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DuIvyTools (dit) 命令行工具使用指南。当 Agent 需要使用 DuIvyTools 但不清楚命令用法时调用。功能覆盖：(1) XVG 数据可视化 - RMSD、RMSF、能量、氢键、回转半径等；(2) XPM 矩阵可视化 - DCCM、FEL、DSSP 二级结构热图；(3) NDX 索引文件操作 - 查看、合并、提取原子组；(4) 统计分析 - 平均值、标准差、分布、相关性；(5) 拉马钱德兰图绘制；(6) 数据格式转换 - 导出为 CSV/DAT。支持 matplotlib、plotly、gnuplot、plotext 四种绘图引擎。
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DuIvyProcedures (DIP) 批量分析软件使用指南。当 Agent 需要使用 DIP 但不清楚命令或配置方法时调用。核心特性：YAML 配置驱动，一条命令批量分析多条轨迹，自动出图出数据。功能覆盖 34 个模块：(1) 基础分析 - RMSD、RMSF、Gyrate、SASA；(2) 高级分析 - DCCM、PCA、FEL、dPCA；(3) 相互作用分析 - 氢键、盐桥、π-π堆积、π-阳离子、疏水接触、RDF、RDCM、密度图；(4) 降维分析 - MSM、tICA、tSNE、UMAP；(5) 其他 - DSSP 二级结构、聚类分析、距离矩阵、密度分布、用户自定义模块。分为 GROMACS 依赖模块（gmx_ 前缀，13 个）和纯 Python 模块（21 个）。适用场景：批量处理多条轨迹、一次运行多个分析。
蛋白质分子动力学模拟分析的流程知识指南。当 Agent 需要执行某个分析但不清楚具体流程时调用。涵盖九种核心分析的完整工作流：(1) PBC 修正 - 消除周期性边界伪影，居中蛋白质/配体；(2) RMSD 分析 - 测量结构稳定性和模拟收敛性；(3) RMSF 分析 - 评估每个残基的灵活性；(4) 回转半径分析 - 评估蛋白质紧密性和折叠状态；(5) SASA 分析 - 研究溶剂可及性和表面性质；(6) DCCM 分析 - 动态互相关矩阵，研究原子间相关运动；(7) RDCM 分析 - 残基距离接触矩阵，分析残基间空间关系；(8) PCA 分析 - 主成分分析，识别集体运动和构象变化；(9) FEL 分析 - 自由能景观映射，使用 RMSD/Gyrate 或 PCA 作为反应坐标。包含分析间的依赖关系说明（如 FEL 依赖 PCA 或 RMSD/Gyrate 结果）。
GROMACS 分子动力学模拟软件命令参考。当 Agent 需要执行 GROMACS 命令但不清楚用法时调用。功能覆盖：(1) 拓扑与结构处理 - pdb2gmx、editconf、solvate、insert-molecules、genrestr；(2) 模拟设置与运行 - grompp、mdrun；(3) 轨迹处理 - trjconv（PBC修正、格式转换）、trjcat（轨迹拼接）；(4) 能量分析 - energy、eneconv、bar；(5) 轨迹分析 - rms、rmsf、gyrate、hbond、distance、angle、dihedral、sasa、cluster、mindist；(6) 结构分析 - covar、anaeig（PCA）、mdmat、sham（FEL）；(7) 索引与选择 - make_ndx、select、genion；(8) 工具 - xpm2ps、check、wham。强调优先使用 gmx <command> -h 查看本地帮助。
| name | duivytools-skills |
| description | DuIvyTools (dit) 命令行工具使用指南。当 Agent 需要使用 DuIvyTools 但不清楚命令用法时调用。功能覆盖：(1) XVG 数据可视化 - RMSD、RMSF、能量、氢键、回转半径等；(2) XPM 矩阵可视化 - DCCM、FEL、DSSP 二级结构热图；(3) NDX 索引文件操作 - 查看、合并、提取原子组；(4) 统计分析 - 平均值、标准差、分布、相关性；(5) 拉马钱德兰图绘制；(6) 数据格式转换 - 导出为 CSV/DAT。支持 matplotlib、plotly、gnuplot、plotext 四种绘图引擎。 |
重要：使用前务必查看命令帮助
DuIvyTools 持续开发中。务必先运行
