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医学文献检索、批判性评价与综合分析。支持PubMed/Embase/Cochrane多数据库检索、PMC全文获取、AI辅助分析、研究质量评价、系统综述写作。使用场景：(1)检索多数据库医学文献，(2)自动获取PMC开放获取全文，(3)基于全文的深度批判性评价，(4)AI辅助PICO提取与质量评价，(5)辅助系统综述和Meta分析。
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استنادا إلى تصنيف SOC المهني
| name | medlit-research |
| description | 医学文献检索、批判性评价与综合分析。支持PubMed/Embase/Cochrane多数据库检索、PMC全文获取、AI辅助分析、研究质量评价、系统综述写作。使用场景：(1)检索多数据库医学文献，(2)自动获取PMC开放获取全文，(3)基于全文的深度批判性评价，(4)AI辅助PICO提取与质量评价，(5)辅助系统综述和Meta分析。 |
综合医学文献检索、全文获取、AI辅助分析、质量评价和分析工具，支持循证医学实践。
# 1. 安装依赖
export NCBI_EMAIL="your_email@example.com" # 必填，遵守 NCBI 使用条款
# 2. 检索文献
python3 scripts/multi_database_search.py "intestinal fibrosis" --dbs pubmed --max 20 --date 2022:2025
# 3. 获取全文
python3 scripts/pmc_fulltext.py PMC1234567 > paper.txt
# 4. AI 分析（需要 mmx CLI 已登录）
python3 scripts/ai_assistant.py paper.txt all
# 5. 质量评价
python3 scripts/fulltext_appraisal.py RCT
前提: mmx CLI 已安装并登录 (
mmx auth login)。AI 分析通过 MiniMax M2.7 模型工作。
# 多数据库检索（PubMed + Embase + Cochrane）
python3 scripts/multi_database_search.py "intestinal fibrosis" \
--dbs pubmed,embase,cochrane \
--max 20 \
--date 2022:2025
# 仅检索PubMed
python3 scripts/multi_database_search.py "liver cirrhosis treatment" \
--dbs pubmed \
--max 30
# 检查单篇文献的开放获取状态
python3 scripts/pmc_fulltext.py 39024569
# 直接通过PMC ID获取全文
python3 scripts/pmc_fulltext.py PMC10850402
输出包含：
# 生成全文评价清单（RCT）
python3 scripts/fulltext_appraisal.py RCT
# 生成系统综述评价清单
python3 scripts/fulltext_appraisal.py systematic_review
# 生成观察性研究评价清单
python3 scripts/fulltext_appraisal.py observational
评价维度：
# AI分析单篇文献（提取PICO + 质量评价 + 临床建议）
python3 scripts/ai_assistant.py paper.txt all
# 仅提取PICO要素
python3 scripts/ai_assistant.py paper.txt pico
# 生成一句话核心发现
python3 scripts/ai_assistant.py paper.txt summary
# 研究质量评价
python3 scripts/ai_assistant.py paper.txt quality
AI分析输出包括：
# 1. 多数据库检索
python3 scripts/multi_database_search.py "主题词" --date 2022:2025 --max 30 > search_results.json
# 2. 筛选开放获取文献并获取全文
python3 scripts/pmc_fulltext.py PMID > fulltext.json
# 3. AI辅助分析（自动提取关键信息）
python3 scripts/ai_assistant.py fulltext.txt all > ai_analysis.json
# 4. 全文深度评价
python3 scripts/fulltext_appraisal.py RCT > appraisal_template.json
# 5. 填写评价结果并计算质量评分
# （结合AI分析结果和人工评价）
export EMBASE_API_KEY="your_api_key_here"
"cochrane database syst rev"[ta] 过滤器获取的全文自动解析为：
系统自动提取：
功能: 自动提取关键信息、生成摘要、评价质量
分析维度:
格式规范：
在[研究人群]中，[干预措施]相比[对照措施]，
[主要发现/效应量]（证据质量：[GRADE等级]）
使用示例:
# 准备文献文本文件（标题+摘要）
echo "标题: ...
