literature-reproduction-spike

name	literature-reproduction-spike
description	在 Julia_RelaxTime 中执行隔离式文献复现 Spike。适用于指定论文图表、公式或数值结论的独立 tempN 沙箱复刻、文献事实表、未明示口径审计、复现证据链和二选一 verdict：与文献对齐 / 文献信息不足以复现。关键词：isolated reproduction spike, temp, 文献复现, 独立复现, 复刻, figure reproduction, formula audit, verdict

literature-reproduction-spike

Purpose

把“复现某篇文献的某个图、表、公式或数值结论”收束成一个可审计的隔离研究 Spike。

本 Skill 的目标不是把曲线调到像，而是在 tempN/ 沙箱中独立建立证据链，并最终给出二选一结论：

• 与文献对齐
• 文献信息不足以复现

Apply When

• 用户要求复现、复刻、审计或验证论文中的图、表、公式、阈值、相变线、截面、相移、热力学量或数值结论。
• 用户要求“新开 temp”“独立实现”“不要调用项目高层实现”“以文献为准”。
• 任务需要区分文献明示事实、直接推导事实和未明示实现口径。
• 任务结果需要可追溯到文献段落、公式、图注、脚本、CSV、图像和诊断输出。
• 目标是论文 Figure 或曲线时，可配合 paper-figure-digitize 做 figure crop、rough digitize、坐标校准或 paper-background overlay。

Do Not Use

• 只是在主项目中实现已经确定的功能：优先 julia-pro 或相关实现 Skill。
• 只做综述、文献列表或方法比较：优先 literature-review、deep-research 或 research-engineer。
• 只做论文写作、图注或结果描述：优先 paper-traceable-coauthor。
• 用户明确要求直接修改主线代码，而不是先做隔离复现。

Hard Rules

• 在根目录新建或使用独立 tempN/ 沙箱；不要修改 src/、tests/、docs/、config/ 等主项目文件，除非用户另行明确授权进入正式实现阶段。
• 主项目只读；最多单向参考依赖、通用工具、配置格式、基础 IO、绘图、数值积分或低层 helper。
• 不调用项目已有高层目标实现直接生成目标结果。
• 目标物理量、核心公式、求解流程和后处理逻辑必须按文献重新实现。
• 不把常见做法、经验猜测、作者代码可能做法或项目既有实现写成文献事实。
• 遇到不一致时先审计，不为了贴近文献图而隐式调参。
• 没做出来 不是 文献信息不足以复现；只有完成关键未明示口径审计后才能下该 verdict。

Sandbox Contract

每个复现沙箱至少包含：

• README.md：目标、文献对象、范围边界、非目标、验收标准。
• literature_facts.md：文献事实表。
• 主复现脚本和必要绘图脚本。
• output/：CSV、图、诊断输出、配置摘要和结论摘要。
• verdict 或 status 文档：记录当前结论、证据和残余 blocker。

推荐命名：

tempN/<paper_or_topic>_independent_audit/
tempN/<paper_or_topic>_reproduction_spike/

Standard Workflow

1. Lock target

   • 明确文献标题、年份、作者、目标 Figure/Table/Eq/数值结论。
   • 明确只复现哪一部分，以及不做哪些扩展。
   • 将目标定义写入 README.md。
   • 若目标来自论文图像或曲线，使用 paper-figure-digitize 提取 paper crop、rough CSV、overlay 和校准 metadata；这些产物必须写入当前 tempN/ 沙箱。

2. Build literature fact table

   • 分类记录：文献明确给出、由文献直接推得、文献未明示。
   • 每条注明来源，例如 Eq、Fig caption、page、正文段落或必要上游引用。
   • 未明示项必须作为审计对象，不能默认吞掉。

3. Implement independent minimal loop

   • 在 tempN/ 内实现最小闭环：背景态、极化函数、传播子、相移、热力学量、积分、根搜索、后处理等按任务需要裁剪。
   • 保留文献符号到代码变量的对应关系。
   • 输出中间诊断量，不只输出最终图。

4. Run first-pass reproduction

   • 先按最忠于文献明文的口径运行。
   • 产出图、CSV、关键中间量摘要和与文献目标的初步对照。
   • 若明显不一致，不直接调参，进入未明示口径审计。

5. Audit unspecified choices

   • 只参数化可能改变拓扑、阈值、量级或分支的关键未明示项。
   • 常见审计项：分支选择、正则化、eta/iε、相位 unwrap、Levinson 归一、初值、多解选择、积分范围、网格精度、单位换算、符号约定、是否使用上游引用定义。
   • 做最小必要变体扫描；每个变体记录配置、输出和是否改变结论。

6. Exclude false causes

   • 至少考虑：初值不佳、积分精度不足、网格太粗、单位换算错误、符号号差、相位/分支后处理不一致。
   • 必要时用 multistart、精度敏感性、中间复数实部/虚部、极点邻域和阈值位置诊断交叉验证。

7. Compare and decide

   • 尽量生成文献图裁剪、首轮复现和关键变体的并排对照；图像数字化、坐标映射或 paper-background overlay 可交给 paper-figure-digitize。
   • 给出严格二选一 verdict，并说明依据。

Verdict Gate

只能在满足条件时使用 与文献对齐：

• 目标的关键定性特征对齐。
• 关键数值位置、阈值、峰、跳变或曲线形状在合理误差内对齐。
• 所需口径可由文献正文、公式、图注或必要上游引用唯一确定，或少量未明示项不改变结论。
• 没有依赖隐式调参或事后拟合。

只能在满足条件时使用 文献信息不足以复现：

• 已完成独立实现。
• 已审计关键未明示口径。
• 多个合理口径会导向显著不同结果。
• 文献文本无法唯一决定作者实际使用哪套口径。
• 因而无法从文献文本唯一且可靠地复现目标。

Output Contract

最终汇报必须包含：

• verdict：与文献对齐 或 文献信息不足以复现
• 高密度证据摘要
• tempN/ 路径
• 关键文件列表
• 已运行配置和变体
• 文献明确给出的信息
• 文献未明示且影响结果的信息
• 若 verdict 为 文献信息不足以复现：列出至少 3 条导致不可唯一复现的缺失信息
• 若 verdict 为 与文献对齐：列出对齐依据和误差范围

Hand-off

• 若需要从论文 PDF 中提取曲线、裁剪图像、生成 digitized CSV 或把计算曲线叠加到论文截图背景上，配合使用 paper-figure-digitize；其输出应纳入本 Skill 的 output/ 和 verdict 证据链。
• 若 verdict 通过且用户要求并入主项目，再进入正式实现任务；届时根据影响面选择 julia-pro、transport-regression-keeper、baseline-regression-governance 或 api-doc-authoring。
• 若复现产出需要论文表述或图注整理，交给 paper-traceable-coauthor。
• 若需要记录实验台账，可追加使用 experiment-logbook-append，但不要把沙箱过程史混入 API 或架构文档。