dit <command> -h获取该命令最准确、最新的参数信息。
DuIvyTools 是一个命令行工具，用于分析和可视化 GROMACS 分子动力学模拟结果。它提供约 30 个命令，用于处理 XVG、XPM、NDX 等常见的 GROMACS 输出文件。
pip install DuIvyTools
或使用清华镜像（国内更快）：
pip install DuIvyTools -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
dit
dit # 所有可用命令
dit -h # 全局参数
dit xvg_show -h # 特定命令帮助（务必先执行此操作！）
1-7 表示第 1 至第 6 列）| 命令 | 功能说明 |
|---|---|
xvg_show | 显示 XVG 数据，自动解析图例和坐标轴 |
xvg_compare | 比较多个 XVG 文件，支持灵活的列选择 |
xvg_ave | 计算每列的平均值、标准差、标准误 |
xvg_show_distribution | 显示数据分布（直方图/PDF/CDF） |
xvg_show_stack | 绘制堆积面积图 |
xvg_show_scatter | 绘制 2D 或 3D 散点图 |
xvg_box_compare | 使用小提琴图和散点图比较分布 |
xvg_combine | 将多个 XVG 文件的数据合并为一个 |
xvg_ave_bar | 计算并显示平行实验的平均值 |
xvg_rama | 根据 phi/psi 二面角绘制拉式图（Ramachandran plot） |
xvg_energy_compute | 计算蛋白质-配体相互作用能 |
| 命令 | 功能说明 |
|---|---|
xpm_show | 使用 4 种绘图引擎可视化 XPM 矩阵 |
xpm2csv | 将 XPM 转换为 CSV 格式（x, y, value） |
xpm2dat | 将 XPM 转换为 M×N 矩阵格式 |
xpm_diff | 计算两个 XPM 文件的差值（仅连续型） |
xpm_merge | 将两个 XPM 文件沿对角线合并 |
| 命令 | 功能说明 |
|---|---|
ndx_add | 向 NDX 文件添加新的索引组 |
ndx_split | 将一个索引组切分为多个 |
ndx_show | 显示所有索引组名称 |
ndx_rm_dup | 删除重复的索引组 |
| 命令 | 功能说明 |
|---|---|
mdp_gen | 生成 GROMACS MDP 文件模板 |
show_style | 显示/生成绘图样式配置文件 |
find_center | 查找原子组的几何中心 |
dccm_ascii | 将 ASCII 协方差矩阵转换为 DCCM XPM |
dssp | 将 GROMACS 2023 DSSP 格式转换为 XPM/XVG |
完整参数说明请参阅 commands-reference.md。
| 引擎 | 适用场景 |
|---|---|
matplotlib（默认） | 功能最全面，支持所有模式 |
plotly | 交互式图表，适合网页展示 |
gnuplot | 高质量输出，需单独安装 |
plotext | 终端显示，快速预览 |
使用 -eg 参数指定引擎：dit xvg_show -f data.xvg -eg plotly
# 基本显示
dit xvg_show -f rmsd.xvg
# 比较多个文件
dit xvg_compare -f rmsd.xvg gyrate.xvg -c 1 1,2 -l RMSD Gyrate
# 计算平均值（从第 2000 行到末尾）
dit xvg_ave -f rmsd.xvg -b 2000
# 显示分布
dit xvg_show_distribution -f gyrate.xvg -c 1
# 基本显示
dit xpm_show -f dccm.xpm -cmap coolwarm -zmin -1 -zmax 1
# 3D 模式
dit xpm_show -f fel.xpm -m 3d -x PC1 -y PC2 -z Energy
# 等高线图
dit xpm_show -f dccm.xpm -m contour -cmap coolwarm
# 交互式 plotly
dit xpm_show -f fel.xpm -eg plotly -m 3d
更多实际场景请参阅 examples.md。