القائمة
Skills في هذا المستودع
جمع SkillsMP عدد ٢٣٦ من skills من BioTender-max/awesome-bio-agent-skills. افتح أي skill لمراجعة مصدره وتفاصيله.
BioTender-max/awesome-bio-agent-skillsعرض ٤٠ من أصل ٢٣٦ skills مجمعة.
Calculates tumor mutational burden from WES/WGS/panel data with Friends of Cancer Research harmonization equations, per-assay calibration (FDA 10/Mb = 7.8 TSO500 = 8.4 OncomineTML), synonymous/indel/germline filtering, hypermutator tiering, blood TMB, and…
لغة النص الأصلي: الإنجليزية
Query UniProt's REST API (post-2022 endpoint at rest.uniprot.org) for protein sequences, annotations, GO terms, cross-references, ID mappings, and proteomes. Use when fetching UniProtKB entries, navigating the JSON schema, choosing between…
لغة النص الأصلي: الإنجليزية
Prioritizes rare-disease variants from trio/quad WES/WGS with de novo (DeNovoGear, Triodenovo), compound-heterozygous phasing (WhatsHap), mosaic VAF tiering, phenotype-driven ranking (Exomiser, Phen2Gene, AMELIE), ClinGen gene-disease validity gating, and…
لغة النص الأصلي: الإنجليزية
Performs structure-based virtual screening using AutoDock Vina, SMINA, GNINA (CNN scoring), and DiffDock-L hybrid workflows with explicit choice rules across rigid vs flexible docking, cross-docking vs self-docking, binding-site detection (P2Rank, fpocket),…
لغة النص الأصلي: الإنجليزية
Build volcano and MA plots from differential-expression / association results with LFC shrinkage, FDR-adjusted thresholds, sensible label placement, and axis-truncation conventions. Covers EnhancedVolcano, ggplot2, matplotlib, and the apeglm/ashr/normal…
لغة النص الأصلي: الإنجليزية
Build whole-genome alignments using Progressive Cactus (Armstrong 2020 reference-free clade-level WGA), Minigraph-Cactus (Hickey 2024 pangenome-aware), LASTZ chain/net (UCSC pipeline), MUMmer4 (Marçais 2018 pairwise), minimap2 -x asm5/10/20 (Li 2018 fast…
لغة النص الأصلي: الإنجليزية
Detect, date, and contextualize whole-genome duplication (WGD / paleopolyploidy) events using wgd v2 (Chen & Zwaenepoel 2024), KsRates (Sensalari 2022 substitution-rate-corrected Ks dating), DupGen_finder (Qiao 2019), MAPS (Li 2018 phylogenomic), POInT…
لغة النص الأصلي: الإنجليزية
Meta-agent that routes bioinformatics requests to specialised sub-skills. Handles file type detection, analysis planning, report generation, and reproducibility export.
لغة النص الأصلي: الإنجليزية
Cell segmentation in fluorescence microscopy images. Supports Cellpose/cpsam (Cellpose 4.0) with additional backends planned. Produces segmentation masks, per-cell morphology metrics (area, diameter, centroid, eccentricity), overlay figures, and a report.md.
لغة النص الأصلي: الإنجليزية
Deterministic CRISPR screen hit ranking from local guide-level count tables
لغة النص الأصلي: الإنجليزية
Summarise pre-computed differential expression results with ranked gene lists, biological themes, and publication-ready interpretation.
لغة النص الأصلي: الإنجليزية
Fetch a region of GWAS summary statistics from the NHGRI-EBI GWAS Catalog harmonised collection via tabix-on-FTP. Use when an agent needs GWAS beta / SE / p-value for every variant in a window for one specific study (GCST accession). Input: accession,…
لغة النص الأصلي: الإنجليزية
Calculate polygenic risk scores from DTC genetic data using the PGS Catalog
لغة النص الأصلي: الإنجليزية
Compute epigenetic age from DNA methylation arrays using PyAging clocks from GEO accessions or local files.
لغة النص الأصلي: الإنجليزية
Wrapper skill for running nf-core/rnaseq bulk RNA-seq preprocessing from FASTQ or BAM inputs with strict preflight, reproducibility outputs, and downstream handoff to ClawBio bulk RNA-seq DE skills.
