// Use when the user wants to draft a literature review, survey a research area, summarize a field, organize workspace papers, identify gaps, or export review references.
| name | literature-review |
| description | Use when the user wants to draft a literature review, survey a research area, summarize a field, organize workspace papers, identify gaps, or export review references. |
基于工作区中的论文，撰写结构化的文献综述。
用户必须指定一个 workspace（--ws NAME）。如果用户未指定：
scholaraio ws list 列出已有工作区综述输出写入 workspace/<name>/ 目录。
本 skill 支持两种工作模式：
在了解写作需求时，必须主动询问用户期望的输出格式：
docs/writing-guide/academic-survey-writing-guide.md 的规范，适用于长文深度分析，最终输出 PDF如果用户未明确选择，默认追问一次。 若用户选择 LaTeX 正式学术综述，执行以下准备步骤：
docs/writing-guide/academic-survey-writing-guide.md（项目内置精简版流程）academic_writing_guidelines.md、academic_writing_rich_elements.md、chinese_latex_typesetting.md），可一并参考；若不可用，则以仓库内文档为准\documentclass[12pt,a4paper]{article} + ctex 编译；中文综述用 xelatex，英文综述用 lualatexClaude (AI Assistant)[n]，使用 BibTeX 管理；最终编译前必须执行引用闭合检查：确保所有 \cite{} 都有对应 bibitem，所有 bibitem 都被引用或经 \nocite{} 声明，无孤儿文献触发条件（满足任一即可）：
快速模式执行流程：
重要原则：快速模式 ≠ 低质量模式。 快速模式跳过的是与用户的人工确认环节，而不是深度分析环节。以下流程强制执行三道质量控制：Critic 骨架重组、Subagent 批判性精读模板、每章最低丰富元素。
ws show <name> 和 ws search <name> "<主题>"，快速扫描工作区所有论文的 L1-L2scholaraio topics 的分组结构（注意：topics 反映的是全局主库分布，若工作区与主库差异较大，应优先基于工作区论文摘要直接推断分组）_templates/critic-reading.md 中的批判性精读模板，不得简化。
notes.md。优先使用 CLI：scholaraio show "<paper-id>" --append-notes "## YYYY-MM-DD | <workspace> | literature-review-fast\n- Finding 1\n- Finding 2"；若需要批量自动化，再由主 agent 直接读写文件实现images/ 和公式进行多模态分析（如适用）literature-review.md。每章必须包含至少 1 个数据对比表或自动生成的概念图（scholaraio diagram --from-text ...），禁止纯文字大段罗列literature-review.tex，每章至少包含 2 种丰富元素（源论文插图 / 数据表格 / 伪代码算法 / TikZ 概念图），编译输出 literature-review.pdfworkspace/<name>/literature-review.mdworkspace/<name>/literature-review-outline.mdworkspace/<name>/references.bibworkspace/<name>/literature-review.texworkspace/<name>/literature-review.pdfworkspace/<name>/literature-review-outline.mdworkspace/<name>/references.bib快速模式不改变学术态度要求：仍须指出矛盾、区分事实与推测、如实引用来源。
向用户确认：
若用户选择 LaTeX 正式学术综述，立即读取上述必读文档，并将其规范贯彻到后续全部步骤中。
scholaraio ws show <name> # 查看工作区论文列表
scholaraio ws search <name> "<主题>" # 范围内搜索
scholaraio topics # 主题聚类概览（如已建模）
对工作区内论文做 L1-L2 快速扫描（标题 + 摘要），建立全局认知：
scholaraio show <paper-id> --layer 2 # 逐篇扫描摘要
根据文献内容，提出分组方案（按方法/时间线/研究问题/理论流派），形成章节大纲。向用户展示大纲并确认。
常见组织方式：
骨架可视化：若采用方法论式或时间线式，可生成结构图辅助用户理解章节组织：
# 例如：方法演进时间线
scholaraio diagram --from-text "2000: Method A; 2010: Method B; 2020: Method C" --type tech_route --format drawio
# 例如：主题分类树
scholaraio diagram --from-text "Theme 1 contains X and Y; Theme 2 contains Z" --type model_arch --format svg
将图文件路径附在大纲之后供用户参考。
对每个章节的核心论文，先检查 configured papers library 中是否有历史分析笔记（<paper-dir>/notes.md），有则复用已有发现，避免重复劳动。
然后加载 L3（结论）或 L4（全文）：
