hypothesis-tree

name	hypothesis-tree
description	Use when the user asks to record hypotheses, create experiment records, update research results, or maintain .research tree/dashboard state

Hypothesis Tree

.research/tree.md 是假设树的单一真相源。本 skill 规定其格式、如何读取、如何在对话中按需写入。

File Format

# Hypothesis Tree

## H1: <第一个一级假设内容>
Status: 待验
Evidence: (empty)
Children: H1.1, H1.2

### H1.1: <H1 的子假设>
Status: 进行中
Evidence: E001
Parent: H1

### H1.2: <H1 的另一子假设>
Status: 待验
Evidence: (empty)
Parent: H1

## H2: <第二个一级假设内容>
Status: 被推翻
Evidence: E002

Status Values

状态	含义
待验	未开始验证
进行中	实验正在跑
被支持	至少一个实验支持, 无反对
被推翻	至少一个实验推翻

ID Convention

• 一级假设: H1, H2, H3, ...
• 子假设: H1.1, H1.2, H2.1, ...
• 孙假设: H1.1.1, H1.1.2, ...
• ID 一旦分配, 永不重用(即使假设被推翻)

Reading Active Hypotheses

从 tree.md 提取活跃假设(Status=待验 或 进行中):

import re

def get_active_hypotheses(tree_content: str) -> list[dict]:
    active = []
    pattern = r'#{2,3} (H[\d.]+): (.+?)\nStatus: (待验|进行中)'
    for match in re.finditer(pattern, tree_content, re.MULTILINE):
        active.append({
            'id': match.group(1),
            'content': match.group(2),
            'status': match.group(3)
        })
    return active

Updating Hypothesis Status

用 Edit tool 精确替换 Status 行, 不整文件重写:

# 将 H1 从 待验 改为 被支持
Edit(
    file_path='.research/tree.md',
    old_string='## H1: ...\nStatus: 待验',
    new_string='## H1: ...\nStatus: 被支持'
)

Adding Evidence

将实验 ID 追加到 Evidence 行:

# 将 E003 追加到 H1 的 Evidence
Edit(
    file_path='.research/tree.md',
    old_string='## H1: ...\nStatus: 被支持\nEvidence: E001, E002',
    new_string='## H1: ...\nStatus: 被支持\nEvidence: E001, E002, E003'
)

Adding New Hypothesis

新假设 append 到文件末尾:

## H3: <新假设内容>
Status: 待验
Evidence: (empty)

子假设 append 在父假设段落内末尾(父假设 ## 块的末行之后, 下一个 ## 块之前).

Invariants

• tree.md 只有主控 PI 读写, 子 agent 不直接操作
• 编号文件永不删改 — 被推翻的假设保留历史, 标记 Status: 被推翻
• Evidence 只增不删

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对话中的按需写入(v1.0 新增)

写入触发机制

原则: agent 不主动/不猜测/不自动后台写, 只在用户明确指示时写。

明确指示三种形式:

1. 直接命令: "记下这个假设 H3", "把实验写进 E004", "更新 DASHBOARD"
2. 确认式: agent 识别到可记录内容后, 先问 "要不要我帮你记录到 tree.md?", 用户说"好"才写
3. 隐含但明确: 结构化讨论假设/实验后说"保存"/"记录"/"写下来"等动作词

不触发写入(避免误判):

• 用户只是讨论/头脑风暴假设, 没说"记下来" → 不写
• 用户说"我觉得可能是 X 原因"(探索性) → 不写, 除非明确说"把 X 加到假设树"
• agent 自己推测"这个可能成立" → 不写, 必须用户确认

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三个原子写入操作

1. appendHypothesis(tree.md, 假设描述, 父节点)

触发: 用户说 "记下这个假设: [描述]" 或 "把 X 加到假设树"

行为:

1. 读 tree.md, 解析现有假设 ID 结构
2. 确定新假设 ID:
   • 如果指定了父节点(如 "作为 H1 的子假设"), 编号为 H1.N(N=已有子假设数+1)
   • 否则作为顶层, 编号为 HM(M=现有顶层最大+1)
3. 追加到 tree.md(顶层追加到文件末, 子假设追加到父假设段末):

   ## HX: [用户提供的描述]
   Status: 待验
   Evidence: (empty)
   

4. 刷新 DASHBOARD.md(调用 updateDashboard)
5. 输出确认:

   ✓ 假设 HX 已记录到 tree.md
   📝 Status: 待验
   

边界: 如果用户描述太模糊, agent 先帮忙提炼成一句话(50 字内), 征得用户确认后再写。

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2. createExperimentRecord(实验描述, 关联假设)

触发: 用户说 "帮我记录这次实验" 或 "创建实验记录 Exxx"

行为:

1. 扫 experiments/ 现有文件, 取最大编号 +1 → Exxx
2. 生成 experiments/Exxx.md 骨架:

   # Exxx: [关联假设 ID] - [简短动作描述]
   
   **Hypothesis**: [假设 ID] [假设文本, 从 tree.md 读取]
   **Date**: [YYYY-MM-DD, 当天日期]
   **Status**: 进行中
   
   ## 实验设计
   
   **目标**: [用户描述或待补充]
   **方法**: [待补充]
   **预期**: [待补充]
   
   ## 执行记录
   
   [待补充, 用户后续对话中逐步添加]
   
   ## 结果
   
   [待实验完成后填写]
   
   ## 影响
   
   [待结果出来后分析]
   

3. 如果关联假设的 Status 是 待验, 更新为 进行中(在 tree.md 里)
4. 刷新 DASHBOARD.md
5. 输出确认:

   ✓ 实验记录 Exxx 已创建
   📁 experiments/Exxx.md
   💡 你可以随时对话让我更新其中的段落
   

边界: 骨架生成后, 用户可以手动编辑文件补充细节, 或在对话中说 "更新 E003 的执行记录, 加上 [内容]", agent 追加内容到对应段落。

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3. updateExperimentResult(Exxx.md, 结果内容, 结论)

触发: 用户说 "E003 的结果出来了, [数据], 结论是支持 H1"

行为:

1. 读 experiments/Exxx.md, 定位 ## 结果 段
2. 填写或追加内容:

   ## 结果
   
   **数据**: [用户提供的 metrics / 观察]
   **结论**: [支持/推翻/不确定] + [理由]
   

3. 更新文件的 **Status** 字段: 进行中 → 已完成
4. 如果结论是 支持 或 推翻, 更新 tree.md 对应假设:
   • Status: 进行中 → 被支持 或 被推翻
   • Evidence: 追加 Exxx
5. 刷新 DASHBOARD.md
6. 输出确认:

   ✓ E003 结果已记录
   📊 结论: 支持 H1
   🔄 假设树已更新: H1 → 被支持 (Evidence: E001, E003)
   

边界: 如果结论是 不确定, 假设 Status 保持 进行中(等更多实验)。

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4. updateDashboard()(自动调用)

触发: 其他三个操作调用, 或用户说 "刷新 DASHBOARD"

行为:

1. 扫描 tree.md, 统计:
   • Active 假设数(待验 + 进行中)
   • 已结案假设数(被支持 + 被推翻)
2. 提取 Active 假设清单(ID + 描述 + Status)
3. 重写 DASHBOARD.md:
   • 更新 **Active** 行的数量和 **Last** 日期
   • 重写 ## Active Hypotheses 清单
   • 保留或更新 ## Next Steps(如果用户对话中提到, 否则保持原样)

边界: 这是"维护一致性"操作, 确保 DASHBOARD 始终反映 tree.md 真实状态。不需要用户单独触发, 其他写入操作自动调用。

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格式守护

所有写入操作必须:

1. 遵循上述格式规范(Status 词汇/编号规则/不加粗)
2. Append-only: 假设 ID/实验 ID 一旦分配永不重用, Evidence 只增不删
3. 原子性: 一次写入要么全成功, 要么全失败(出错时报告用户, 不留半截)
4. 确认反馈: 每次写入后明确告诉用户写了什么文件、改了什么字段

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实现方式

位置: 把这三个函数实现在主 PI 的对话流程里, 或作为可复用的辅助脚本(scripts/helpers/*.sh), 不拆成独立子 agent。

语言:

• 如果用 bash 实现(简单文本追加), 写成 scripts/helpers/append-hypothesis.sh 之类的脚本, SKILL 调用它
• 如果用 prompt 实现(agent 自己读文件→判断→写文件), 把逻辑写在 SKILL 的"写入流程"段

校验:

• 写入前读一遍目标文件, 检查格式是否已损坏(比如有人手动改坏了)
• 写入后可选地做一次"自检": 重新读文件, 确认新内容在正确位置