لغة النص الأصلي: الإنجليزية
Wrapper skill for running nf-core/scrnaseq upstream single-cell RNA-seq preprocessing from FASTQ with strict preflight, reproducibility outputs, and downstream handoff to ClawBio scRNA skills.
لغة النص الأصلي: الإنجليزية
Pharmacogenomic report from DTC genetic data (23andMe/AncestryDNA) — 12 genes, 31 SNPs, 51 drugs
لغة النص الأصلي: الإنجليزية
Compute organ-specific biological age from Olink proteomic data using Goeminne et al. (2025) elastic net aging clocks.
لغة النص الأصلي: الإنجليزية
Browser automation via agent-browser CLI for web navigation, form filling, screenshots, scraping, login flows, and UI testing.
لغة النص الأصلي: الإنجليزية
Critically review, score, compare, and rank one or more AI scientist outputs for biology, bioinformatics, computational life science, or adjacent research tasks. Trigger when the user asks to evaluate notebooks, code, figures, analyses, manuscripts, software,…
لغة النص الأصلي: الإنجليزية
Search arXiv preprints through the official arXiv API and turn arXiv IDs into local Markdown summaries. Use when you need CS, math, physics, or quantitative biology preprints, especially recent submissions that may not yet appear in peer-reviewed literature…
لغة النص الأصلي: الإنجليزية
Create publication-quality matplotlib/seaborn charts with readable axes, tight layout, and curated palettes.
لغة النص الأصلي: الإنجليزية
Functional annotation and taxonomy inference from sequence homology.
لغة النص الأصلي: الإنجليزية
Assemble genomes/metagenomes and produce assembly QC artifacts.
لغة النص الأصلي: الإنجليزية
Perform metagenomic binning with QuickBin, refinement, and QC with completeness/contamination checks.
لغة النص الأصلي: الإنجليزية
Initialize a bioinformatics project scaffold with reproducible environments, schemas, and data cataloging. Use for new projects or repo setup.
لغة النص الأصلي: الإنجليزية
Call genes and annotate basic features for prokaryotes, viruses, and eukaryotes.
لغة النص الأصلي: الإنجليزية
Evaluate scientific rigor, methods, biases, and evidence quality for claims, papers, and study designs.
لغة النص الأصلي: الإنجليزية
Build marker gene alignments and phylogenetic trees.
لغة النص الأصلي: الإنجليزية
Design and scaffold bioinformatics pipelines using Prefect+Dask for local/distributed execution or Nextflow for HPC schedulers.
لغة النص الأصلي: الإنجليزية
Cluster proteins into orthogroups and derive pangenome matrices.
لغة النص الأصلي: الإنجليزية
Ingest, QC, and map reads with reproducible outputs. Use for raw read processing and coverage stats.
لغة النص الأصلي: الإنجليزية
Aggregate results, train ML models, and produce reports with validated references.
لغة النص الأصلي: الإنجليزية
Structure prediction and structure-based annotation.
لغة النص الأصلي: الإنجليزية
Detect, classify, and QC viral contigs.
لغة النص الأصلي: الإنجليزية
Generate reproducible Methods documentation from workflow run artifacts (Nextflow/Snakemake/CWL), including exact commands, versions, parameters, QC gates, and outputs.
لغة النص الأصلي: الإنجليزية
Search bioRxiv preprints through the official bioRxiv API and locally filter titles, abstracts, and authors for keyword queries. Use when you need recent biology preprints, bioRxiv-native metadata, date-range scans, DOI lookups, or author shortlists that may…
لغة النص الأصلي: الإنجليزية
Query the Crossref REST API for DOI validation, title search, citation metadata, and bibliography audits. Use when you need DOI lookup, title-to-DOI matching, or reference metadata cleanup.
لغة النص الأصلي: الإنجليزية
Fetch current API and SDK documentation with the chub CLI. Use when writing or reviewing code against fast-changing APIs, especially when the user asks for the latest or current docs.
لغة النص الأصلي: الإنجليزية
Queries JGI Lakehouse (Dremio) for genomics metadata from GOLD, IMG, Mycocosm, Phytozome. Downloads genome files from JGI filesystem using IMG taxon OIDs and links JGI taxon OIDs to read files through PMO/GOLD identifiers and JAMO. Use when working with JGI…
لغة النص الأصلي: الإنجليزية