manuscript-as-code

name	manuscript-as-code
description	Treat manuscripts as software: version control, reproducible builds, figure pipelines, CI, and structured repo layout. Helps teams avoid 'final_v7' chaos and ensures submission-ready artifacts.
allowed-tools	["Read","Write","Edit","Bash","Grep","Glob"]

Manuscript as Code（论文工程化）

目标

把“写论文”升级成“交付可复现的出版工程”：

• 结构清晰：任何人进仓库都知道哪里改正文、哪里改图、哪里改引用
• 可复现：一条命令能构建 PDF/HTML；CI 自动验证
• 可审计：每张图/每个结果都有来源（代码/数据/参数）

适用：

• 多人协作写作（导师/合作者/跨机构）
• 反复投稿/返修（需要明确改动轨迹）
• 图表多、实验多、容易“找不到版本”的项目

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推荐仓库结构（最小可行）

见 templates/repo-structure.md。核心思想：

• manuscript/：只放正文与引用（source-of-truth）
• figures/：每张图一个目录（source + out）
• build/：所有生成物（可删除，可再生）
• submission/ 与 revision/：投稿与返修阶段产物

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元规则（工程化的关键）

1) 生成物与源文件分离

• 源：figures/fig-02/src/plot.py
• 产物：figures/fig-02/out/fig-02.pdf
• 禁止把产物当源文件编辑（比如在 PDF 上涂改）

2) 每张图都要能“重生成”

最少要求：

• 一条命令 + 固定参数能导出最终图（PDF/TIFF）
• 记录依赖版本与随机种子（如果有）

3) 把“投稿约束”写成配置

推荐维护：

• submission/submission-manifest.yml（统一记录规格与完成度）

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案例（推荐学习）

• Manubot：manubot/rootstock（论文的 CI/协作写作范式）
• Deep review：greenelab/deep-review（评审/返修视角）