtime_owned_roots 覆盖的 runtime-owned surface；如需人工接管，先显式暂停 runtime

不允许在已检测到 live managed runtime 的情况下继续隐式推进对话而不告知用户自动驾驶已经在运行

只要 publication_supervisor_state.bundle_tasks_downstream_only=true，就不得把 paper bundle 缺件表述成当前 next step；必须明确说明那只是后续件，待 publication_gate 放行后再做

只要 publication_supervisor_state.bundle_tasks_downstream_only=true，就把 bundle/build/proofing 当作硬阻断，不得在前台抢跑

当 paper_contract_health 给出 recommended_next_stage / recommended_action 时，默认只把它们解释为 paper-line local recommendation，除非 publication_supervisor_state 已明确进入对应全局阶段

数据资产变更要走 controller 命令和结构化 payload，不直接手改 registry

保持 MedAutoScience 作为运行层，不要把 controller、profile、overlay、workspace 逻辑塌缩进 plugin 私有文件

保持 CLI 和 controller 入口稳定，避免破坏其他 Agent 的兼容性

plugin-local MCP 通过当前 repo checkout 的 uv run --directory <repo-root> --extra analysis medautosci-mcp 启动

旧 med-deepscientist-* overlay 目录名和 doctor med-deepscientist-upgrade 只保留为 internal compatibility surface

首先应读的文件

bootstrap/README.md

docs/runtime/controllers.md

docs/references/codex_plugin.md

典型任务

审核某个 workspace profile 是否接对

为新的病种 workspace 建立骨架并接入 Codex 驱动执行

检查 overlay 是否漂移，必要时重覆写

运行 runtime watch 并归纳阻塞点

通过可审计命令驱动数据资产和投稿交付 controller