摘要: ..." > paper.txt
# 全面分析
python3 scripts/ai_assistant.py paper.txt all
# 输出JSON格式，便于后续处理
python3 scripts/ai_assistant.py paper.txt all > analysis.json
与人工评价结合: AI分析作为初筛和辅助，最终临床决策仍需专业人员结合全文和临床经验判断。
总体判断标准:
# PICO框架
(Patient terms) AND (Intervention terms) AND (Outcome terms)
# 示例
("Crohn disease"[mh] OR "Crohn*"[tiab]) AND ("fibrosis"[mh] OR "fibrotic"[tiab] OR "stricture*"[tiab])
RCT过滤器:
randomized controlled trial[pt] OR (randomized[tiab] AND controlled[tiab] AND trial[tiab])
系统综述过滤器:
systematic review[pt] OR meta-analysis[pt] OR ("systematic review"[ti] AND review[pt])
人类研究:
Humans[mh] NOT Animals[mh]
英文文献:
English[la]
近3年:
(2022:2025[dp])
{
"pico": {
"population": "肝硬化伴食管静脉曲张患者 (n=120, 平均年龄58岁)",
"intervention": "普萘洛尔 40mg bid + 内镜套扎术",
"comparison": "单独内镜套扎术",
"outcomes": ["静脉曲张再出血率", "死亡率", "不良反应"],
"study_design": "多中心随机对照试验"
},
"one_sentence_summary": "在肝硬化伴食管静脉曲张患者中，普萘洛尔联合内镜套扎术相比单独套扎术可显著降低再出血率（证据质量：高）",
"clinical_significance": "对于高危静脉曲张患者，联合治疗可能降低再出血风险约40%",
"quality": {
"study_design": "多中心RCT",
"evidence_level": "I级",
"evidence_quality": "高",
"key_strengths": ["多中心设计", "样本量充足", "ITT分析", "盲法充分"],
"key_limitations": ["随访时间仅12个月", "未报告生活质量", "失访率偏高"],
"bias_risk": "低",
"applicability": "适用于肝功能Child-Pugh A-B级患者"
},
"statistics": {
"effect_size": "HR 0.58 (95%CI 0.42-0.81)",
"p_value": "<0.001",
"clinical_importance": "有临床意义"
},
"recommendation": {
"clinical_use": "强烈推荐",
"target_population": "肝硬化伴中-重度食管静脉曲张患者",
"key_considerations": ["需监测心率", "禁忌于严重心衰", "需患者依从性好"],
"confidence": "高"
}
}
{
"query": "检索词",
"databases_searched": ["pubmed", "embase", "cochrane"],
"results_by_database": {
"pubmed": { ... },
"embase": { ... },
"cochrane": { ... }
},
"summary": {
"total_articles_found": 150
}
}
{
"pmid": "12345678",
"pmcid": "PMC1234567",
"status": "success",
"article_info": {
"title": "...",
"abstract": "...",
"sections": { ... },
"full_text": "..."
},
"analysis": {
"study_design": "RCT",
"sample_size": 256,
"key_findings": [ ... ]
}
}
{
"study_type": "RCT",
"overall_judgment": "low_risk",
"essential_items": {
"answered": 25,
"total": 27,
"score": 92.6
},
"sections": {
"methods": {
"items": [ ... ]
}
}
}
制定检索策略
执行多数据库检索
python3 scripts/multi_database_search.py "query" --dbs pubmed,embase --date 2020:2025 --max 100
去重和筛选
获取开放获取全文
# 批量检查可获取性
for pmid in pmid_list; do
python3 scripts/pmc_fulltext.py $pmid >> fulltexts.json
done
AI辅助预分析 (新增)
# 批量AI分析提取关键信息
for txt in fulltexts/*.txt; do
python3 scripts/ai_assistant.py "$txt" all >> ai_analysis.json
done
全文质量评价
数据提取和合成
适用场景
使用建议
质量把控
效率提升
# 结合AI分析和人工评价的工作流程
python3 scripts/pmc_fulltext.py $PMID > paper.txt
python3 scripts/ai_assistant.py paper.txt all > ai_review.json
# 人工阅读 paper.txt 并对比 ai_review.json
# 发现不一致时以人工阅读为准
伦理使用
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