scholaraio show <paper-id> --layer 3 # 结论
scholaraio show <paper-id> --layer 4 # 全文（仅关键论文）
分析完成后，将值得跨会话保留的关键发现追加到论文的 notes.md。优先使用 CLI：
scholaraio show "<paper-id>" --append-notes "## YYYY-MM-DD | <workspace> | literature-review
- 方法特点
- 核心贡献
- 与其他论文的关键对比"
也可由主 agent 直接读写文件实现。格式：## YYYY-MM-DD | <workspace> | literature-review，内容包括方法特点、核心贡献、与其他论文的关键对比。
多模态分析（MinerU 解析的论文保留了图表和公式）：
<dir>/images/），辅助理解实验结果和方法流程引用图谱辅助发现关联：
scholaraio shared-refs "<id1>" "<id2>" # 共同引用分析
scholaraio refs "<id>" # 参考文献
scholaraio citing "<id>" # 被引论文
按确认的大纲逐节撰写。写作原则：
[n] 标注来源，与 BibTeX key 对应diagram --from-text ... 生成分类框架或演进时间线，插入 LaTeX/Markdown 中。若基于具体论文生成，可附加 --critic 启用闭环审查：
# 基于文字描述直接生成
scholaraio diagram --from-text "分类：A类包含方法1/2；B类包含方法3/4；本文属于C类" --type model_arch --format svg
# 基于论文生成（可附加 --critic）
scholaraio diagram <paper-id> --type model_arch --format svg --critic
每写完一节，暂停让用户审阅，再继续下一节。
/research-gap --ws <name>，将其结构化输出整合到"研究空白与未来方向"段落中，提升综述的学术价值scholaraio ws export <name> -o workspace/<name>/references.bib
Markdown 模式产物：
workspace/<name>/literature-review.md（或用户指定的文件名）workspace/<name>/literature-review-outline.mdLaTeX 模式产物：
workspace/<name>/literature-review.texworkspace/<name>/literature-review.pdfworkspace/<name>/literature-review-outline.mdworkspace/<name>/images/（复制自源论文的图片）时机：正文全部完成后、向用户交付前
操作：
<dir>/images/ 复制到 workspace/<name>/images/figure 环境 + caption"如图~\\ref{fig:xxx}所示" 的形式引用插图\includegraphics{} 路径是否都存在\label{} 是否至少被 \ref{} 引用一次\ref{} 是否都有对应的 \label{}/publish 归档/发布流程，再按交付需要过滤\cite{} 与 \bibitem{}，确保无孤儿文献、无缺失引用\cite{}，使用 \nocite{} 保留其 bibitemxelatex -interaction=nonstopmode literature-review.tex，英文综述用 lualatex -interaction=nonstopmode literature-review.tex.aux .log .out .toc 等），仅保留 .tex 和 .pdfpublished/ 归档目录，同步更新 metadata.json：修正页数、关键词和 note，使其与实际 PDF 一致用户说："帮我写一篇关于湍流减阻的文献综述，基于 drag-review 工作区"
→ 查看 ws show drag-review，扫描论文，提出大纲，逐节撰写
用户说："我有一段范文，帮我按这个风格写" → 分析范文的结构和叙述特征，然后仿照该风格组织语言
用户说："用 LaTeX 正式格式写一篇 Groq TPU/GPU 对比综述"
→ 确认格式后，先阅读 docs/writing-guide/academic-survey-writing-guide.md 和记忆文件，进入 LaTeX 正式写作流程
Use when the user wants to rebuild or refresh ScholarAIO keyword, full-text, FTS5, FAISS, or semantic search indexes after data or metadata changes.
Use when the user wants to find academic papers, search the local library, run keyword or semantic search, search by author, explore topics, or federate across library, explore databases, and arXiv.
Use when the user wants to import papers from Endnote XML/RIS, Zotero Web API or local SQLite, attach PDFs, match PDFs to records, or supplement records with PDF content.
Use when the user wants to process new papers, patents, theses, documents, or proceedings from inbox queues into the knowledge base, run the ingest pipeline, or rebuild indexes.
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